一、孔子后代基因分析
据统计，当代孔姓人口有270多万，排全国姓氏第83位。按理说，孔家谱系在汉族内是最严谨和纯正的，可是经检测，有相当一部分孔姓家族DNA序列却与蒙古高原贵族王罕克烈、北元达延汗后裔相似，而且比例还相当高。包括蒙古基因C3在内，还有Q1a1、O3人群。
测试样本数为曲阜地区孔姓人群1118例个例。测试结果表明，曲阜孔姓出现三种高频单倍群：C3(46.06%）、Q1a1（27.01%）、O3（20.66%）。其中O3因为没有集中趋势，也就是没有同源共祖聚集，估计O3三大支等全都有，而被排除在孔子后裔之外。认为C3和Q1a1都有可能是孔子后裔的类型。
从曲阜孔姓Q1a1人群与C3人群网络结构图来看，Q1a1相对松散，历史更久远，与孔子年代接近，普遍认为人数较少但是共祖年代是孔子时期的就是Q1a1-M120。而C3聚合度相对更紧密，人多的C3-M217，是晚期聚合的，历史更晚近，与蒙古人扩张时间相仿。科学判断，孔子是Q系的可能性很高。
下图是曲阜孔姓两类高频单倍群的网络结构分析图：
如果对号入座的话，比例较小的Q1a1当为孔氏之正宗；O3是多数汉族共有的基因，应当是孔末之后和早先卫国、郑国、陈国孔姓后裔；占比最大的C3，从元朝开始，一直到经过明清，都受到朝廷优待，经济条件和社会地位占明显优势，其繁衍数量庞大，也在情理之中了。
二、历史上孔子嫡系家族的几次变故
五代孔末乱孔事件
孔末乱孔，又名孔末之乱，是五代十国时期的谋杀事件，因此事，孔子家族的大宗支（注意是大宗，不是全部）险些断绝，逃过劫难的孔仁玉则在日后中兴孔族。孔子后人继承衍圣公这头衔是从西汉开始一直持续到南宋。孔景原本是孔府的一个杂役，据说原本姓刘（进孔府之后都改姓孔），后梁乾化三年（公元913年），孔景的后裔孔末眼见天下大乱，时局动荡，起了谋逆夺位的野心，遂伙同暴徒将生活在曲阜的阙里孔氏一一杀害，最后，孔末又到泗水杀了孔子四十二世孙孔光嗣，夺其家产，取代其位，主孔子祀，俨然以孔子嫡裔自居。经此事件，曲阜的孔子后裔几乎被杀。孔仁玉，孔光嗣之子，孔子四十三代孙。孔仁玉被后世认为孔氏中兴之祖。孔光嗣的堂兄孔桧避乱，辗转南迁到浙江平阳。
宋代孔氏南北宗并立事件
北宋靖康元年，金兵大举南下，后来俘虏走宋徽宗、宋钦宗两个皇帝。公元1128年，宋高宗在扬州举行郊祀，征召孔子后裔参加，以表明自己的正统身份。此时，孔子第四十八世孙孔端友奉诏带族人南下扬州。后来，宋高宗又辗转来到临安，将这里当做行在。宋高宗下令赐孔氏定居衢州，并在那里兴建家庙，供奉孔子夫妇楷木像，一切礼仪和曲阜一样，孔氏南宗就此形成。孔端友南渡后，金国扶持刘豫建立大齐政权，刘豫封孔端友胞弟孔端操次子孔璠为“衍圣公”，主奉曲阜孔林孔庙祭祀。如此一来，“衍圣公”出现了南、北两宗并立的情况，金国贵族曾在曲阜册封过“衍圣公”。孔端友后来无子绝户，南宋这边后来还找了孔端操幼子孔玠袭爵。
三、当代曲阜孔姓几大可能来源
孔子后裔：孔末主要杀的是孔姓大宗，未见得孔子后裔都杀完。中兴孔仁玉也有可能真是孔子后裔。
孔末后裔：孔末为孔府杂役，孔末乱孔后，繁衍了一些子孙。后世多认为其为外孔。
蒙古人后裔：因孔姓子孙拒受蒙古人册封，蒙古人找个蒙古人做替身册封为衍圣公，这种可能性非常大。而且如果蒙古人继承“衍生公”封号，与孔子后裔同居内孔，受到历朝历代优待，其人口发展速度会很快。
张氏后裔：传说孔仁玉被乳母所救，孔末追杀孔仁玉时，张家乳母以亲子代替。如果真孔仁玉被杀，那么后来的孔仁玉就应该是张氏子孙。
四、“衍圣公”应为蒙元后裔
人类基因分子学研究证明“衍圣公”为蒙元后裔
接下来C3和Q1a1都有可能是“内孔”。关键是谁才是真正的孔子后裔，谁是冒牌的？冒牌来源有两个，一是蒙古人冒牌，二是张氏子孙冒牌，其中又以蒙古人冒牌的可能性最高！
那么，基于以上目前已经有的分子人类学证据，其实可以很轻松判断Q1a1才是孔子真正后裔，Q1a1的聚集可以上溯到秦汉时期。而C3形成的最晚，与蒙元的崛起时间吻合。可见C3是蒙古人册封的假衍圣公后裔，03是大部分汉人的基因，孔末的后裔则应在O3内。孔仁玉为真孔子后裔可能性高，但是后来“衍圣公”被蒙古人冒替了，所以“外孔”认定“内孔”为“伪孔”也有道理，但是真孔子后裔应该也在内孔之内，而不太可能在外孔，或内外孔皆有。
结合分子人类学证据，可以验证历史真伪！其实元清进入中原，极大改变汉人姓氏血统。在分析五胡乱华之前历史名人Y类型时，基本上可以把C3和O3看成是干扰因素而排除在外，分析曹操后裔如是，分析孔子后裔如是，分析姬周衍生各姓氏也如是！曲阜孔姓Y测试结果是北方民族基因进入汉人姓氏的一个缩影！
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