访浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院张仕蓉博士：临床分子病理专家眼中肺癌高通量基因检测注意事项和发展趋势

近日，小编有幸邀请到了浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院张仕蓉教授，为我们带来肺癌高通量领域的相关知识。

问：您从事非小细胞肺癌分子靶向药物治疗和耐药机制的研究，请您介绍一下当前的个体化精准治疗的情况？

答：肺癌个体化精准治疗是近10多年提出的概念，现在对于EGFR的检测已经非常明确，同时对于ALK，ROS1，MET跳切，RET，NTRK等融合基因也都已经列入核心的检测。虽然，中国人群EGFR突变的比例很高，在整个非小细胞肺癌中占到40-50%，而融合基因占比相对低，ALK约4-7%，ROS1约1-2%，MET约1-4%，RET约1-2%和NTRK约0.3%，但是从陆续上市的靶向药物来看，治疗效果很好。中国肺癌基数很大，即使这些融合基因占比较低，累计起来，整体的获益人群还是比较多的。随着靶向药物治疗逐步的深入人心和应用越来越广泛，靶向药物耐药成为越来越普遍和亟待解决的问题，但由于即使是同样的EGFR敏感基因的肺癌患者，使用同一个靶向药物，耐药的机制也可能存在较大的差异。因此肺癌个体化精准治疗另一个前提和难点就是“动态监测不同个体的耐药机制”，根据不同的耐药机制采取“不同的应对措施”。问：目前，精准医疗发展迅猛，也获得了国家的政策支持。在精准医疗大背景下，从临床的角度，NGS技术最大的亮点是什么？您怎么看NGS和传统检测技术的关系？答：现在我们知道肿瘤的发生机制与基因有关，而NGS技术无论在已知位点还是未知位点的多基因检测中都有其独特的发现，这一特点刚好适用于肿瘤等基因检测研究。我相信未来，NGS在病理学的研究及应用将有更大的前景。纵观技术的发展，免疫组化、RT-PCR等技术与NGS技术相比算是传统技术。但每种技术都有自身的特点，包括适用范围、技术内涵、适用人群和方法以及临床应用等。NGS与传统的RT-PCR、免疫组化等技术应该是相互补充、相互弥补的关系。传统的成熟技术有着非常规范、标准的应用，它与NGS的结合使基因测序技术呈现蓬勃发展的景象，也能促进病理的发展、临床应用和诊断。我认为病理学迎来了一个从形态学向功能学转化的过程。在这个过程中多技术、多维度的应用和结合是必不可少的，也是相互补充的。问：请您分享一下，您在使用高通量测序技术的感受？答：随着检测技术的进步，目前我们的检测趋势也在发生变化，从单点的检测到多点检测，从单基因到多基因的检测，如果我们只是进行单点的检测，特别是对于耐药的患者，如EGFR耐药后的患者，会有多个耐药突变的可能，我们要根据患者不同的耐药突变类型，选择后续的治疗，在这种情况下，进行单点突变的检测，显然是不能满足临床需求的。因此，这时我们可能就要利用多个位点检测平台来进行。NGS技术能够对点突变、融合和跳跃突变同时进行检测，检测的范围更全面。从2015年开始，高通量测序技术开始逐步在肺癌，尤其是晚期肺癌的诊疗当中应用起来。高通量测序结合多基因panel可以解决这样几个问题：一是指南当中推荐的驱动基因越来越多，单纯的PCR检测对于标本量的要求高，不能解决多个基因检测的需求。另外就是免疫治疗的需求，高通量测序大panel可以解决TMB以及其他免疫标志物的问题。所以，高通量技术正在得到越来越广泛的应用。但也存在一些问题，比如对于DNA检测已经和ARMS及一代测序方法相差无几，甚至在检测基因数量及灵敏度上还更有优势，但是对于一些融合基因、扩增基因的检测敏感性仍然存在问题。我们知道，像ALK、ROS1、RET 、NTRK这些融合基因在临床当中占据了很重要的位置。问：您多次提到基因融合，基因融合检测目前的难点是什么？答：因为中国人群EGFR突变比例很多高，所以传统上对碱基突变关注比较多，对基因融合关注较少。但从肿瘤精准治疗发展角度看，白血病的BCR-ABL融合是第一个成药靶点。而在肺癌当中， 除了EGFR外，ALK，ROS1，RET，NTRK1/2/3都是基因融合，而且针对这些融合有大量的药物在上市，效果都很多。比如ALK融合---堪称“钻石靶点”5年生存率达到62.5%，可以看出融合基因的检测对患者的有效治疗是非常重要的。融合基因是行业内检测难点，有多个方面的原因。首先，融合是两个基因之间的事件，传统方法“知其然”能够检测出发生了融合，但是“不知其所以然”不知道和哪个基因发生融合。其次，以DNA为模板的NGS检测融合的方式也并不是一个好的解决方案，因为内含子区域非常冗长，且有些高GC和重复区域无法富集无法覆盖，容易漏检。第三，从融合机制上看，可分为DNA层面上的结构变异和RNA层面上的剪切变异，若仅以DNA为模板，势必遗漏RNA剪切过程中发生的融合。因此经过多年的实践，指南也推荐使用RNA NGS进行融合检测，以避免漏检。