进入明朝中叶，西方传教士开始踏足中原。除了传教外，他们还带来了天文、地理、数学等科学知识。到了明朝末期，传教士在华传教的活动，几乎遍及全国各地。上至皇室贵胄，下至地方官绅，均有入基督教者。
传教士基歇尔《中国图像》的卷首插画，汤若望（左）与利玛窦（右）拉着中国地图
清军入关后，西方传教士基本上分为两派：
鉴于弘光、隆武政权时间较短，西方传教士在南明的活动，主要集中在永历时期。
1646年11月，桂王朱由榔在广东肇庆被拥戴称帝，建立永历政权。
不过，三个星期后，清军便进逼肇庆，永历不得不率领文武百官迁往广西梧州，后来又退居桂林。1647年初，清朝李成栋部对桂林形成包围之势，永历皇帝与群臣又逃离桂林，退守武昌。
朱由榔（1623—1662），神宗朱翊钧之孙，南明末代皇帝
永历政权的建立，得到了许多西方传教士的支持，代表人物有毕方济、瞿纱微、卜弥格等人。
毕方济（1582—1649），意大利人，1603年加入耶稣会，1610 年抵澳门后进入内陆传教，历经万历、泰昌、天启、崇祯、弘光、隆武、永历七朝。他不仅在自然科学领域颇有建树，而且深谙中国的人情世故。
毕方济（1582—1649）
作为南明弘光和隆武“两朝”的重臣，受到宦官庞天寿极力推荐的毕方济，也颇受永历帝的器重。面对清朝大军的的围追堵截，永历皇帝曾授权毕方济出使澳门，借兵购械，以解困局。
实际上，出使澳门一事，对毕方济而言可谓“轻车熟路”。因为，这已经是他第四次奉明朝之命赴澳求助了。
澳门是葡萄牙在远东地区的“最后根据地”
葡萄牙的澳门当局，对毕方济“借兵”之行十分重视。他们在很短时间内，便顺利征募了士兵300名，大炮数门，并以尼古拉·费雷拉为统帅，以耶稣会士瞿纱微为随军司铎（神父）。
南明军队通过耶稣会帮忙进口的西方大炮
永历元年（1647年）初，澳门援军抵达桂林，隶属留守的焦琏部，并受庞天寿节制。澳门的这次援助，看似数量有限，但却起到了不小的作用。
来自澳门的葡萄牙炮兵帮助南明守住了桂林
不过，鉴于毕方济长期居住广州，并未贴身追随永历。因此，他对永历政权的影响，远不如与葡萄牙军队随行的耶稣会士瞿纱微。
瞿纱微（1603—1651 年），又名瞿安德，奥地利人。1627年加入耶稣会，1646年到澳门，旋即被派随军支援永历政权，深得永历信任，被获准在宫中传习天主教教义。
位于安龙地区的永历皇太子和皇太后受洗的纪念碑
南明军队在桂林取得的一系列胜利，一度成为了永历政权的转折点。原本已经降清的李成栋、金声桓等人，纷纷倒戈归顺永历政权。1647年9月，永历皇帝还驻肇庆，并恢复了对南方部分地区的控制。
永历皇帝：终于稳定下来了！
看到“形势一片大好”，皇太后萌发了赴澳举行弥撒，祈求平安之愿的想法。1647年10月，永历帝再次派遣庞天寿与毕方济出使澳门。
实际上，永历政权派朝廷重臣出使澳门，除了向澳门耶稣会和葡萄牙当局致谢，并向天主祈祷平安外，更重要的是希望葡萄牙澳门当局，继续支持永历政权。
历史证明，葡萄牙澳门当局的观点是正确的
不过，葡萄牙澳门当局已经预感到了清朝的必胜趋势。因此，永历使团离澳时，葡萄牙澳门当局以海盗猖獗为由，仅“以火铳一百具赠天寿，附书言此乃备皇帝士卒之用”，没有给予更多的支持。
反倒是耶稣会士们，向永历政府赠送了丰厚的礼物。
太后“特使”赴澳归来后，便马上开始筹划遣使赴罗马进谒教宗。此次罗马之行，原打算由庞天寿完成，但考虑到他年事已高，恐难长途跋涉，再加上他是朝廷重臣，也不便离开。于是，朝廷便委派宫中耶稣会士卜弥格代表前往。
卜弥格（1612—1659 年），波兰人。1629年加入耶稣会，1647 年抵海南岛，1650 年抵达澳门，随即被曾德昭神父派往永历行在，协助瞿纱微神父。
卜弥格（1612—1659 年），波兰人
史学家们普遍认为，此次遣使赴欧洲，主要有两个目的：
实际的，尽管当时的永历政权控制住了广东地区，但清兵的强大攻势，令其处境相当困难。这次遣使出访罗马，可谓是为挽救危局做出的最后努力。
永历四年（1650年）11月，卜弥格偕两位中国基督教士自肇庆出发至澳门。不过，他的的出行并不顺利，受到了葡萄牙澳门当局的阻挠。
卜弥格的出访，可谓出师不利
原因很简单，南明永历政权的颓势已经无法挽回。尽管南明小朝廷一度控制了南方各省，李成栋等人归顺了永历政权，但他们并不寄以太大的希望。相反，他们担心对南明的物质支持，对已控制了中国大部分版图的清朝政权的贸易，造成不良影响。
明末清初的澳门
因此，早在1647年，在清军占据了广东大部分地区后，葡萄牙澳门当局便与清军将领有了接触。1650年11月，伴随着清军二度攻陷广州，深感永历政权已回天乏术的澳门当局，最终于12月19日，正式向清军前山参将杨汝柏献“投诚状”。
为了安抚澳门当局，以便全力肃清南明残部，1651年1月31日，靖南王耿精忠代表清政府接受了澳门当局的归顺。
耿精忠（1644—1682），清朝靖南王，康熙十二年（1673年）造反，康熙二十一年（1682年）被凌迟处死
他不仅承诺保证澳门及市民的安全，并送去新总督的正式公文（官牌）以及他的一套官服和帽子，以示亲临。澳门当局对这些象征性物品十分重视，欢迎场面十分隆重，议事会还派代表带着贡品赴广州“谢恩”。
不过，尽管卜弥格之行一度受挫，但基督教会从自身立场出发，仍然支持卜弥格。1651年元旦，在清军还未正式接受澳门军政当局投诚之前，卜弥格一行已经成功从澳门顺利出发。
他们经琼州海峡，走东京（河内）和柬埔寨沿海一带，途经果阿、莫卧尔、波斯、亚美尼亚、麦那，于1652年11月底（或12月初）到达威尼斯，次年到达罗马。
不过，此时的欧洲基督教内部，已经出现了严重对立
由于教廷派系纷争，卜弥格在罗马遭受了种种非难，曾被驱赶到洛雷托。但在这样困难的情况下，他仍然努力去完成永历朝廷所赋予的使命，正如他写给罗马耶稣会总会长的信中所说的：
我想使我作为一个使者的事业成为公众的事业，只要看到你的第一个信号，我就马上到罗马来。我要回到中国的战场上去，即使付出我的名誉和健康的代价也在所不惜。
1655年12月18日，新教宗亚历山大七世接见了卜弥格，并交给了《上大明中国睿智大皇帝书》。不过，这封信只对永历的处境表示同情，“为他们恢复过去的统一而祈祷”，并没有给予物质上的支持。
亚历山大七世（1655—1667年在位），最开明的教皇之一、宗教信仰方式的改革家和天主教本土化的先驱
拿到复书的卜弥格，于1656年3月30日启程返华。1657年，他的船绕到了印度的果阿港。在这里，卜弥格得到了不好的消息，永历政权已退守西南边陲。与此同时，澳门耶稣会会长写信告诉他，葡萄牙人已经与清朝建立了贸易关系，南明使臣不得在这块土地上登陆。
葡萄牙在印度的总部 果阿
1658年初，卜弥格到达暹罗（泰国），又收到澳门议事会的信，表示为了葡萄牙人的商贸利益，请卜弥格迟一点返回中国，或返回时不要走澳门。卜弥格无可奈何，被迫暂居越南。11月，他辗转到达广西边界，并获悉了清朝已经统一了中国的事实。
卜弥格所著的《中国报告》，是当时欧洲畅销的著作
疲惫和忧虑，最终让他一病不起，1659年8月22日，卜弥格客死于越南。民国学者冯承钧盛赞其义行道：“计其东西来往之年，与玄奘游年等，其不幸又与无行同，而其犯冒险阻、仗义奉使，不特为明之忠臣，兼为教会之殉教者矣。”
纵观南明小朝廷，尤其是永历时期，朝中的重要人物，几乎都与天主教有着密切的关系。客观地说，这是中国政治与西方宗教关系最为密切的时期。
那么问题来了，为什么南明朝廷跟西方宗教人士“走得这么近”？
首先，南明小朝廷内部矛盾重重，外部清军虎视眈眈，内外交困，处境十分艰难。南明统治者们欲图中兴，只能寄希望于西方传教士身上——通过他们向澳门乃至西方寻求军事援助，拯救岌岌可危的政局。
南明的几个政权，都与耶稣会有比较密切的联系
其次，在这些传教士看来，入关的清军“十分危险”。因为坊间一度传言，清军焚毁教堂，杀害教士，残酷迫害宗教人士。因此，他们希望通过扶助南明“中兴”，在让基督教获得更多发展机会的同时，保证西方商人们能获得更多的商业优惠。
受西方传教士的影响，永历政权的后宫都开始改宗天主教
不过，清朝入关后，也在逐步修正自己的宗教政策，致力于争取到西方宗教人士的支持。在北京，他们礼遇汤若望，“新朝既悉其在前朝曾管钦天监事，礼待之，许其安居旧宅”，并委以重任。通过汤若望等人，清朝统治者们对传教士有了更深的认识。
1650年秋，清政府颁布一道命令（即所谓的“北京鞑靼”敕令），向北京的耶稣会传教士保证，他们仍将享有在明朝时期获得的所有特权和传教的自由。
《汤若望与星盘》，1668年手工上色版画，美国盖蒂中心收藏
因此，在得知永历派卜弥格赴罗马求援后，汤若望也在得到清政府的授权后，委派卫匡国带着“北京鞑靼敕令”远赴罗马，让教廷知晓中国将被清政府征服的事实。
卫匡国从北京出发，在福建出海，经菲律宾、巴达维亚，最终于1653年8月到达欧洲。在向欧洲人阐述了自己对中国局势的看法的同时，一再重申南明的抵抗已经无济于事，全中国都将在清朝的统治之下。
西方传教士所绘的汤若望与顺治帝
另外，卫匡国还收到了来自中国传教士的信函，称“鞑靼人比以前更优渥地对待神父，他们允许在全国传播天主教，不仅允许保留古老的教堂，还许可自由募捐新造教堂。蒙上帝恩典，那些毁坏了的教堂后来都修补了。”
正是卫匡国带去的这些信息，让亚历山大七世虽然十分同情卜弥格，但在回复永历朝的书札时，语气极其谨慎，可谓“滴水不漏”。
卜弥格绘制并出版的图书《中国植物志》插图
抛开南明小朝廷“好坏与否”不提，单说这些追随永历的西方传教士，是非常值得尊重的。瞿纱微为之战死沙场，卜弥格完成出使后客死越南。可以说，他们用鲜血和生命，表达了对这个苟延残喘的小朝廷的最后支持。
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