BIOM、txt、csv和xlsx格式的数据导入R

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"R数据分析"专题·第5篇

  编辑 | free傻孩子

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本期推送内容：

本期想为大家推荐的是几种常见的数据如何导入到R。本期内容更适合刚刚接触R的朋友。本文中所用到数据可以通过关注本公众号私信索要或者通过加入公众号连结的群“R数据学社”索要（见文章末尾）。

01

简介

无论是什么格式的数据首先要做的是告诉R你的工作路径，或者你工作的文件夹的路径是什么。有很多方式可以做到这一点，这里我只介绍一种。代码如下：

setwd(choose.dir())#选择工作路径

#输入以上代码然后快捷键“ctrl+enter”就会弹出选择工作路径的窗口，选择数据所在的“工#作盘（如E盘，D盘等）”和对应的“文件夹”点击确定即可。

02

导入txt格式的数据

需要用到的函数代码如下：

#txt格式的数据导入

dat_txt <-read.table("1-bac.txt",sep = '\t',header=T,check.names = FALSE,row.names=1)

head(dat_txt[,1:6])#查看前6行和前6列数据

03

csv格式的数据导入

dat_csv <-read.csv("1-bac.csv",header=T,sep=",",row.names = 1)

head(dat_csv[,1:6])#查看前6行和前6列数据

04

xlsx格式的数据导入

#xlsx格式的数据需要用到"readxl"安装包

#若没有需要使用install.packages("readxl")下载之后再加载

install.packages("readxl")

library(readxl)

dat_xlsx <-read_excel("1-bac.xlsx",sheet = 1,col_names = T)

head(dat_xlsx[,1:6])

#其中sheet=1表示xlsx文件中的第几个sheet；在本示例中sheet2为分类信息，

#若想导入则代码修改为如下：

dat_xlsx2 <-read_excel("1-bac.xlsx",sheet = 2,col_names = T)

head(dat_xlsx2[,1:6])

05

Biom格式的数据导入

什么是biom数据？

Biom数据是一种生物矩阵数据，类似于xlsx数据（这种表述虽然不太准确但是更容易理解）和list格式的数据它同时包含了“测序数据”、“分类信息”和“tree”等信息。这种格式的数据是一种高度压缩的数据，便于数据的传输和交流。一般使用测序平台（如QIIME 2）下机后会产生这类格式的数据，也可以使用R语言生成该格式的数据。

该类格式的数据虽然可以在R语言中进行分析但是很依赖电脑的配置（主要是电脑运存）。像我给出的例子“1-emp.biom”尽管只有38M，但是导入R解压后有9.4GB；所以如果电脑运存过小则可能在导入时直接报错。

#导入biom数据

#若想使用R导入biom数据需要下载相应的安装包，代码如下：

devtools::install_github("joey711/biomformat")

#若以上代码报错，检查是否下载了devtools包，若没有则需先下载该包再运行以上代码

library(biomformat)

dat.b<-read_biom("1-emp.biom")

show(dat.b)#展示数据格式和规模

biom_shape(dat.b)#数据的规模

otu_info<-observation_metadata(dat.b)#物种分类信息

otu<-biom_data(dat.b)#OTU 测序数据

#rownames(otu)#行名称

#rownames(otu_info)#行名称

otu<-otu[rownames(otu_info),]#按照otu_info重新对otu排序

otu1<-data.matrix(otu)

bac<-cbind(otu1[1:1000,],otu_info[1:1000,])#包含测序数据和分类信息的前1000条outs数据

write.csv(bac,"1-bac.csv")#导出数据