lncRNA与蛋白结合预测数据库网站

写在前面

好不容易找到一条新颖的lncRNA，表达及功能做完了之后，还能做啥呢？可以找一下它的靶蛋白呀。实验方面，大家都知道可以进行lncRNA pull down-MS，但经费有限怎么办？这时候就需要数据库来预测了。

预测lncRNA结合蛋白的网站有很多，今天给大家介绍一个预测lncRNA结合蛋白的在线分析工具，功能强大，且简便易行。只需要输入序列，鼠标点点点就完事儿，是不是瞬间充满了动力

。    

catRAPID ：是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构，氢键和范德华力，该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。

话不多说，上链接： http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group

该网站主要包含以下6个模块

下面主要就小编使用过的功能给大家简单介绍一下

1.     catRAPID omics

可用于预测与目的RNA结合的蛋白，或者与目的蛋白结合的RNA，点击该条目进入

以lncRNA为例，输入fasta序列（可从NCBI下载）

根据选项，输入要研究的种属，其余根据自身需要自行选择

输入邮箱，点击下方提交，进行分析。分析完成后（约10min），邮件自动提供结果链接，点击进入即可查询，结果如下：

根据结果，可以看到与该lncRNA结合的蛋白，依据Ranking进行排序。我们就可以选择感兴趣的进行后续分析啦

2.    catRAPID express

可以预测已知RNA与蛋白的具体结合位点。具体用法同上，输入蛋白及RNA的fasta序列，提交即可。

结果如下：

以热图形式显示RNA与蛋白结合的具体位置。红色区域代表结合力较高

部分甚至还可显示具体结合区域

至于其他4个模块，原理基本一致，大家可以自行探索鸭