刘劭被擒时，刘濬带领随从数十人挟持南平王刘铄南逃，走到越城时遇到刘义恭，刘濬翻身下马问道：“南中郎刘骏现在在做什么？”刘义恭回答道：“主上已君临万国。”刘濬又问：“我来得不晚吧？”刘义恭回答道：“很遗憾，你来得太晚了。”刘濬又问：“我该不会被判死罪吧？”刘义恭道：“你可以回到行宫，向主上请求处罚。”刘濬又问：“不知主上还能不能赐我一个官职，让我为他效忠尽力？”刘义恭忽然笑了，暧昧道：“这个不好说。”刘义恭带着刘濬一起从越城返回京师，走到中途就把他斩了，同时斩了他的三个儿子。之后，刘劭和刘濬父子的头都被砍下来悬挂在大航，他们的尸体被拖到集市上曝尸示众。亲兄弟一场，即使有弑父的暴行，难道就不能私下处决吗？非要让全天下都看到皇室丑闻，刘骏的做法实在有失妥当。当建康的普通百姓看到散落一地、残缺不全的皇族尸体时，心里一定会想，原来皇室竟是如此不堪，神圣光环就此荡然无存。随后，刘劭的妃子殷氏以及刘劭、刘濬所有的女儿、姬妾都被勒令自杀，又在刘劭的住处挖一个大坑，里面灌满污水，尸体埋葬其中。刘劭的皇后殷氏在自杀前，曾对狱丞江恪道：“他们刘家骨肉相残，为什么要杀了我这个无罪之人？”江恪道：“你被立为皇后，这不是罪过又是什么？”殷氏道：“我为皇后不过是暂时的，马上就该封王鹦鹉为皇后了。”褚湛之投降刘骏后，刘濬就同褚妃断绝了关系，褚妃因此得以不死。而严道育、王鹦鹉则被押到街上，用皮鞭抽打至死，又焚烧了她们的尸体，骨灰被扔到长江。与此同时，殷冲、尹弘、王罗汉以及淮南太守沈璞等全都被杀。北伐之时，沈璞固守盱眙，王罗汉血洒战场，都是响当当的真汉子，没能死在战场上，却死于内乱，是刘宋的一大损失和悲剧。元嘉三十年（公元453年）五月初九，刘骏前往东府，文武百官向他请求治罪，刘骏下诏不予追究。五月十二，刘骏尊生母路淑媛为皇太后。五月十三，立妃子王氏为皇后。王皇后是王偃之女，而王偃是王导的玄孙。
平定内乱仅仅是个开始，更严峻的挑战还在后面。刘骏能够如此顺利的攻下推翻刘劭，离不开宗室和地方将领的鼎力相助。
所以，登上至尊之位后，刘骏面临的第一个难题就是如何论功行赏。那些人都是提着脑袋跟他闹革命的，现在到了收利息的时候了。
五月十六，刘骏率先任命立下首功的柳元景为雍州刺史。
五月十九，追赠袁淑为太尉，谥为忠宪公；追赠徐湛之为司空，谥为忠烈公；追赠江湛为开府仪同三司，谥为忠简公；追赠王僧绰为金紫光禄大夫，谥为简侯。五月二十，以太尉刘义恭为扬、南徐二州刺史，晋升太傅，领大司马。从刘劭的宰相到刘骏的宰相，刘义恭付出了十二个儿子的代价。幸好，此时的他才四十岁，努力之下又生了四个儿子。当初，刘劭曾以尚书令何尚之为司空、领尚书令，何尚之的儿子征北长史何偃为侍中，父子都居于要位。刘劭倒台后，何尚之的左右人员四处逃散，何尚之只好自己动手清洗黄阁。殷冲等人被诛杀时，大家都替何尚之担忧。最终，刘骏认为何尚之和何偃一直都有很好的名声，在刘劭朝中能用智慧准备迎接讨逆大军，经常救助他人免于大祸，不仅特别赦免了他们，还恢复了他们的职务，地位待遇都没有改变，宣告安全着陆。五月二十二，刘骏祭拜初宁、长宁二陵，追赠卜天与为益州刺史，谥为壮侯，加上袁淑等共计四家，由朝廷长期支付他们后代的俸禄。五月二十六，刘骏以四弟刘铄为司空，七弟刘宏为尚书左仆射，萧思话为中书令和丹杨尹。始于弑父，终于兄弟相残，刘氏皇族以最血腥的方式完成了新陈代谢。一些人因此保全了性命，但这场政变在他们心中留下的阴影实在太大了，终身纠缠着他们，不得解脱。六月初八，刘骏以司州刺史鲁爽为南豫州刺史。六月初九，以卫军司马徐遗宝为兖州刺史。六月十九，刘骏颁布诏令，命令有关部门按照将士们功劳的大小，分别给予赏赐，加封颜竣等人为公侯。七月初一，正当刘骏绞尽脑汁平衡朝廷中的各方势力时，忽然出现日食现象。在当时，这是大凶之兆，刘骏不得不有所表示。七月十四，刘骏下诏，要求文武官员畅所欲言，对朝政进行评议。七月二十一，刘骏再次下诏，裁减细作署，并入尚方署；宫廷雕刻和装饰，皇亲贵戚竟相贪利，一律加以禁绝。
出于职责和公心，中军录事参军周朗和侍中谢庄先后上书大胆直言，针对国家内政提出了一系列切实的建议，但刘骏一概没有接受。由此可见，刘骏让臣下评议朝政，不过是摆姿态，并不是真心求治。当然，刘骏也不是完全没改变，但他的改变都是往坏处改，比如将郡县的五年一任改为三年一任，刘义隆的其它善政也被改得面目全非。刘骏能够上位，并非来自刘义隆的传承，而是凭借武力夺取的，先天法理性不足，他和宗室间的猜疑就变得不可避免。南平王刘铄一向自命不凡，言谈举止之间对刘骏有些轻视。况且，他曾接受刘劭的任命，又是最后一个出来投降的。刘骏对他怀恨在心，最后忍无可忍，竟派人下毒将其毒死。这件事很快就在宗室中引起震荡，新的风暴正在酝酿之中。不过，让人有些意外的是，第一个站出来对刘骏说不的人不是宗室，而是外戚，刘骏的表伯臧质。
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