明朝为了防御蒙古的侵扰，沿边墙（长城）设置了九个军镇，也就是俗称的“九边”。大同镇即为九边之一，负责东起镇口台（今山西天镇县），西至鸦角山（今内蒙古清水河县），近七百里的边墙防御。
注：明朝的军镇类似现今的军区。九边为辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、偏头关（也称山西镇）、延绥镇（也称榆林镇）、宁夏镇、固原镇（也称陕西镇）、甘肃镇。
宣德之后，随着明朝军卫制度的崩坏，各军镇都面临兵员、军费不足的问题。于是放弃外围防线向内收缩至重镇险关防御，就成了各军镇的共同选择。这样虽然能保证战略要地不丢失，但是也无法阻挡蒙古人南下掠抢 -- “直抵城下，驻牧杀掠”。
嘉靖二年，大同巡抚张文锦想改变这一不利局面。他奏请朝廷修复大同北边已废弃的水口、宣宁、黑山、柳沟、桦沟五座军堡，将大同的防线向北延伸以扩大防御纵深。从军事上说这一构想是很现实和正确的，朝廷也认同张文锦的方案并调拨物资，很快五堡得以修复。
但是在安排如何驻守五堡时，张文锦却折腾出了大问题。
张文锦命令大同镇抽调镇兵至五堡守备，并且要求士兵必须携带家眷一同前往。此时五堡是新建防线，设施还不够齐全没有安置家眷的房舍。更关键的是五堡每堡只安排五百人，而且最近的离大同也有一百多里，一旦被蒙古人重兵袭击既难以守御也难以获取救援。
这种情况下带着家眷前往，对于士兵而言不但自己难以活命，而且极有可能全家团灭。因此镇兵们纷纷要求家眷留在大同，他们只身前往。
是张文锦没有考虑到这些么？不是，这些恰恰就是他的目的。宣德之后由于军卫制度的崩坏，吃饭都是问题的明军战斗力锐减。与蒙古人交战别说难以取胜，不战而逃都不稀奇了。张文锦觉得让他们突前防御的结果就是，当敌人来袭他们可能转身就跑。
张文锦的应对办法就是用家眷逼迫士兵们死守防线，有本事你们撇下父母老婆孩子再跑。所以张文锦拒绝了镇兵们的要求，并严令镇兵们立即出发不得拖延。负责五堡安置的参将贾鉴为防张文锦降罪自己，就对不愿意带家眷动身的士兵施以杖刑，这一下彻底地激怒了镇兵。
平日克扣军饷忍了，把自己送入死地也认了，现在还要把自己的家人一起送入死地，孰不可忍。在郭鉴、柳忠等人的煽动和带领下，镇兵们于嘉靖三年（1524年）七月杀掉贾鉴，随后逃出大同，占据位于塞上的焦山墩。
张文锦筑水口等五堡，遣卒二千五百家戍之。皆不乐往。文锦严令趣之。参将贾鉴望风杖其队长，督之行。诸卒郭鉴、柳忠等遂倡乱，杀鉴，裂其尸。是出塞上，屯于焦山墩。
《明世宗实录》
张文锦担心这些镇兵投靠蒙古人入寇大同，连忙派人前去招抚表示不问罪他们。这些叛出的镇兵也不是真想造反，也就爽快地接受了招抚并返回大同。眼见风波即将平息，但是张文锦自己又把火给煽了起来。
张文锦就没有把自己的承诺当回事儿，镇兵们返回的当晚他就派人抓捕了这次叛乱的组织者，并准备处死他们。此举不但再次激怒镇兵，也让他们人人自危。嘉靖三年八月初一，“甲申大同兵变”正式爆发。
文锦虑其勾虏，使副总兵时陈、游击叶宗招抚之。还镇，文锦夜捕官队官关山等廉得其首恶，欲诛之。诸卒恐，乃复相聚为乱......叛卒拥众围王，索文锦，曰，巡抚不出，我且焚王宫。王惧，出文锦，杀之，亦裂其尸。
《明世宗实录》
叛兵纵火焚烧了大同府衙，张文锦翻墙逃入了博野郡王府躲藏。不过这个消息很快就被叛军获知，他们包围了王府并威胁，不交人就放火。博野郡王朱俊櫍只得将张文锦交出，张文锦刚出王府就被乱刀砍死。随后叛军推举前总兵官朱振为首领，并控制了大同城。
注：朱振与叛军约法“勿犯宗宝，勿掠仓库，勿纵火杀人”后上任，这也是朝廷最初愿意招抚的主要原因。
朝廷收到大同兵变的消息后，也决定优选招抚。为了缓解叛军的疑虑，朝廷派兵部左侍郎李昆前往大同，向叛军宣读赦免他们的敕书。另外朝廷也任命了新的巡抚、总兵、镇守等，安抚叛军的同时也开始管制混乱的大同，就此大同紧张的局势也随着叛军的情绪一并慢慢安定下来。
然而屋漏偏逢连夜雨。十月回酋速坛儿等率二万骑寇边并围肃州，朝廷调辽阳参将李贤率部赴甘肃增援。援军路过大同时，被大同的叛军误以为这是朝廷派来的平叛军队。叛军觉得李昆和张文锦一样是在忽悠他们，于是在十一月初七发动了新一轮兵变。
叛军杀死大同知县后再次控制大同城，并胁迫代王朱俊杖为他们上疏申冤并求皇帝赦免。但是此时朝廷认为“悍卒愈骄，屡行称乱，今若又专为抚处，则声威损于九边，纲纪难以振复”，必须征剿。
朝廷一面命户部左侍郎胡瓒总制宣大军务，率京营精锐会同蓟镇、宣府援军进驻阳和准备平叛；一面密令大同官员秘密甄别叛军首从，寻机擒拿首恶。幸运的是，大同总兵桂勇在十二月设计擒斩了郭鉴、柳忠等十一名哗变首领，最终这场兵变没有导致大的兵祸就得以平息。
但另一个方面来说，如此轻松的平息兵变又是不幸的，因为这导致朝廷不去正视引发兵变的真正原因。而不去改正错误，相同的问题就会继续产生。
嘉靖十二年大同总兵李瑾为克制蒙古骑兵的骑射、机动优势，提出在天城、左孤店等处挖掘长达四十里的壕沟，以增强明军在这一地区的防御能力。这个策略从军事防御上无可厚非，但是李瑾和张文锦一样，根本不在乎士兵到底如何。
李瑾不关心士兵们是否吃得饱、挖沟累不累，他只关心他们什么时候能把壕沟挖好。为了赶工期，不但责令吃不饱饭的士卒日夜赶工（古代饮食很差，强制劳役很容易导致劳力因饮食不足而饿病致死），还动辄鞭打士卒，导致士卒怨气很快就涨至顶点。
十月初六“癸巳兵变”爆发，镇卒王福胜、王宝等六七十人哗变，杀死李瑾并振臂倡乱。备受欺凌的大同镇兵中有不少人都起身响应叛乱，随后乱兵开始纵火焚烧大同城内各衙门并在城中恣行虏掠。
朝廷经过商议后虽然决定派军前往平叛，但是鉴于大同重要的战略位置，还是要求负责平叛的宣大总督刘源清尽量招抚叛军，以降低损失。刘源清虽然没有反对朝廷的策略，但是他的做法却是和这个策略背道而驰。
首先刘源清派人向大同发布的劝降榜文就有问题。他在要求叛军自行解散的同时，连带把十年前的甲申兵变拿出来批评一番：
五堡之变，朝廷姑从宽处，乃复稔恶不悛，以戕杀主帅，天讨所宜加者。
就算是真想重算旧账，也该平定这次叛乱之后再说。现在只会让那些没有响应这次叛乱但是参加过甲申兵变的镇兵也惶惶不安，等于是逼迫他们加入叛军，提升了平叛的难度。
军中也不是没有明白人，佥事孙允中就劝刘源清，“甲申兵变”朝廷已经处理，现在不宜再提。孙允中还说明了大同城中镇兵并不是全部都哗变了，将他们区别对待才利于快速平息兵变。而且反复劝谏刘源清不要急于进攻大同城，否则将出大祸。
但是刚愎自用的刘源清根本不想听，而且他自认为自己有个“擒贼先擒王”的好办法，和当年的张文锦一样玩忽悠。刘源清去书召城中镇兵首脑之一朱振（在镇兵中威信很高，甲申兵变时也被叛军推举为首领）出城谈招抚事宜。
朱振与刘源清见面后表示，想要平定兵变很简单，朝廷出一份赦免参与兵变士兵罪行的诏书即可。刘源清则根本不想说这些，只是反复指责其与乱军勾结、背叛朝廷，朱振因此愤而自尽以证清白。
逼死朱振后，刘源清认为城中镇兵和叛军必然群龙无首，再吓唬一下估计就会献城投降，但他吓唬叛军的办法却非常凶残。次日，刘源清亲率大军直抵大同城下，纵兵在城外大肆杀戮，一时间城外横尸枕籍，惨不忍睹。
注：我们现在可以会觉得刘源清是个疯子，但是在明朝，他的这个行为算不上不正常。首先明朝边军大多是军卫屯兵，城外的百姓中有不少是城中镇兵的亲属。刘源清希望通过他们要挟城中镇兵。其次既然城中镇兵叛乱，刘源清自然可以给他们的亲属扣上“贼属”的帽子。在明朝十岁以上的“贼属”，主将基本可以随意处置。
刘源清这两手唯一的效果就是让大同城中的镇兵消除了“叛乱”和“不叛乱”的分歧，铁板一块共同对抗刘源清的大军。结果就是刘源清快速平灭叛乱的希望彻底破灭。
刘源清一边围城一边继续在城外大肆杀戮，城中的官员和代王纷纷劝刘源清不要滥杀无辜。刘源清不但不听还拦截他们发往朝廷的奏疏，并给他们扣上了从贼的帽子 – “城中衣冠之族悉以从贼”。
但真打起来，刘源清又拿大同没辙了，一直无法攻破大同有三个原因。其一，大同的镇兵本就是边军“精锐”战斗力一点也不比刘源清手上的蓟镇、宣府兵差；其二，大同是九边重镇，城高墙厚，防守优势很大；其三，大同城的战略价值很高，朝廷不允许刘源清毁了大同城，搞得刘源清投鼠忌器（例如不能水淹）。
就这样刘源清围了一百多天也无法拿下大同，逼急了的刘源清要求朝廷征调九边所有精锐来攻大同。到嘉靖十三年二月，世宗没有耐心了。世宗认为这一切都是刘源清贪功嗜利所致，宁愿与大同玉石俱焚，也不愿意改弦更张。他也不容刘源清申辩，就将他革职以户部督饷侍郎张瓒代之。
张瓒自然明白世宗和朝廷的真实意图，一到大同任上，他就向城中发布招抚檄文 – 只论首恶，余众既往不咎。大同城上下欢声雷动，当晚马昇、杨麟等叛军首领被擒获，黄镇等九人被斩于阵前。
次日大同巡抚樊继祖单车入城，“癸巳兵变”宣告结束。换句话说朝廷兴师动众白围了大同一百多天。
从“甲申”和“癸巳”两次兵变我们不难看出，大同镇兵闹事只是想求朝廷赦免并不想叛乱自立，而且他们要求被赦免的罪行还是上官将他们逼迫到绝境后不得已的反抗。当朝廷的士兵需要拿命出来为自己争取最基本的生存保障时，朝廷还有什么资格要求这些士兵在战场上奋勇杀敌？
不知道世宗和朝廷有没有看到这个问题的本质，但是显而易见的是他们没有解决这个问题，甚至都没有去尝试。只能说在朝廷眼里，这些明军士兵只不过是工具，是廉价的可再生资源罢了。
但是这些“工具”和“资源”也不蠢，凭什么傻乎乎的当工具呢？于是明朝的边防被朝廷自己从内部给彻底摧毁了，所以十六年后俺答汗得以直入京畿，并在一众明军的围观下，肆意的羞辱世宗和明朝。
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