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窦建德被擒后，他的将士全都作鸟兽散，唐军一共俘虏了五万人，李世民当天就将他们遣散，让他们返回家乡，窦建德的妻子曹氏则和左仆射齐善行带着几百名骑兵逃回洺（音同名）州。
听说窦建德被生擒，封德彝连忙进帐表示庆贺，李世民笑道：“没听您的话，才有今天的胜利。智者千虑，难免一失呀！”封德彝羞愧万分。
公元621年五月初七，得知窦建德兵败被擒，王世充辖下的偃师、巩县均宣布降唐，麾下将领王德仁放弃旧洛阳城逃跑，副将赵季卿以城降唐。
回到洛阳后，李世民不说多话，直接押着窦建德、王琬、长孙安世和郭士衡等人到城下给王世充看，王世充流着眼泪和窦建德接话，场面悲催而滑稽，李世民又让长孙安世等人进城详解窦建德失败的情况。
王世充召集诸将商议突围，准备南奔襄阳，诸将都道：“我们依赖的是窦建德，如今他已被俘，我们就是突围也无法成功。”
五月初九，王世充身穿白衣带领郑国的太子、百官及两千多人到军营前投降，李世民按礼节受降，王世充俯下身汗流浃背。李世民道：“你总认为我是个小孩子，如今见了我，为什么这么恭敬呢？”王世充只有叩头谢罪。
李世民派出一部分人先进入洛阳，分别把守市场和店铺，禁止骚扰抢掠，没有一人敢违犯禁令。
五月初十，李世民进入洛阳宫城，命记室房玄龄先进入中书省和门下省，收集隋朝的地图户籍、制文诏书，但已都被王世充销毁，一无所获，又命萧瑀、窦轨等人封存隋朝仓库，没收金钱布帛，颁赐给将士们。
李世民派人逮捕了罪行特别大的十几名王世充的同党，有段达、王隆、崔洪丹、薛德音、杨汪、孟孝义、单雄信、杨公卿、郭什柱、郭士衡、董睿、张童儿、王德仁、朱粲、郭善才等，在洛水岸边集体斩首。
当初，李世勣与单雄信相交莫逆，发誓同生共死。等到洛阳平定，李世勣说单雄信骁健无比，请求用自己的官爵来替单雄信赎罪，李世民不准。
李世勣再三请求仍不得，痛哭着退下，单雄信对他道：“我早知道你办不成事。”李世勣道：“我不惜余生和你一起死，但既然将这条命给了国家，事情就无法两全。况且，我若死了，谁来照顾你的妻儿呢？”
于是，李世勣割下一块大腿肉让单雄信吃下，对他道：“就让这块肉随兄长一起化为尘土，也许可以不负当年的誓言！”
李世民又拘押了韦节、杨续、长孙安世等十几个人送往长安，百姓无罪而被关押起来的一律释放，被杀死的作诔（音同垒）文加以祭奠。
杜如晦的叔父杜淹与杜如晦兄弟一向不和，侍奉王世充时，进谗言杀了杜如晦的兄长，又将杜如晦的弟弟杜楚客关了起来，差点儿将其饿死。
待到平定洛阳，杜淹应当被处死，杜楚客痛哭流涕请杜如晦搭救杜淹，杜如晦不肯，杜楚客道：“叔父过去杀了大哥，如今兄长又要杀叔父，一家人自相残杀而死光，岂不令人痛心！”说着便要自杀。
无奈之下，杜如晦只好向李世民求情，杜淹因此免于一死。
这天，李世民在阊阖门办公，苏威请求参见，但自称年老有病不能行礼。
李世民派人去责备苏威道：“您是隋朝宰相，国家危亡不能匡扶，致使君主被弑、国家灭亡。见了李密、王世充都能叩头行礼，既然如今年老有病，就不必相见了。”到了长安后，苏威又请求参见，李世民仍然不准。
苏威既老且穷，之后再也没能做官，最终老死家中，享年八十二岁。
李世民观看隋朝的宫殿后，感叹道：“穷奢极欲，能不亡国吗！”下令拆了端门楼，烧了乾阳殿，毁去则天门及其门前阙楼，废除诸佛寺，城中的和尚尼姑只各留下三十名有德之人，其余的都下令还俗。
此时，窦建德溃逃的部众跑到洺州，打算扶立窦建德的养子为王，征兵抵抗唐军，又想剽掠居民回到海边作强盗。
齐善行极力反对，对他们道：“隋末丧乱，我们这些人才在民间聚集起来暂且求得生存。以夏王那样的英武之人，平定了河朔，兵强马壮，但还是被唐军一战打败，难道不是天命已有所归吗？如今败亡到这种程度，守也没用，逃也不能免于灭亡，同样是亡国，怎可再给百姓带来灾难呢！不如倾心向唐投降，一定想要得到酬劳，就分光仓库里的财物，不要再残害百姓了！”
于是，齐善行下令将仓库中几十万段帛运到万春宫东面街上，分发给将士，然后布署士兵把守街巷，已分得布匹的人立即离开，不准再进百姓家。
五月十五，齐善行和夏国的仆射裴矩、行台曹旦带领百官奉窦建德的妻子曹氏和传国八玺以及打败宇文化及时得到的珍宝向唐朝请求投降。
听说齐善行的所作所为后，李渊以他为秦王左二护军，并给予厚赏。
当初，窦建德杀死宇文化及时，宇文士及的妻子隋朝南阳公主有个儿子名叫宇文禅师，窦建德的虎贲郎将於士澄问南阳公主道：“宇文化及大逆弑君，兄弟之子都要连坐从死，如果您舍不得禅师，我会替您把他留下。”
南阳公主流泪道：“您既然是隋室贵臣，这事还用得着问我吗？”最终，窦建德杀了宇文禅师，南阳公主请求出家为尼。
待到窦建德败亡，南阳公主将要返回长安，在洛阳和宇文士及相遇，宇文士及请求和她相见，南阳公主不肯。
宇文士及又站在门外请求复婚，南阳公主道：“我和你家是仇人，现在之所以没有亲手杀你，是因为我知道你未曾参预密谋。”让宇文士及马上离开。
宇文士及再三请求，南阳公主生气道：“你一定想要相见，除非现在就去死。”宇文士及深知她的意志不可更改，洒泪作揖告辞而去。
五月二十一，王世充的徐州行台杞王王世辩到河南道安抚大使任瑰（音同归）处，以徐、宋等三十八州之地请降，原属王世充的地区全部平定。
不久，窦建德的博州刺史冯士羡推举唐朝淮安王李神通为慰抚山东使，攻下三十几州，窦建德的领地也全部平定。
窦建德和王世充的相继败亡，标志着李渊的争霸之旅大势已定，手握关中、河东、河南、河北等核心地盘，剩下的不过是收官而已。
六月十二，孟海公的余党蒋善合以郓（音同运）州，孟啖鬼以曹州来降唐。
六月十九，李渊以右骁卫将军盛彦师为宋州总管，让他安抚河南。
七月初五，王世充的行台王弘烈、王泰、左仆射豆卢行褒、右仆射苏世长以襄州前来降唐。
李渊与豆卢行褒、苏世长都有交情，之前多次通过书信招降他们，豆卢行褒总是杀了他的使者。到了长安后，李渊杀了豆卢行褒并责备苏世长。
苏世长回答道：“隋朝丧失政权，天下人都在追逐它。陛下既已得到统治大权，怎能再怨恨同您一起追逐的人，要判他们争权的罪呢？”李渊笑了，将苏世长释放，还以他为谏议大夫。
苏世长曾经随李渊在高陵围猎，捉了很多飞禽野兽，李渊对群臣道：“今天打猎高兴吗？”苏世长回答道：“陛下游猎，只稍稍耽误了政事，打猎不足十旬，还称不上高兴！”李渊听后脸色大变，一会儿笑着道：“你又发狂了？”苏世长回答道：“在臣下来说是狂，对陛下而言是绝对忠诚。”
苏世长还曾在披香殿侍奉李渊饮宴，喝到兴头上，对李渊道：“这披香殿是隋炀帝建的吧？”李渊道：“你的劝告好像挺直率，其实很多是装傻，你难道不知道这披香殿是朕建的，怎能说是炀帝建的呢？”
苏世长回答道：“臣实在不知道是谁建的，只不过看到这殿像商纣王的倾宫、鹿台一样华丽奢侈，不是新兴帝王所应该建的。如果是陛下建的，确实不合适。臣过去在武功侍陛下，看见您所住的房屋仅能够遮风避雨，当时您也很满足。如今继承隋朝的宫殿，已经很奢侈了，却又增加新的宫殿，这样又怎么能够矫正隋朝的过失呢？”李渊深以为然。
七月初九，李世民抵达长安，他身披黄金甲，李元吉、李世勣等二十五员战将跟随其后，还有一万匹铁骑，前后奏响军乐，到太庙献上俘获的王世充、窦建德以及隋室的车驾、御物，举行清点战利品的饮至礼祭祀祖先。
李渊见到王世充后历数他的罪行，王世充道：“我的罪固然该杀，但秦王答应我不死。”
七月十一，李渊下诏赦免王世充，让他作为平民和兄弟子侄一起安置在蜀中，而在闹市中将窦建德处斩。
七月十二，因为天下已大致平定，李渊大赦天下，免除一年的徭役，陕、鼎、函、虢、虞、芮六州由于转运辛劳、耗费，幽州境内长期受敌军阻隔，均免除二年徭役，国家的律、令、格、式暂使用隋朝开皇旧制。
赦令颁布后，王世充、窦建德的余党仍然有人被迁到远方，治书侍御史孙伏伽上言道：“可以没有军队和粮食，但不可不讲信义。陛下既然已经发布赦令，又将人迁走，这是违背自己的本心，让天下以哪个为准呢？而且王世充尚且得到宽大，何况他的余党，应当将他们释放。”李渊听从了他的劝谏。
因防守人员尚未配备好，王世充一行暂时安置在雍州官衙内，被王世充所杀的独孤机的儿子定州刺史独孤修德带着兄弟们到他停留的地方假称有敕令传唤，王世充和兄长王世恽跑出门逃命，终究还是被独孤修德等人杀死。
念在独孤修德是为父报仇，李渊只罢免了他的官爵，至于王世充其他的兄弟子侄也在赴蜀途中以谋反罪被处死，李世民的承诺终究只是随口一说而已。
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