刘秀向邯郸进攻的时候，更始帝派遣时任尚书令的谢躬也率领振威将军马武等六位将军攻打王昌，但未能攻克。刘秀援军赶到，谢躬与刘秀共同平定邯郸，王昌被杀，谢躬与刘秀都率军开进邯郸，分城而居。
见刘秀在河北日益壮大，更始帝极为不安，他于是封刘秀为萧王，令其交出兵马，回长安领受封赏，同时令尚书令谢躬就地监视刘秀的动向，接管了幽州的兵马。刘秀以河北未平为由，拒不领命。
刘秀表面上是更始帝的人，内心早就有了自立门户的打算，他想争取谢躬成为自己人，于是委婉地表示希望谢躬协助自己，却屡遭拒绝。刘秀多次碰钉子，知道谢躬不能为自己所用，留着他也是祸害，所以决定除掉他。谢躬对于自己执掌的行政工作非常勤奋，刘秀给他喝迷魂汤，经常夸赞他说:"谢尚书是真正的官吏!"因此谢躬并没有怀疑刘秀深藏的险恶用心。不久，谢躬率领他的数万部队返回邺城驻扎。
当时河北、山东地区有铜马、青犊、尤来、高湖、重连、五校、富平、获索等等多股草莽势力，兵众达百万人，对更始帝的统治产生极大的威胁。
刘秀向南攻打青犊军，派人对谢躬说:"我追击青犊军到射犬城，你乘机攻打尤来军，必能使之束手受擒。"谢躬很认同刘秀的建议，于是同意。
谢躬于是留下大将军刘庆，太守陈康驻守邺城，自己率领各路将军攻打尤来军。刘秀利用邺城空虚之机，派吴汉和岑彭袭击邺城。
吴汉派遣辨士前去劝说陈康开城投降，陈康于是打开城门迎接吴汉等人进城。当谢躬回到邺城，却不知陈康已经叛变投敌，就率领数百名轻装骑兵入城。结果被吴汉所埋伏的士兵擒获，吴汉亲手杀死谢躬，并收降他的全数部众。
刘秀派吴汉当大将军，直接征调幽州所属十郡的骑兵。幽州牧苗增感到刘秀已反叛了刘玄，吩咐各郡不要服从调遣，吴汉率20多名骑兵飞奔到了幽州，苗增出城迎接吴汉，吴汉当即抓捕苗增，就地斩杀。从此北方州郡震惊，全都发兵听候刘秀的调遣。
自此，刘秀与更始政权公开决裂。
铜马是当地比较大的农民军，刘秀亲自带人进攻铜马，几次大战之后，铜马军全部战败投降，刘秀就把铜马军的受降首领全部封为列侯，数十万队伍编制进了刘秀军队。之后其它小股力量被迁灭，河北地区收复。
当时赤眉进军长安，刘玄要对付赤眉军，刘秀想着正好有机可乘。于是向西进攻。
公元25年，邓禹率军越太行山，出箕关进取河东，大破守军，于是更始大将军樊参，王匡﹑成丹﹑刘均等合军十余万，共击邓禹，这一仗更始军大败，王匡等皆弃军而逃，收复河东地区。
刘玄派李轶、田立、朱鲔、陈侨与河南太守武勃率三十万大军镇守洛阳。刘秀派冯异统率河内、魏郡二郡驻军，共同抗御朱鲔、李轶等。
冯异写信给李轶，指出刘玄政权已危在旦夕，而刘秀势力则蒸蒸日上，劝其“觉悟成败，亟定大计”。李轶与兄长李通是与刘演刘秀兄弟同谋起兵的，后来依附刘玄，参与杀害刘演。因此，李轶虽知长安已危，欲降又“不自安”，在回书中表示，愿同冯异交好，希望通过他能和刘秀恢复旧好，为自己留一条归降的退路。
李轶自从通书后，不再与冯异交锋。冯异利用这个时机，北攻天井关，攻取上党郡两城，又南下攻取河南成皋以东十三县，归降者十余万人。李轶闭门不救。
冯异上奏刘秀李轶归降，但刘秀为了报复李轶的杀兄之仇，让冯异故意泄漏李轶与冯异通书信的内容，朱鲔闻知大怒，派人刺杀了李轶。并派苏茂渡河进攻温县，冯异与寇恂合兵击破苏茂，然后冯异所部渡河攻朱鲔，朱鲔逃归洛阳。
朱鲔指挥部队拼死反抗，汉军围攻数月都没有攻下洛阳。但围城日久粮尽弹绝，军心动摇，刘秀派朱鲔的旧部岑彭来劝降。后在刘秀许诺不计前仇(朱鲔是杀害刘演的主谋之一)之后，朱鲔投降，刘秀拜他为平狄将军，封扶沟候。
收复洛阳后，刘秀诸将信心大增，他们开始积极督促刘秀要尽快登基称帝。马武以“宗庙社稷”和“师出有名”的理由劝进刘秀！刘秀没有答应。
这个时候公孙述在蜀地称帝了。王莽末年，宗成自称"虎牙将军"，商人王岑起兵自称"定汉将军"，他们合众数万人自称汉将。蜀郡太守公孙述听说后挺高兴的，毕竟人心思汉已久，就派遣使者迎接宗成。宗成等人到成都，对老百姓虏掠暴虐，那像一支正规军该有的样子，公孙述一看这不对啊，这是引狼入室，于是召集县中豪杰对他们说：“这是寇贼，不是义兵。我想保郡自守，以等待真主。你们愿意同我一起干的请留下，不愿意的可以走。"豪杰们都叩头说愿意效死。于是就选精兵数千人，向宗成发起攻击，大败宗成，宗成将领垣副杀了宗成，率众向公孙述投降，蜀郡官民自保成功。自古巴蜀之地，物产丰富，向外的道路崎岖，完全可以自成一体。这时中原战乱纷纷，巴蜀之地在公孙述的治理下俨然成为了世外桃源，而公孙述成为了实际上的巴蜀之王。在众将的劝进下，公孙述不再等待真主， 自立为帝，定都成都。
公孙述称帝之后，很多对更始政权不满的人纷纷跑去追随公孙述。这个时候皇帝批量出现，鱼龙混杂，众人不知所从，刘秀确实需要一个正统的名号以视正听。
之后耿纯进言说:"大家背井离乡跟随大王奔走战斗，就是为了攀龙附凤，如果你不听大家的劝告，恐怕大家会失望，各自离散，就难以复合了!"
听了耿纯的一番话，很快，刘秀登基称帝，年号建武，国号汉，史称后汉（又东汉）定都洛阳。
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