1368年，享国运不足百年的元朝被朱元璋领导的起义推翻了，与辽、金、西夏等少数民族政权不同，末代皇帝元顺帝(朱元璋封）妥欢帖睦尔既没有战死，也没有自杀，而是率领着王族和所剩的军队撤退到了自己祖先曾经兴起的故地——蒙古高原，在中国完成了一次少数民族政权全身而退的“奇迹”。这得归功于从成吉思汗开始的近似于疯狂的扩张，使得蒙古帝国幅员辽阔，汗国、部落林立，而元朝的版图只是蒙古帝国的一部分，元朝的皇帝又是蒙古帝国的大汗，对于蒙古各大汗国和部落享有宗主权。元朝的灭亡，只是使蒙古帝国失去了中原的领土，而蒙古帝国依然存在。
元顺帝是元朝皇帝中少有的接触汉文化较深的一个，大都陷落仓皇北归的打击，对于他来说是极大的，虽然依然还是蒙古各部的大汗，但也不能排解他“去国怀乡”的忧愁，尤其是明朝军队对于他的继续打击又接连不断，更使他惶惶不可终日。终于，1370年5月23日，他怀着悲愤和郁闷，在西拉木伦河畔的应昌去世。
元顺帝的儿子爱猷识里达腊获悉父亲去世的消息后，便在哈拉和林继位，他将北元政权又维持了八年，并厉兵秣马盼望着有朝一日重登中国皇位。然而，他非但没有机会实现这一愿望，还面临着深入到蒙古地区的明朝军队的攻击。1372年，明朝大将徐达率军攻向哈拉和林，这是蒙古黄金家族的大本营，是权力和荣耀的象征，一旦被明军攻破，蒙古帝国将彻底在世界上消失，因此，蒙古人的抵抗十分激烈，但是，明朝大将徐达一路上势如破竹，爱猷识里达腊几乎到了绝望地边缘。所幸，明朝的大军由于战线过长，后援不继，受阻于土拉河畔。
1378年，爱猷识里达腊怀着满腔遗憾去世，其子脱古思帖木儿继位，这位第三任北元皇帝所能控制的领土已经缩小到蒙古帝国最初兴起时的规模，恢复祖上的荣光更显得毫无可能了。
1388年，一支10万人的明朝军队在大将蓝玉的率领下在合勒卡河和克鲁伦河之间、贝尔湖南岸大败脱古思的军队，北元诸王、平章以下官员三千多人及军士七万余人被俘，脱木思帖木儿逃走后被其部将缢杀。
这次的失败使黄金家族——忽必烈家族的北元政权丧失了在蒙古人中至高无上的地位，以致于大多数蒙古部落宣布脱离它而自立。1399年，分布在叶尼塞河上游沿岸的乞儿吉斯部首领贵力赤，否认了最后一任北元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的北元政权灭亡了，合法的蒙古帝国大汗不复存在了，蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。
卫拉特人也先继承其父脱欢的汗位时，蒙古帝国的疆域从巴尔喀什湖延伸到贝加尔湖，又从贝加尔湖延伸到长城附近地区，象征正统的都城哈拉和林也是帝国的领土之一。1449年，他向明朝公主求婚遭到悔婚，于是，也先蹂躏了山西北部、大同附近的明朝边境。明朝英宗皇帝及太监王振前往迎战。在土木堡展开战斗。也先给明军灾难性的打击，歼灭明军10余万，俘英宗皇帝。然而，因不善围攻战，也先无法攻陷该地的设防城市大同和宣化，于是，带着俘虏英宗皇帝帝返回蒙古。
三个月以后，他卷土重来，进军至北京西北郊，但是，他遇到明朝名将于谦的抵抗，发动的各次进攻都被打退，不久明朝的各路援军赶来。由于受到优势兵力的威胁，他沿居庸关撤退。1450年，也先决定释放英宗帝，并于1453年与明朝议和，并宣布自己是明朝的属臣，这一行动表明他抛弃了蒙古帝国的宗主权，把自己看成是一个独立的可汗。这样做无疑并不明智，原本已经臣服于他的各黄金家族的部落和汗国又重新自立。
1467年，成吉思汗的第27代继承人满都古勒大汗在讨伐他的侄孙和继承人博勒呼济农的一次战争中去世。而博勒呼济农在他能够称汗之前的1470年也被暗杀。一度人丁兴旺的黄金家族中，现在仅剩下一个5岁的男孩、博勒呼济农之子达延。
达延的命运及其不幸，家族的长辈都在内讧中死去，小小的孩子孤苦无依，连他的母亲都抛下他改嫁了，这简直比成吉思汗年幼时的遭遇还要悲凉。所幸，满都古勒汗的年轻遗孀满都海赛音可敦把他置于自己的保护之下。满都海赛音可敦是一个了不起的女人，她不但抚养了达延，还在1470年宣布他为大汗。最为难得的是，满都海赛音可教作为女人率领军队打败了卫拉特人，将他们彻底赶出了蒙古中东部地区。为达延汗日后的统治奠定了基础。
满都海夫人也被誉为蒙古中兴最伟大的女性之一，现在呼市市中心的“满都海公园”即是以满都海夫人命名的。
达延汗是蒙古帝国统治时间最长的大汗，从1470年到1543年整整73年。在1481年亲政之后，达延汗镇压了右翼土默特人、兀良哈人的叛乱。并从1497年到1505年间，他对从辽东到甘肃的明朝边境地区进行了一系列卓有成效的攻击，使得明朝无法与卫拉特人联系。达延汗实行分封制，将蒙古草原分为六万户。这六万户又按坐北朝南的方位分为左右两翼；左翼在东，右翼在西；左翼地位高于右翼。达延汗的嫡长子一脉，直辖左翼万户之一的察哈尔部。余下的五个万户则归其他子孙统领。达延汗的本意或许是要一碗水端平，但这恰恰导致了黄金家族的再一次分裂。因为他的继任者，只是区区一个万户长，并无让其他五个万户臣服的绝对实力。到了明朝后期，右翼土默特部脱颖而出。其万户长，达延汗之孙阿拉坦汗，不断欺凌察哈尔，迫使该部逐渐向东迁徙。阿拉坦汗占据了最富庶的河套地区，定都库库和屯（今呼和浩特），被明朝册封为顺义王，俨然蒙古各部之主。
1543年达延汗去世之后，他的孙子博迪继承了汗位。虽然广大的领土被达延汗的众多子孙瓜分，明嘉靖年间，达延汗的孙子——土默特部的阿拉坦汗强势崛起，成为蒙古草原上实力最强的部落。
虽然达延汗的长期统治稳定了蒙古帝国汗位传承，但并没有克服蒙古民族的最大弱点——实行瓜分家族遗产的习惯。当帝国的创建者死后，帝国便成了一种类似联邦式的家族国家，国内的各级首领，都是兄弟或堂兄弟，他们虽然承认察哈尔部的最高权利，但处于相对的独立状态。
随着时间的流逝，察哈尔部的汗位继承者们逐渐失去了足以统治整个蒙古的力量，西方的蒙古卫拉特人和东方兴起的通古斯人（满族人）都是他们可怕的敌人。但这个时候，卫拉特人正在对付哈萨克汗国、沙皇俄国以及内部的绰罗斯家族与和硕特家族的权力争夺，因此，结束蒙古帝国历史的，只能是通古斯人建立的后金帝国了。
1604年，达延汗的后裔林丹继承汗位，接受黄教沙尔巴呼图克图的灌顶戒教，称林丹库图克图汗。林丹汗并不是一个昏庸无能的可汗，他早已看出后金帝国对于蒙古的野心，因此从继位始，便开始重新统一各部，自称“统领四十万众蒙古国巴图鲁青吉斯汗”。朵颜兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、鄂尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部联合组成大军十万，在土默特的归化城一战中，消耗了林丹汗精锐兵力四万余人，这使得林丹汗的实力大为削弱，而他的敌人是综合了蒙古人的彪悍和汉人的谋略的后金皇帝努尔哈赤和皇太极，这就注定只有勇猛而少计谋的他只能失败。
努尔哈赤时，科尔沁部、扎鲁特部便在联姻之下归附了后金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免林丹汗的报复，也投奔了后金。1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科尔沁部。后金出兵援助科尔沁，林丹汗退走。皇太极即位后，把林丹汗做为主要的敌人。1628年，派遣贝勒阿济格与老哈河上游受林丹汗统治的喀喇沁部会盟，共击林丹汗。9月，皇太极亲率大兵至绰洛郭尔，宴会察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等部领兵前来的诸首领。林丹汗空有大汗之名，但已经陷入了孤立，被迫退出西拉木伦河流域，至归化城（今呼和浩特）固守。
1632年4月，皇太极再率大军西进，多尔衮从征。至西拉木伦河畔，会集蒙古诸部兵，共击林丹汗。面对势力远胜自己的敌军，林丹汗无奈自归化城驱人畜十万渡黄河西逃。但面对已经大势已去的大汗，部众十之七八在途中散去。林丹汗逃奔青海，两年后在青海打草滩病死。明帝国和蒙古帝国争斗了两百多年，谁也没能消灭对方，最后，在相差不到10年时间内，先后被满清所灭。
1635年，多尔衮与岳托等领兵万人渡河，招降林丹汗儿子额哲，额哲交出传国玉玺，整个漠南蒙古完全纳入了后金帝国的版图，蒙古帝国的汗位至此断绝，而蒙古帝国，也永远的消失了。
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