基因数据库是数据解读环节的基础,但成立单独以数据库为业务的公司,这种做法并不讨喜。数据库市场的竞争太激烈,且不说几乎每家基因测序公司都有自己的遗传疾病库,就连上游的试剂供应商也在提供这项业务。甚至有的供应商连仪器都一块打包送上门,将这一过程变成了商业化的业务。
单独的数据库公司确实不好做,因此,许多公司是都只是通过成立单独的生物信息部门,来进行数据库环节的布局。
然而这家名为为朔医学的公司,非但将数据库作为公司核心业务, 还从2011年做到了现在。除了与国内的医疗、科研机构合作,他们甚至还签约了泰国NIPT政府项目、与全球顶级医院——美国西奈山医院达成了长期合作。
在许多人都不敢全身心投入的基因大数据市场,这家公司是如何成长、并且还将国内数据库卖到海外顶级医院的呢?动脉网决定对这家公司进行简单的分析。
具有前沿意识的临床医生
为朔医学的创始人兼CEO郝占平是国内首批伽马刀专业(头部伽玛刀属于神经外科学专业)研究生。在成为一名创业者之前,他已经做了近20年的外科医生。
为朔医学创始人兼 CEO 郝占平
2005年,做了10年神经外科医生的郝占平跨界到肿瘤科。在肿瘤科的6年里,他遇到了很多肿瘤患者,从中发现常规的方法不能解决他们的疾病,而通过基因检测进行用药和治疗指导,或许能让患者病情得到改善。
郝占平透露,就是在那一段时间,他体会到了基础科学对临床指导的价值。他开始想从临床中走出来,做好基础学科和临床的对接,为将来NGS进入临床铺好路。
2011年,郝占平开始尝试进入基础医学领域。这个时候他又遇到了自己的发小郭栋梁。郭栋梁曾先后在美国礼来和默克转化医学研究中心任职,是生物信息云计算领域的专家。多次交谈后,两人在新加坡成立了为朔医学大数据研发总部,同时在国内成立医学检测中心。
根据动脉网知识库中的数据显示,大部分基因数据类公司(包括分析、解读、数据库)成立的时间节点都是在2014年、2015年。为朔医学是早期布局这一领域的企业。
检测中心成立后不久,郝占平就遇到了一位在临床接触过的患者——35岁,肺癌,全身骨转移。放在临床上,唯一的方案就是做化疗。试着给患者做了基因检测后,发现他ALK融合基因呈阳性。
恰好,当时北京一家医院正在做针对该基因变异类型的靶向药物III期临床试验。很幸运,这位患者成功入组,服药一个月之后与正常人无异——通过PET-CT扫描发现病灶竟然消失了。
那个时候,郝占平并没有全职创业。在临床外找到了能把临床水平抬高的方法,郝占平坦言这个发现对他的影响很大。传统医疗怎么了?究其原因,其实很大一部分可以归结为临床转化的困难。临床外有新的技术,但却卡在了转化这个环节,新的技术进不去,临床发展也就非常迟缓。
两年后,郝占平从医院辞职,开始把全部精力放在企业上,希望通过建立基础学科成果与临床转化的桥梁,加快临床发展速度,同时能够带动基础医学行业发展。
前沿意识带来的先机
传统的基因解读是将基因组学信息与疾病类型关联起来。这样的手段其实在临床上很难被采用。原因有二:一是并非所有的临床医生都具备遗传学背景,能够完全理解基因解读报告;二是并非所有的组学数据都能够与临床表象一一对应。
以国外的一项研究为例。这项研究中,大部分耐药的患者在基因层面上表现出来的突变率都低于5%。如果是但从生物信息分析的角度,这部分患者会直接被定义为不耐药。但这样是不准确的,实际上这些患者中的大部分在临床上都表现出了耐药性。
意识到这些问题后,许多公司开始尝试将临床与组学数据整合。但这样的数据库要想形成核心竞争力,数据量是关键。这里的数据就包括了基因组学数据和临床表型数据。
企业面临的难点有两个:一是时间,数据整合并非一朝一夕,时间与人力缺一不可;二是临床数据从哪里来,大部分公司都很难拿到临床数据。
为朔医学的解决方案是与多家医院共建了精准医疗中心,以此来获得临床数据。另外,从成立之日起,公司便瞄准了服务临床端的数据解读和注释。
其核心产品iCMDB(individual Clinical Medicine Database)知识库用的都是自己的注释。这里的数据一部分是来自临床疾病整合方向的公共数据库,另一部分来源于FDA、CFDA的指南,同时还包括药理和药物分子结构的数据以及临床反馈数据。
郝占平告诉动脉网记者,目前公司有100多个人,花了6年多的时间进行数据整合。6年的积累,成为公司的先发优势。
符合临床需求的产品形态
基因数据的量越来越大,在数据传输、计算上的压力也就越来越大。传统设备的成本高、而且场地需求比较大。针对这一点,许多企业将云技术带到了这里。
2013年、2014年间,国内出现了许多生物信息云平台服务商。为朔医学也在2012年2月发布了全球首个肿瘤个性化诊治数据库与分析平台(iCMDB),并且提供了全球云端入口。
但事实上,云端模式在医院并不好推动,这种模式更适合企业或者科研机构。医院对外的网络接口和传输速度可能受到限制,中间环节涉及到的很多软件需要监管部门注册报批。让医院将患者的数据上传到公共云上,目前是不可能的事情。医院还是更愿意接受本地化的服务模式。
2015年5月,基于iCMDB平台,为朔医学又发布了全球首台个体化临床诊治数据库分析一体机。与云端模式不同,一体机将数据分析和报告产出都本地化,可满足临床医院的检测分析需求。
清晰的产品定位
iCMDB知识库是一款个性化临床医学知识库系统,包含了疾病、生物标记物、变异位点、药物、诊疗方案。为朔医学把这个数据库定义为诊治工具。在临床决策中,一种病症往往会面对多种药物,多个治疗方案的选择。他们希望通过知识库把可用的治疗方案排列出来,这样就能为医生临床决策提供帮助。
不同的基因型在治疗决策上体现出了极强的差异,比如同样是肝炎并发肝硬化患者,有的患者的基因型就决定了他需要切除手术或者移植手术,而有的患者则更适合介入手术治疗。知识库就会把所有相关的基因组学数据和临床致病原因、发病机制同时整合起来,形成一个子库。
这样的子库就变成了临床医生疾病诊断时的查询工具,输入疾病特征,知识库就能在后台进行计算融合,最后将整合后的临床和组学数据一并呈现出来。
图片来自为朔医学网站
“这种方式并不是代表知识库能够做诊断。知识库的功能是给到医生所有的信息,让医生自己去判断。”郝占平表示。如果一个内科医生要跟上最前沿研究的步伐,每天需要看2-4篇文献,但临床医生的工作强度本身就很大,一个月下来也看不了这么多。因此,他们需要一个能够帮助他们提供客观、严谨的临床决策支持。
目前知识库详细注释的疾病有200多种,并关联相应的生物标志物及其相应的变异类型,同时收录疾病治疗药物及多种层次的治疗方案,切实满足临床应用。用户可根据自身需求按单项病种订购或者全套订购。单项病种价格在每年5-7万人民币,全套订购价格为每年150万人民币。
不局限国内市场
郝占平还向动脉网透露,东南亚地区的检测机构比较散,但付费意识比较强。相比国内陆区,东南亚地区更容易推广。因此,公司选择在中国和新加坡两地共同推进业务。
目前,国内的合作方包括中国人民解放军307医院、广州呼吸研究所、华因康基因,覆盖临床、科研、产业领域。
在国外市场,2012年12月,为朔医学与泰国Ramathibodi hospital 达成合作。
Ramathibodi hospital 是泰国国立玛希隆大学的附属医院,是泰国最盛名的医学院之一。为朔医学将为Ramathibodi医院提供免疫缺陷病毒(HIV)的检测和防治解决方案。
另外在2015年3月,为朔医学海外团队还顺利签约了泰国NIPT政府项目。
在新加坡市场,公司更多合作的是科研项目,比如与新加坡科技局的合作,还有与陈笃生医院再药物基因组学方向上的联合研究。
公司的iCMDB知识库已经拿到了新加坡卫生科学局Class A注册资质,以及新加坡卫生科学局的医疗卫生许可。也许未来将在新加坡进行更多临床项目上的扩展。
在欧美市场上,公司比较大的合作方有两个:QIAGEN转化医学研究所以及西奈山伊坎医学院。
QIAGEN先后收购了Ingenuity Systems、CLC Bio以及Biobase,在临床解读数据库、甚至整个生物数据分析、解读领域都颇具影响力,其数据库被许多第三方机构采用。而这一次的合作,QIAGEN并不是作为数据库的提供方,反而是购买方。
2016年2月,美国西奈山伊坎医学院正式与公司达成长期协议。为朔医学成为亚洲首家为美国顶级医院提供临床医学数据库服务的医疗机构。
其实早在2013年公司便开始了向美国市场的业务拓展,除西奈山医院以外,公司还与5家医疗机构保持着合作关系。
据了解,为朔医学已经与CustomServicesz达成战略合作关系,建立覆盖北美和澳洲的销售渠道,公司接下来将这两个市场持续发力。
启示
总的来说,为朔医学的模式其实很简单:并不是不能复制,但又不容易复制。
基因数据库的核心竞争力是数据规模。这一点,国内大部分的基因检测公司都在通过测序服务、发起检测计划、或是与临床医院合作进行数据积累。
但要形成多组学整合的数据库,文献的抽取以及临床数据的整合是企业塑造核心竞争力的关键。目前这些数据的整理只能依靠人工和时间积累,也许未来人工智能的发展将为这一环节带来替代方案,但目前来看还为时尚早。
文|周梦亚
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