“味苦，平。主诸热，黄疸，肠澼泄痢，逐水，下血闭，恶疮疽蚀，火疡。”（《本经》）

黄芩泄实火、除湿热，其性寒也。凡壮热烦渴，肺热咳嗽，湿热下利，黄疸热淋，吐衄崩漏，目赤肿痛，胎动不安，痈肿疔疮并皆治之。《本经》谓：诸热者，乃气血分热，风热，湿热，痰热，五脏六腑之热也。陈修园、徐灵胎以黄芩色黄属脾土，其中空似肠胃，为肠胃湿热之用药；黄元御以黄芩清相火，止呃逆，除痞热，退郁蒸，为肝胆少阳经之用药。

《伤寒论》葛根芩连汤治伤寒表证未解，医反误下，邪陷阳明致成热利，黄芩清泄里热，苦坚胃肠以止利，今用于温病初起，即见下利壮热，烦躁口渴，小便短赤，所利之物臭秽异常，肛门灼热疼痛者；黄芩汤治身热口苦，腹痛下利脓血，黄芩清热解毒治痢也，今用于急性痢疾肠炎，又用于寒邪深伏，已经化热之温病，黄芩苦寒直清气分之实热邪火也；小柴胡汤本治寒热往来之中风，大柴胡汤治发热、汗出之少阳热结，其法亦为后世采用治疗暑温时疫之湿遏热郁，三焦不利，肝胆相火炽盛者，惟必用黄芩以泻伏热郁火也；干姜芩连人参汤治伤寒本自寒下，脾气内陷，下利益甚，呕吐弥增，拒食不纳，黄芩泄热于上，干姜温中，人参益胃，阴阳升降复常，寒热格拒自然可愈；泻心汤四方皆治伤寒心下痞满，皆重用黄芩泄郁火热结也。

外感疫毒、湿温，黄芩皆系要药，《医方集解》普济消毒饮治大头瘟流行蔓延甚广，恶寒发热，头面红肿焮痛，目难开，咽喉不利，舌燥口渴，黄芩清热解毒，消肿逐水也；东垣二黄汤（黄芩、黄连（俱用酒炒），甘草各等分）亦治大头天行疫病；三黄石膏汤（生石膏、黄芩、黄柏、豆豉、麻黄、栀子）治瘟证高热发狂不识人，其力甚雄。

贵州潘星北认为猩红热为外感温热疫毒，熏灼咽喉红肿糜烂，外窜肌肤为丹痧，病分三期，均以黄芩清热解毒为主，辅以金银花、元参、射干、丹皮、大黄、生地、连翘、栀子甘草为治。

《重订通俗伤寒论》蒿芩清胆汤以黄芩苦寒清泄胆府邪热，青蒿清透少阳邪热并为君药，治湿热弥漫气分，热重于湿，寒热如疟，小便黄少者。贵州陆鸿宾氏以之治变应性亚败血症之寒温两感者有良效。

《温热经纬》甘露消毒丹重用黄芩、滑石、茵陈三药治湿温时疫，邪在气分之发热困倦，胸闷腹胀，发黄颐肿等症，夏令暑湿季节最为常用。贵州陈慈煦氏以之治疗不明原因持续高热，其证或有寒战，入夜盗汗，微咳，膝关节时而酸痛，口渴而思热饮。余认为凡属湿热郁滞气分者，无论沙门菌属感染、伤寒、病毒感染抑或不明原因之发热，皆可辨而用之。

黄芩凉血止血。《金匮》泻心汤，以大黄、黄芩、黄连治邪火内炽，迫血妄行以致吐血衄血者，气火下降，血亦渐趋宁静也，今用治胃、十二指肠溃疡出血者。