孙策进至江夏，刘表派五千人赶来支援黄祖。孙策率周瑜、吕范、程普、韩当、黄盖、孙权等将领同时并进，与黄祖军大战，黄祖几乎全军覆没，黄祖只身逃走，士卒溺死者达万人，孙策缴获战船六千艘。孙策在给朝廷的奏折中说：“吏士奋激，越渡重堑，迅疾若飞，兵激烟下，弓弩齐发，流矢雨集，可谓惊心动魄”。可见战况之激烈。
但孙策没有在江夏驻兵，只让周瑜担任名义上的江夏太守，一是因为江夏离孙策的核心区域比较远，二是因为江夏属于朝廷任命荆州牧刘表的管辖范围，受各方利益牵制吧。
孙策大败黄祖后东进豫章，驻军椒丘，对虞翻说：华歆名闻于世（华歆是名士），但绝非我的对手，战局一开必然生灵涂炭，希望他能自愿归降。虞翻领命进城，陈明利害，华歆举城投降，孙策以弟子之礼奉华歆为上宾。
孙策平定江东，任命吴景为丹阳太守，朱治为吴郡太守，周瑜担任江夏太守兼任中护军，吕范担任桂阳太守，程普担任零陵太守，孙贲为豫章太守，孙辅为庐陵太守，自己任会稽太守，以虞翻为功曹，以张昭、张纮、秦松、陈端等为谋士，另外还有众多武将如太史慈、孙河、徐琨、徐逸、黄盖、韩当、宋谦、贺齐、董袭、周泰、凌操、蒋钦、陈武、全柔、邓当、吕蒙等人，人才济济，事业到了一个新的台阶。从而为孙吴立国的霸业，打下了坚实基础。
周瑜、孙策攻破皖城，得到桥公两个女儿，皆国色天姿。孙策娶大乔，周瑜娶小乔。孙策对周瑜说："桥公之女，虽经战乱流离之苦，但得我们二人作女婿，也足可庆幸了。"（大乔是孙策纳的妾）
曹操听闻孙策平定江东，叹息说：“猘儿（疯狗）难与争锋也” 于是，把亲弟的女儿许配孙策的弟弟孙匡，又让自己的三子曹彰娶了孙贲的女儿。推举孙权为茂才，召令孙策的弟弟孙权、孙翊到许都做官，想以此拉拢和牵制孙策的势力。
在孙策西征刘勋、黄祖的时候，广陵太守陈登（被孙策打败的陈瑀侄子）秘密派出间谍使者，将印绶给严白虎残余势力，阴谋对付孙策，所以孙策派东吴大军跨江进攻陈登所守匡琦城。这也是孙权第一次领军，十倍于陈登守军，为迷惑敌人，陈登下令紧闭城门，示弱于敌。陈登登上城楼，仔细观察敌军，认为可以出击，突然打开城门，将士们如下山猛虎，奋勇杀出，向敌阵冲去。吴军猝不及防，被陈登军冲乱，溃不成军，失去指挥。陈登亲自擂鼓，将士奋勇冲杀，吴兵登船不及，被杀死淹死者不计其数，大败而回。陈登取得全面胜利。
不久，吴军(主将孙权)卷土重来，再次进攻陈登所在的匡琦城。他一面向曹操告急，在援兵的必经之地聚积柴草，然后乘夜点燃，吴军发现后，误以为救军已到，十分惊恐。陈登见时机已到，亲率大军出击，一举击溃吴军，再次取得胜利。
于是孙策只好亲自攻打陈登，在丹徒筹备粮草的时候，孙策坐不住了。他到丹徒山中打猎去了，孙策骑的是一匹精骏宝马，他的随从被他远远抛在后面，忽然碰到三个据说是当年许贡的门客（此时离许贡去世已有四五年了），寻机为他报仇，孙策不及躲避，面颊中箭。随后赶上的骑兵将刺客杀死。
孙策喜欢打猎，喜欢纵马驰骋，喜欢单身出行不设防备，行军打仗与他的父亲孙坚像似，都能身先士卒冲锋陷阵，不像个统帅倒像个英勇无畏的士兵。身边的人也曾为他的安危忧心忡忡，虞翻张纮几次劝谏，要注意安全。可惜孙策太年轻，他就像一个贪玩的孩子，道理都懂就是管不住自己。甚至曹操的谋士郭嘉曾预言：在我看来，孙策必定要死于刺客之手。
要说脸部受伤并不会危及生命，可惜那时候医术太差，估计是伤口感染而死。
当时曹操和袁绍正在官渡之战的决战前夕，听说孙策渡江北上进攻广陵郡，曹操的将士们都十分惊恐，惟恐孙策乘机袭取许都。如果在官渡之战偷袭曹操，曹操必败，以孙策的能力和智慧再收拾袁绍及其它各军阀绰绰有余，那么中国历史将改写。可惜历史没有如果。孙策的死太可惜了，年仅26岁。
孙策的死，各说纷纭，有说是当地豪族们联合起来派刺客杀了孙策。孙策容貌俊美，且性格开朗、直率、大度，善于听取部属的意见，很会用人，说话又爱开些玩笑，有幽默感，因此赢得了士人、百姓的拥戴，士民都愿意为他效忠。但是孙策对当地的富户豪族并不太友好，战争是需要钱的，对百姓好只有向富豪开刀了，连年征战已经把江东拖入了战争的深渊。
有说是曹操的谋士郭嘉派刺客杀的，孙策的死对曹操利好，曹操打算趁江东举丧期间进行征伐，当时孙策派遣的张纮被曹操留在那里担任侍御史，张纮对他进行劝谏，认为乘人丧事而用兵，既有违传统的道义，如果攻而不胜，还会使两方结仇而丢弃往日盟好，不如借此机会厚待江东。曹操听取了他的意见，当即上表任孙权为讨虏将军，兼会稽太守。
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