人体内的蛋白存在都存在相互作用关系的。通过预测蛋白之间的相互作用关系，可以了解一个蛋白的具体功能机制。之前介绍过 [[STRING-蛋白相互作用数据库使用]] 就是一个。同时也介绍过 [[BioGRID-单个蛋白质相互作用的数据库]] 这个基于单基因蛋白相互作用数据库。在我们介绍 BioGRID 的时候，那个是 3.0 的版本。最近 BioGRID | Database of Protein, Chemical, and Genetic Interactions: https://thebiogrid.org/ 。数据库更新到了 4.4 版本。其中一些界面也发生了变化。所以这里就重新介绍一下。
BioGRID 收集的所有相互作用关系都是来自于文献，其中包括重点低通量研究和大型高通量数据集。除了基因之间的相互作用关系，BioGRID 还收集了蛋白质翻译后修饰 (post‐translational modifications, PTM) 以及与生物活性小分子（包括许多已知药物）的相互作用。经过整理，最后一共收集了 2, 306, 028 种蛋白质和遗传相互作用、29, 417 种化学相互作用和 1, 128, 339 种翻译后修饰。
BioGRID 支持三种格式的数据输入：1）蛋白名/基因名；2）pubmed id；3）化学物质
例如，我们这里想要检索YTHDF1在人体当中的相互作用关系。
经过检索，首先可以看到的是这个基因的基本信息。同时在 BioGRID 当中也提供了多个其他基因相关数据库的链接，比如：[[BioGRID ORCS-CRISPR筛选数据库]], [[gene-基因基本信息查询数据库]] 等相关数据库。同时 👉 还有一个预测结果的基本扇形图。
再往下就是具体的相互作用信息了。在 BioGRID 当中主要分成了四个部分：
相互作用基因：在这个部分可以看到相互作用的基因是哪些。同时在后面可以查看主要证据。
如果对于证据信息不了解的话，鼠标放上去就有基本的解释了。对于所有 BioGRID 的证据解读可以查看Experimental Evidence Codes | BioGRID: https://wiki.thebiogrid.org/doku.php/experimental_systems
相互作用关系：这一部分相当于 👆那一部分所有证据的展开详细信息。
网络展示：这一部分可以展示和 YTHDF1 基因相互作用的网络图。同时可以在FILTERS当中筛选可视化哪些证据结果的网络
翻译后修饰位点：在最好部分则展示了这个蛋白可能的翻译后修饰位点位置。
BioGRID 是一个用来分析某一个基因相互作用的数据库。对于这类基于文献结果得到的数据库，其中更新频率直接影响的结果的预测。所幸 BioGRID 是一个每年都会更新的数据库。所以可以放心使用。同时，由于这个数据库经常的更新，所以可能这次预测的结果和文章发表的时候就不一样了。因此在使用数据库预测的时候，要记住这个数据库目前的版本。比如现在介绍的就是 4.4 版本。而之前介绍这个数据库的时候还是 3.5 版本。
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