我研究的基因在细胞系当中的表达情况如何？

    相信大家都听说过CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）（https://portals.broadinstitute.org/ccle）。简单来说，这个数据库做了很多细胞系当中基因表达、突变、拷贝数以及DNA甲基化的结果。利用这个数据库我们可以了解一个细胞系当中某一个基因的基本情况。那么这么丰富的数据要如何使用呢？下面我们简单介绍一下。

根据官网链接进入主页面，如下图所示：输入基因名或者细胞系名后检索即可。

这里我们以基因YTHDF1为例，输入后提交。

可以看到YTHDF1的相关信息简介及通往其他外部gene数据库的链接。

其中可以看到共包括5个菜单栏，下面我们就每个菜单栏的功能进行简要介绍。

1.     Distribution by Lineage

该模块数据按照细胞系分布。

默认选项打开后可得到如下结果：显示给定数据集的基因表达数据的分布。箱形图通过不同细胞系中基因表达的平均分布进行分类和着色。高表达分布在左侧，并用红色显示。

我们可以根据需要来更改数据集进行可视化。

当想隐藏某一细胞系时，点击名称使其变灰即可，再次点击名称即可显示该隐藏的细胞系。当然，页面最下方的

可供下载数据。

接下来我们点击下方图片中的红色方框，

可以查看该图的数据，并进行编辑，比如改变某一细胞系的图形类型等，功能相当丰富，大家可以自行了解。

2.     Scatter Plots

该模块将基因的表达数据与自身的不同数据集或另一个基因的数据集进行比较。下图为YTHDF1的不同数据集比较结果。

如果要比较该基因与另一个基因的分布，先选择“different gene”标签。输入目的基因，点击搜索。然后将弹出另一种用于选择不同数据集的表格。X轴显示原始基因的分布情况，而Y轴显示新选择的基因的分布情况。

当然，下方依旧提供下载链接

3.     Mutation Data

使用突变数据时，网站会提醒我们要登陆账号才供使用

我们注册一个账号即可，当然是免费的啦。登陆成功后，则会出现以下数据页面。单击列旁边的箭头即可按列排序。当然，我们也可以根据基因，细胞系，染色体等进行筛选，下图红色数据框处即为筛选框。

这里我们以筛选肿瘤为例，输入stomach，则会自动筛选胃癌相关数据。

4.     Fusion/Translocation Data

如题，该模块显示的是融合/易位数据。

5.     CpG Methylation Viewer

该模块显示基因的甲基化数据。

按照上图操作方法，加载图形后，会出现下图所示结果：X轴显示甲基化数据的位置（冒号前的数字是染色体，冒号后的数字是位置），Y轴显示测量甲基化的细胞系。其中气泡大小表示覆盖率，气泡颜色表示甲基化，红色代表高甲基化，蓝色代表低甲基化。将鼠标置于特定的气泡上可提供更具体的信息，例如覆盖率和甲基化程度。

也提供了数据下载的位置。

 以上就是使用基因检索的信息。如果想要检索某一细胞系的话，直接在搜索框内输入细胞系名称就好，这里以胃癌AGS细胞为例，做一下简要示范：

搜索后，则会出现下图结果。其中蓝色字体可链接至CCLE或NCBI的相应位置。