UFold | RNA二级结构预测

在 [[DNA转录过程介绍]] 介绍当中，我们知道 DNA 通过转录可以形成一条单一链的 RNA。虽然从线性角度而言的话，RNA 是单链的。但是细胞内的 RNA 可以通过折叠形成 RNA 的二级结构。RNA 二级结构的形成在很大程度上取决于核苷酸碱基配对，包括经典碱基配对——A-U、C-G 和非 Watson-Crick 配对 G-U，以及非经典碱基配对^[1]。RNA 的二级结构除了维持 RNA 本身的稳定性之外，其也可以参与一些基因的调控作用。

因此了解一个 RNA 的二级结构还是十分重要的。所以今天就介绍一个最近发表的基于深度学习的 RNA 二级结构预测工具。UFold--RNA secondary structure prediction: https://ufold.ics.uci.edu/

UFold 的使用也是很简单的，只要提供想要预测的 RNA fasta 序列即可。

输入完成之后，点击Submit 即可得到预测的预测的 RNA 的二级结构。

关于 RNA 二级结构的预测工具目前已经有很多了。基于 Ufold 的原始文献，作者比较了多个 RNA 二级结构预测工具。相比较而言 UFold 的表现还是不错的。所有有需要预测二级结构的情况，可以尝试使用 UFold 工具。

^[1]: UFold: fast and accurate RNA secondary structure prediction with deep learning | Nucleic Acids Research  https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1074/6430845