ChIP 对照设置 － 丁香通

ChIP对照设置

1.input：样本经过超声，但是没有进行ChIP，包含样本超声后总DNA，可以进行电泳，检测超声效果，同时，可以与最后ChIP样本进行比较，看ChIP的效率（如果用同一引物进行PCR，ChIP组和input组亮度差不多，说明ChIP效率高，基本上，样本中所有的目的基因片段都被ChIP下来了，反之，说明效率低，实验条件有待改进）

2、阳性对照：一般用anti-RNA Polymerase II抗体，因为RNA Polymerase II是通用转录因子，在所有细胞中都能结合基因（当然是在该细胞中表达的基因，所以为了保证阳性对照有效，一般选择阳性对照的引物是根据管家基因设计的）的核心启动子区，因此，理论上ChIP后PCR都会有条带

3、阴性对照：用普通的IgG做为抗体，理论上不会ChIP下来任何DNA片段，因此作为阳性对照，但是由于非特异结合，或者实验过程中，没发生结合的DNA清除不完全，可能也会出现条带，最理想的结果当然是没有条带，但是如果有一条淡淡的条带（与阳性对照和目的基因组相比），也是不妨碍的。

4、实验组，就是用自己感兴趣的转录因子去检测感兴趣的基因引物设计：

（1）ChIP检测的是转录因子与基因启动子区的结合情况，因此引物设计要选择目的基因启动子区，ChIP试验中启动子区一般选在转录起始位点上游1000bp的DNA片段（或者为了保险些选在2000bp），因为一般情况下，转录因子结合在这个区域，当然也有结合在更上游，或者有的文献报道在转录起始位点下游也有结合，我们就不能一一考虑这些有点特殊的情况了，一般实验的时候选择的是转录起始位点上游2000bp的片段。

（2）引物设计原则跟普通的引物相同，但是，超声后DNA被打断，所以PCR产物要尽量短一些，100多bp就足够了，因为产物长度越长，这段DNA被打断的可能性就越大，P出来的可能性就越小

结合位点分组 Ch-IP分组：

结合位点分组	Ch-IP分组
阳性对照组	input对照组
	output实验组
	NIS/mock对照组
阴性对照组	input对照组
	output实验组
	NIS/mock对照组
基因位点（1~3）	input对照组
	output实验组
	NIS/mock对照组

编辑： weicf    来源：丁香园