如约 为大家带来了graphlan的物种分类树

本次更新，我将整合两批代码并且即将与大家见面。这次我将物种分类树的笔记写给大家，方便理解。其实轮子我在进化树的时候就已经造的差不多了，本次重点解决其他问题，精修了轮子，期待我最后整合的《graphlan进化树和分类树一体化解决方案》

上次物种进化树可以在这里查看：

graphlan进一步学习笔记

物种分类树

写在前面

正如之前上一篇graphlan进化树所谈到的，graphlan可视化在本次物种树中又有着新的表现。其实我就是准备tree文件上下了些功夫，因为需要整合到phyloseq中，方便任何人在任何时候都可以随时重复。当然我做到了，phyloseq就像是一个核心，只要建立起来，我们就可以使用这个核心达到任何目的。其次设置环于进化树之间的相对关系花费了一些时间，或许没有找到合适的方案吧。今天我需要记录的是一下几个点：

1. graphlan物种树不同分类层次之间的分隔符号为英文状态下的“.”;

2. 注释信息不可用特殊符号，例如："（）",如果出现特殊符号，甚至连出图都不可能出现，并且没有任何报错信息，我想这个坑将会很难跨越。

3. 不同于进化树的是物种分类树我设置了每一个分类分级的名称标签，标注在对应的环上，与外环的标签一同构成标签链。设置参数为：internal_label；

4. 注意注释阴影部分默认颜色为灰色，注释信息默认排布为垂直环；

5. 相对于进化树，物种分类树有些参数我们可以舍弃，例如：ignore_branch_len。

6. 环于进化树的相对关系是难点，这里参数如下设置达到内注释标签效果：annotation_background_separation-0.001 annotation_background_offset-0.001

外注释效果：annotation_background_separation-0.001 annotation_background_offset -0.4 

7. 最后，其实我可以直接使用OTU来构建物种分类树，现在所看到的物种分类树只有六个层次，到达属等级，使用OTU等级都构建分类树可以达到八个分类层次，这是便可以直接使用OTU水平的分析展示在外环。方法都是一样的，大家有兴趣可以试试。

将分支宽度加粗 

这是我们原始尚未添加任何注释的的分类树