前言：
目前印尼的激进主义和极端主义的传播仍在继续扩散，各种激进组织和极端组织如雨后春笋般冒了出来，其中大部分组织已经被印尼政府禁止或者取缔，包括伊斯兰祈祷团(JI)、伊斯兰国（ISIS）的下属组织神权游击队（JAD）、伊斯兰解放阵线（HTI），以及从叙利亚返国的恐怖主义战斗人员。
印尼具有相当宽松的移民法律，允许印尼公民可以自由出入冲突地区，并且印尼拥有漫长的海岸线，星罗密布多达一万多个岛屿，偷渡邻国轻而易举，导致这些组织和人员，不仅对印尼而且也对周边地区和国家构成了威胁，成为社会不安定的危险因素。
2017年4月16日，伊斯兰解放阵线在街头举行示威游行。
社交媒体不受控
印尼是一个人口大国，根据内政部人口局发布的数据，截至2020年6月30日，印尼总人口为2.68亿，这就意味着这是一个具有广大社交媒体潜力的国家。印尼社交媒体以国外资本为主导，激进组织和极端组织通常通过社交软件例如WhatsApp或者Telegram进行联系、指示或者招募新成员。
9个ISIS宣传社交媒体平台。
印尼的激进组织和极端组织通过举行宗教课程、讲座或者极端思想宣传，在社交媒体进行宣传和推广，吸引对此感兴趣的年青人参加，根据印尼公开的媒体报道，截至2017年7月份，与恐怖组织有联系的2691人受到警方的监视。
2016年8月，印尼警方透露了有六名恐怖组织成员，计划从巴淡岛向新加坡发射火箭弹袭击，而这六名成员就是受社交媒体影响而激进化。
2016年12月10日至11日，印尼警方逮捕了涉嫌计划炸毁雅加达总统府的一个恐怖组织的7名成员。在接受电视台TV one的一次采访中，犯罪嫌疑人雨莉·诺维（Dian Yuli Novi）27岁的女佣，她最初通过脸书（Facebook）结识了恐怖组织成员的丈夫努尔·索利因（Nur Solihin），然后被洗脑参与了恐怖组织。
大量的印尼穆斯林前往叙利亚，并且他们会招募更多的印尼人参加恐怖战争，ISIS将印尼视为招募新兵的沃土，2014年7月份，ISIS面对印尼穆斯林发布了一个标题为“排队参加我们吧！”的招募视频，视频中名叫阿布（Abu Muhammad Al-Indonesi）的男子说印尼语，呼吁印尼穆斯林男性“竭尽全力，把自己身体和全部资本迁移到ISIS”。
印尼伊斯兰宗教寄宿学校（Pesantren）也是激进组织和极端组织招募的场所，例如伊斯兰祈祷团的领导人阿布·巴卡尔·巴希尔（Abu Bakar Bashir）所创立的宗教寄宿学校，不少学生已经转变为圣战分子，前往叙利亚或者伊拉克参加战争。目前印尼大概有40所伊斯兰寄宿学校与恐怖组织有联系。
监狱管理漏洞百出
在印尼具有不可思议的事情是，被逮捕到监狱里具有影响力的极端主义者，让然可以遥控指挥恐怖组织活动，并且出版刊物。在监狱中狱警未能密切关注恐怖分子囚犯，导致了监狱内部的极端主义思想蔓延。
2016年1月26日，中爪哇cilacap地方法院，唯一真主游击队的领袖阿布·巴卡尔·巴希尔在慷慨陈词。
恐怖分子囚犯在监狱中，不愿意服从管理，不遵守规则，不参加去极端化学习培训。而监狱方面也没有做好准备和响应的培训，去应对恐怖主义犯罪。在2014年7月，被关押在监狱的伊斯兰祈祷团领导人阿布·巴卡尔·巴希尔竟然被允许与唯一真主游击队（JAT）以及ISIS等组织领导人同电话，举行语音会议。
印尼释放的恐怖主义囚犯再犯罪率很高，布鲁金斯学会（Brookings Institution）根据对印尼的47起恐怖案件的分析，估计其累犯率至少为15％。印尼当局缺乏对恐怖分子囚犯有效的风险评估、分类和管理，是再犯罪的一个主要原因。
回国战斗人员重燃极端主义
印尼宽松的移民法律导致印尼公民可以自由出入冲突地区，截至2015年12月份，大概800名深受极端思想影响的印尼人离开了印尼，根据报道，他们大部分参加了ISIS，剩余部分参加了征服沙姆阵线（Jabhat Fateh al-Sham），印尼执法人员认为至少有52名印尼人在叙利亚死亡，2016年1月有60至100人返回印尼。
去极端化教育所。
2017年1月至6月之间，印尼当局统计152名在国外参与恐怖活动斗争的人员回国，2016年12月至2018年5月，土耳其遣返了220名试图通过土耳其前往伊拉克和叙利亚参加ISIS的印尼公民。但是这些恐怖组织战斗人员返回印尼后，在雅加达东区的社会事务部经营的一个教育场所关押一个月，进行“教育”后就被释放了。这些回国的恐怖组织战斗人员，在印尼建立恐怖组织网络，并获得国外恐怖组织源源不断的指导和资金支持，例如伊斯兰祈祷团就是通过这种方式建立的。因此回国的恐怖组织战斗人员可能将印尼的极端主义重新点燃，达到2000年初期印尼面临恐怖暴力袭击的水平。
另外值得注意的是，印尼前往中东的留学生，他们有部分人获得极端组织的资助，例如伊斯兰祈祷团领导人阿布·巴卡尔·巴希尔做建立的寄宿学生校友会的资助，并加入ISIS，这些学生此前并没有受到过极端思想的侵蚀，但是却很容易被拉拢，前往叙利亚参加与总统巴沙尔·阿萨德的战争。
目前印尼遭遇严重的新冠疫情，截至2月2日，累计109万，给印尼的经济和民生造成了严重的创伤，经济下滑导致了激进组织和极端组织教徒收入下降，也意味着他们向组织所能捐献的金额下跌。激进组织和极端组织在疫情中，因为缺乏活动和培训资金，活动量暂时下跌，并不意味着印尼激进和极端思想得到了控制，激进组织和极端组织在疫情中，为了解决资金渠道，可能会把袭击目标转移到富裕的非穆斯林团体身上，进行抢劫或者杀戮行为，这是我们万分需要留意之处。
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