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抢发150种皮肤菌群孟德尔随机化

大家都知道肠道菌群可以用来做孟德尔随机化,而且已经发了几百篇SCI,除了肠道菌群以外,皮肤菌群也是可以用来做孟德尔随机化的,而且皮肤菌群与很多疾病都是相关联的,目前还没有什么孟德尔随机化文章出来,特别适合抢发同样是菌群数据,肠道菌群已经发了几百篇孟德尔随机化文章,而皮肤菌群还是空白的,现在来说,谁的机会更大,这个就不用多说了吧。

这150种皮肤菌群数据来源于这一篇文章,文献也给出了下载的链接,可以轻松下载这些数据:

不过,上天总是将抢发机会留给动手能力、有耐心的或者有经济实力的人,这些数据下载以后是不能直接用的,因为里面没有具体SNP ID,需要自己动手转换,转换ID是一件非常痛苦的事情,需要漫长的等待,少则几天时间,有时候甚至几十天

转换ID需要一定的编程能力,同时需要强悍的电脑,快的话估计要3天多,慢的话估计要十几天,相当于至少要浪费3天时间在转换ID上:

需要一定的编程能力,同时对电脑配置要求比较高
普通电脑:直接卡死
好一点的电脑:转好一个文件(2小时),一共需要300小时(12.5天)
高端电脑:转好一个文件(1小时),一共需要150小时(6.25天)
大型服务器:转好一个文件(半小时),一共需要169小时(3.125天)
转好了ID,剩下的事情都是非常简单的,批量过滤好数据,就可以直接分析了,整理一下结果就可以发文章了:

这种数据对小白不够友好,因为没有SNP ID,导致很多人没有办法做分析,因为自己的电脑实在转不动,自己不会处理的话或者转不动的话,最好的办法就是用别人转换好的数据,直接分析,大大节省人力物力。
本文只分享数据来源和分析思路,剩下的细节问题需要大家自行摸索。
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