鸟居第一次田野调查是受日本东京人类学会派遣，去往辽东半岛。那一年他25岁。此时甲午战争刚结束，4月17日中日签订了《马关条约》割让辽东半岛，日本占领了资源丰富的东北地区。鸟居去的地方很多是在日军占领区域，得到了日军的优待才得以进行下去。
1905年日俄战争结束后鸟居开始了他的第二次满蒙地区调查，这次是受日本东京帝国大学派遣。日本东京帝国大学此时派遣了各个领域的专家，比如任命东忠太博士调查建筑，市村瓒次郎对历史关系进行调查，鸟居则负责人类学调查。鸟居从日本军港广岛乘船到大连，继而乘火车往金州、普兰店、辽阳、奉天、铁岭。过了辽河到了科尔沁。回来一直沿着鸭绿江走过桓仁到奉天坐火车回到大连。此次在辽东，特别是在辽阳，鸟居发现了汉墓，挖掘了很久，出土了“镜子、土器、装饰品”。
鸟居龙藏在旅顺附近盗挖墓葬
1909年鸟居以个人名义开始对满蒙进行第3次调查，因为调查经费不足，鸟居的团队接受了南满铁路和大阪上船公司的援助，1909年3月22日从神户出港，前往大连旅顺进行了20天。在营口，鸟居参观了辽河入海口，并对辽阳汉墓进行了第2次挖掘，由于接到父亲突然去世的急电，鸟居终止了调查返回东京，这次最大的收获是鸟居知道了在满洲有石器时代的遗物、遗物层。
赤峰是中华文明的发祥地之一，境内发现古文化遗址6000多处，有史以来，赤峰便是中国北方少数民族活动的中心，是草原青铜文化和契丹辽文化的发祥地。对于这么有历史的地方，对中国文化窥视已久的日本自然不会放过。
鸟居龙藏在旅顺老铁山石家盗挖到的陶器
鸟居一直对“东蒙古尤其是兴安岭地及潢河流域，属于人类学中从未有过的领域感兴趣”。为此他在调查前读了有关蒙古旅行记的许多著作，挖掘出更多研究蒙古的兴趣。“有机会的话会再次踏上蒙古的土地。”
1906年，被鸟居称为一个绝好的机会来了。
曾经和鸟居一起参与第二次满洲调查的市村瓒次郎到鸟居的家中做客，说前些天收到留在北京的福部宇之吉和安小郎两人的来信。信中说蒙古喀喇沁女子学堂工作的日本女教师两年的合约期满，希望他们能推荐一名合适的教师。鸟居此时在东京理科大学当讲师，并旁听文科大学的匈奴、东胡民族史。得知这一消息，鸟居和妻子商量把出生的长子寄存在妻子的娘家（后又寄放在妻姐的婆家），以东京帝国大学理科讲师的身份来到内蒙古喀喇沁右旗王府。鸟居在出发前就有了调查内容：以居住在内蒙古的蒙古人身体测量为中心的人类形体调查；关于蒙古语言的调查；风俗习惯、俚歌童谣；古物遗迹、考古学。
鸟居龙藏夫妇在内蒙古考察时的护照（采自鸟居君子著《土俗学上所见蒙古》）
1906年鸟居夫妇到达喀喇沁王府，两人分别担任崇正学堂和毓正女学堂的总教席。鸟居的心思并不在教学上，他醉心于文化考古调查，并想借助贡桑诺尔布在东蒙古的巨大声望。对于蒙语，鸟居以前学过，但是没有达到流利的对话程度，妻子对蒙语则完全没有基础，所以第一年两人投入很大精力学习语言。1907年1月，贡王按惯例上京拜见皇帝，于是二人也去北京并返回日本，3月份鸟居的长女出生（实际上鸟居夫妇1904年有过长女，然而被送出当了养女，户籍上这次诞生的女孩儿就被认为是长女）。
1907年6月，鸟居和妻子带着婴儿，再次回到喀喇沁右旗王府。不久他结束了自己教育顾问的契约，便以自由身份开始进行调查。鸟居在京期间曾向一些机关和日本人打过招呼，希望能对他关照，但是受到不少人的指责，“像这次的蒙古之行，携带幼女和夫人作为同伴就是累赘“。但是鸟居还是坚持带着妻子女儿去了内内蒙。12月份鸟居以客人的身份又到了喀喇沁王府，下旬，鸟居从王府去赤峰，因为当时对蒙语没有足够的信心，所以他们雇了一个蒙古老人同行。
鸟居君子怀抱长女鸟居幸子，于1907年前往蒙古地区实施田野调查前夕（采自《鸟居龙藏传》）
此时鸟居了解到赤峰是清政府管辖的一个县，县城因货物聚集而出名，是锡伯河和英金河的交汇点，户数两三千户，全部是汉族。鸟居是为了探查在英金河畔出土的石器时代遗迹和辽代的土城。
鸟居把妻子留在当地，自己开始和那名蒙古老人还有一名骑兵开始去往辽中京遗址方向。他们首先是从喀喇沁王府沿着锡伯河南下，经由石虎来到王爷府。在这里鸟居参观了遗存的石人、石虎、石羊等辽代石造遗物。鸟居的目的是辽中京。那时的辽中京在喀喇沁中旗境内老哈河畔的平原上。中京城城墙用土质的砖垒成。土层高为一丈8尺，厚为5尺有余，方圆四十清里。城中有东西相对的13层宝塔（现在的大明塔），在南部也发现了一座古塔，城内已经沙化了。鸟居用了几天时间进行了详细的调查，回到赤峰是1908年1月31日。鸟居一边学习蒙古语，一边在周边调查。
鸟居龙藏在喀喇沁右旗王爷府与府内工勤人员合影
鸟居在当地的老百姓口中听到了红山上有古代遗存的消息。当时的红山上长着大量的甘草，是一种常见的中草药，红山后面水地村的居民尝到了山上的甘草，拿到市区售卖。甘草的根茎很深，可深入地下两米以上，老百姓特地制成一种窄长条状的铁锹，循着甘草打成一个方洞，深入地下。这种工具犹如今天考古学界使用的探铲一样。正是村民在挖甘草的过程中，无意中挖到了红山上许多属于夏家店上层文化的墓葬，许多青铜制作的随葬品也被连带着挖了上来，村民们将挖到的青铜饰品拿到赤峰街上售卖。红山上的古文化遗存便广为人知了，鸟居龙藏正是循着这一线索来到了红山。在村民的带领下，鸟居找到了古墓葬，顺势也调查了山上的红山文化遗址，并做了标本采集。幸运的是鸟居龙藏这次的考古活动仅限于地面采集。
鸟居龙藏、鸟居君子夫妇（穿白衣服者）与喀喇沁右旗赴日留学生合影
3月份气温回暖，鸟居又开始出发，但是这次约好同行的蒙古老人谢绝了继续同行，此时鸟居经济上也不允许浪费，于是包括孩子在内的鸟居和妻子三个人从赤峰出发了。当时夫妇俩人的蒙古语、日常绘画的水平已经差不多了。调查之前的准备工作王府对夫妇两人的关照赠予已经齐全了，“做过我们夫妇两人用的毛皮做的长斗篷和支那服，就是和南部蒙古人用的一样，给孩子们也准备了御寒的衣物”。为了这次调查旅行，鸟居准备了两辆马车，一辆载人，一辆载货。这次鸟居出发的路线是从赤峰横渡英金河向北出发，旅途中最初尝试了调查是元国公张氏的坟墓，也被称为国公墓。然后经过乌丹城到翁牛特王府，鸟居一家在王府住下了。鸟居在被他自己称为青城的乌丹古城停留了一周。
1906年，鸟居龙藏自赤峰直隶州寄出的致大隈重信的信（日本早稻田大学图书馆藏）
然后他们乘牛车到丘陵上的蒙古人居住地观察，继续北上，再经过了一个只有7户人家的小村，进入了东边的沙漠。鸟居和孩子第一次住在了这个村子的蒙古人搭的帐篷里，鸟居绘制了这个帐篷的平面图。原计划向巴林右旗进发，此时潢河在解冰期，河水里伴有大量的冰块，由于无法渡河，一行人决定等到水位下降再渡河。利用这段时间对潢河河畔出土的石镞、石斧进行调查。
渡河时间大约为4月4日。渡河是东翁牛特王府的下人和村长慎重商议后决定的。渡河成功后，一面调查一面行进，4月10日到了大巴林王府，在王府停了两天，沿着潢河支流向庆州古城逼近。4月15日前方极目可看到一座高塔，这座塔被当地汉人称为白塔（今庆洲白塔）。塔建在土城里，这里是一座古城遗址。鸟居在当地花费了数日进行了包括照相在内的调查，并且判断，“这座古城及其他遗物，成为涉及唐宋时期文化最有趣的材料，特别是契丹的黄金时代，想知道辽圣宗当时的状态就要在这个庆州城花费掉大量闲杂时间”。
巴林王府骑兵卫队护送日本考古学者
随着庆州古城调查的结束，鸟居向更往北的小巴林王府出发。4月19日到达王府。王妃是在前年从喀喇沁嫁入王府的，鸟居的妻子还可以教授她。因为这样的原因，他们在当地受到了热烈欢迎。期间还在wulujimu村待了两天，因为这个村落的周围曾经是辽国的上京，鸟居认为相当于中国古代文献中的“波罗城”。鸟居在这座古城的调查耗费了4天时间。
辽上京皇城东门遗址（引自鸟居龙藏所著《从考古学上看辽的文化》）
鸟居再次出发，罗盘所指的方向变成了东方，即阿鲁科尔沁王府。此时的王爷还留在北京，不在王府之中，但是鸟居夫妇在这里也受到了热烈欢迎，在当地住了一段时间后，发现了相扑一类值得一看的东西。在那之后又到白城古城参观，经过兴安岭山到达了西乌珠穆沁。鸟居在这里看到了被蒙古人称为盐湖的大湖，还有当地的寺庙，并对当地蒙古人的身体状况进行了测定，然后继续向西北前进。5月23日，他们第一次进入了外蒙古喀尔喀王府的领地。鸟居在这里发现了年代未知的长城。由于签证的原因，鸟居夫妻没有再往前走，转而向东。6月5日他们到达了位于外蒙古最东部地区。此时王府的王不巧去了库伦，鸟居在此停留一天后南下回到了东乌珠穆沁旗的领地。对乌珠穆沁，鸟居这样写道：“实际上西乌珠穆沁自古以来很淳朴，也没有武器和士兵，东乌珠穆沁则完全相反，有组织的兵力，在村里也有兵器”。然后他们经过东扎鲁特王府到达西扎鲁特，从兴安岭继续南下。这一次调查的目的之一是对萨满教进行调查。鸟居一直希望见到巫师，这一次终于实现了。
《南满洲调查报告》
在当地，鸟居见到了一个叫tamo的女巫和她一个叫作wuluti的43岁的巫师。鸟居写到“病人家邀请到巫师的时候，是先在帐内进行称作Ongoto神的祭祀，在神前杀一头羊并用奶做好供奉，和女巫一起饮食，其次病人坐在前面，把病人围绕起来，他们的祈祷就开始了”。“先向4个方向跪拜，在喊完诸神的名字之后，就一边吟唱一种誓词，一边敲打大鼓，开始跳舞。那个舞蹈是一边打鼓一边用脚在左边或右边画出圆形。打鼓的方式是咯，咚咚，咚咚，从最初的缓慢逐渐急促，这样反复几次后再疯狂地跳舞。大鼓的声音，手柄一端是锡杖摇晃的声音，与腰镜相互碰撞的声音，生成一种和谐的音调。他们的舞蹈变得越发激烈起来，然后进入几乎人事不觉的状态，直到他们倒下为止”。
萨满的调查结束后，再向阿鲁科尔沁王府出发，在王府一边观看相扑，一边整理、记录之后，经大巴林王府渡过噜河返程，同样到达了东翁牛特王府。7月24日平安回到了出发点赤峰。
二十世纪初在辽庆陵出土的帝后哀册，存于原奉天博物馆陈列室
鸟居夫妻在赤峰待了42天，休养身体顺便整理资料，8月22日他们向北京出发，这次朝着西北方向翻越万里长城到达张家口，从那里他们又迂回经过了小巴林、阿鲁科尔沁，渡过了老哈河。然后他们经由奈曼、敖汉两个王府返回赤峰。随后途经朝阳、锦州两地返回出发点北京。这个期间几乎花费了三个月的时间，同行的就是鸟居的妻子和孩子。
这一次从1月开始到11月份，鸟居用11个月时间完成了对东蒙古特别是赤峰的第2次调查。这次调查的成果是确认了蒙古存在石器时代。收集了辽代，包括辽代以前的遗物。
鸟居龙藏纪念博物馆里的辽代墓室复原
1911年鸟居龙藏将他在东蒙古地区进行的调查，整理成书，写成《蒙古旅行》一书，书中第一次披露了赤峰红山后的一次遗址。他认为这是古代东胡人的遗存。1914年鸟居龙藏又发表了《东盟的原始居民》，因此引起了世界考古界的震动。
1930年鸟居和妻子又一次来到了热河赤峰。此时辽庆陵之东陵和西陵被大规模盗墓，除了被盗掘大量随葬器物外，辽圣宗、仁德皇后、钦爱皇后、辽道宗、宣懿皇后等汉文哀册5盒，契丹文哀册两盒被盗出，被运入承德存放。10月份鸟居龙藏得知消息后和妻子迅速赶到辽庆陵遗址考察，采集了一些散落的建筑构件和木器等遗物，并拍摄东陵里壁画，还介绍汉文和契丹文哀册等，发表在《国华》上，这篇文章引起了包括日本学术界在内的国际汉学界对辽庆陵的高度关注。
鸟居龙藏在辽庆陵地宫
1933年11月，鸟居龙藏受日本东方文化研究所的委托，开始又一次深入东北和赤峰地区，调查辽文化遗存和新石器时代的遗存。鸟居利用他与喀喇沁王府的关系，争取到了昭乌达盟、卓索图盟两盟蒙古上流人士的支持，在经历各地调查时，还有各地王府卫队护送，被其先后光顾的有辽中京、辽上京、祖州、庆州、洞山石窟寺、辽庆陵等一大批辽代遗址。鸟居龙藏事后称，在进入辽庆陵中辽圣宗的东陵地宫圆形后室时，还见到了辽圣宗皇帝的棺木，其前工整地排列着身披契丹、汉两族服饰的木俑，如今这些遗物大都已不存在。鸟居龙藏在庆陵遗址获得了很多珍贵的资料，但大多没有发表。
《蒙古旅行》扉页
是什么原因让鸟居对满蒙地区这样感兴趣，特别是对内蒙地区？日本国内对鸟居龙藏研究者有很多不同的结论，其中一个是关于日本民族文化的起源问题。鸟居认为可能原著日本人使用过的石器和探寻出满蒙出土的石器有相同点。鸟居大胆设想原著日本人是漂洋过海来到日本的，甚至主张现有的日本人是从满蒙迁移来的。这个学术有关日本民族及其文化起源的问题，以后没有进展。到了昭和时代，随着天皇至上的势力扩张，日本人的祖先也就是鸟居设想的原著日本人是漂洋过海来到日本的主张受到了阻碍。
鸟居在做调查时受到了军方的很大帮助，但是他在蒙古喀喇沁王府教育蒙古人的时候却说：“说到底我们的目的不是为了完成军国主义使命，是为了亲近蒙古人，共享接受文化的教育，并且研究我的专业人类学和考古学”。
鸟居龙藏所著的有关辽上京的论文手稿
鸟居整理多次实地考察的结果，准备以《考古学辽文化》为题出版巨著，可惜没有完成就去世了。
如今在日本德岛市所建鸟居龙藏纪念博物馆中，陈列了大量在赤峰出土的珍贵文物，其中以庆陵中的随葬品最为珍贵。鸟居龙藏纪念博物馆还郑重其事地造了个庆陵东陵中室的模拟房间，让人得以直观了解辽代皇陵墓室的华丽彩绘。里面的壁画摹本据称是鸟居女儿鸟居绿子之手。
鸟居绿子画的秋壁画摹写（引自鸟居龙藏所著《从考古学上看辽的文化》）
鸟居龙藏还出版了《辽代画像石》一书。
民国政府特派员专员卓鸿谋在《调查自辟西路商埠报告》写到：“赤峰，旧为赤峰直隶州，前清为赤峰厅，管辖开鲁、林西二县，为关外隘口内蒙门户，与奉省毗邻。自南满铁道成后，日本势力渐及而西。日本到赤峰调查，自鸟居龙藏始，是在前清光绪三十年前。其时风气未开，巡警未设，外人之游历斯土者，任其自由出入，毫无觉察。鸟居归国后，遍登报纸，极称赤峰繁富，甲于他埠。唤起一般日人注意。于是日人调查蒙事者乃接踵而至，其用意从可知矣。按赤峰地土饶腴，四面交通，街道宽敞，一衢七里，商店林立，俨然为天然商埠”。
鸟居龙藏进入赤峰后，又有许多日本人以所谓的考古专家、历史学者的身份来到赤峰，他们或以探险学术考察为由，或游历旅行为名，其中更多的是直接以考古的名义对赤峰境内的古墓古遗址进行盗掘盗墓，收获颇丰。九一八事变后，日本军队各部门还配备了受过专门训练、具有一定文物专业知识的“文物搜集员”，每占领一地，“文物搜集员”便对当地文物古迹进行全面搜刮。
鸟居龙藏之女绿子在辽庆东陵内绘图
1932年赤峰被日本占领。日本更是肆无忌惮地在赤峰挖坟盗墓偷窃文物，包括著名的红山文化遗址。多少年后仍有日本学者辩称，日本人在赤峰的考古活动为推动中国文化（红山文化）研究是有贡献的，这或许有些道理，但是他们似乎忘记了他们掠夺了多少赤峰的文化宝物，至今没有归还。也记不得对赤峰的古墓古迹造成了多少难以估量的损失破坏。
这一切都离不开日本“外教”鸟居龙藏。
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