所得税
目前我国针对新能源发电企业的所得税，在计算过程中都是从该新能源企业第一批产品获得收入之后的纳税年度开始进行，在前三年会免征新能源企业的所得税，第四年到第六年企业所得税只需要缴纳一半。
几点问题：
1、首先我国很多新能源企业对于享受优惠政策开始的时间在认知上有一定的问题，认为其是从第一笔开具发票的时间开始的。但是我国税收政策中，将该企业电力设备开始投入使用后获得第一笔收入作为首次享受优惠税收政策的时间。
对于发电企业而言，其在获取经济效益跟开具发票还有着一定的时间差，也就导致了企业在享受三免三减半优惠政策过程中存在有一定的问题。
2、很多新能源发电企业将非项目生产经营所得税经营所得享受优惠政策，但是在我国税收政策中，要求企业对不在目录范围内的经营效益跟享受优惠政策的公共基础设施项目的经济效益进行分开核算，如果是单独核算的项目，不得享受该税收优惠政策，一些非项目经营所得的效益，也不享受该优惠税收政策，具体包含有财政贷款贴息以及固定资产收益等等。
3、项目经营所得与非项目经营所得互相弥补亏损。因此各新能源发电企业不得允许应税项目跟减免税项目所得以及亏损相互弥补等问题出现，值得说明的是关于应税所得与免税亏损是否可以相互弥补，各个区域的税务局也没有进行明确定论，因此企业在实际纳税过程中需要先对当地的税务机关进行咨询，后续方能够进行。
文件依据：《中华人民共和国企业所得税法》《科技部、财政部、国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理办法〉的通知》（国科发火〔2008〕172号） 《科技部、财政部、国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》（国科发火〔2008〕362号）15%：国家需要重点扶持的高新技术企业，企业所得税税率为15%。新能源发电项目认定高新技术企业的有关条件、范围、程序按国科发火〔2008〕172号和国科发火〔2008〕362号相关规定执行。
增值税
在我国财税81号文件中，明确了风力、太阳能发电所产生的电力实现增值税，需要实行即征即退的50%政策。但是很多企业在享受上述优惠政策过程中，存在风险。
我国很多企业对于即征即退收入以及一般货物收入中的增值税并没有严格进行划分，增值税的优惠政策只有新能源发电企业的清洁能源的生产效益才能够享受，其他收入实现的增值税要作为一般货物收入计算。但是我国很多企业还没明确增值税退税收，所得税延期缴纳问题频频发生，增值税在入库之后也无法及时进行返还。在实务中因为退税流程复杂以及当地政策紧张等因素，导致了在增值税退还过程中存在有时间比较长以及跨年现象频频发生等问题出现。
优惠政策核电 文件依据：《财政部、国家税务总局关于核电行业税收政策有关问题的通知》（财税〔2008〕38号） 按比例返还：核力发电企业生产销售电力产品，15年内按一定比例返还已入库增值税。前5年返还比例为75%，第6年~第10年为70%，第11年~第15年为55%。分别核算：退税以核电机组为单位核算电力产品销售额，不分别核算或核算不准确，不能享受优惠。
土地使用税
针对耕地占用税以及土地使用税，各个地区对于新能源发电企业的优惠政策存在有一定的差异性，并且存在有以下几点涉税风险：
1、错误计算应税面积。因为新能源发电企业的占用面积比较大，各个区域还通过点征的方式来进行。但是一些企业在实际运行过程中需要按照办理的土地证面积来进行耕地占用税以及土地使用税的缴纳，因为很多企业都是通过租用的方式占用部分土地未办理相应面积的土地证，也就经常性导致了少缴纳税的问题发生。
2、纳税地点错误。耕地占用税跟土地使用税一般需要对土地所在地的税务机关来进行缴纳，纳税人跨地区使用土地过程中需要对所在地的税务机关来进行缴纳。但是很多新能源发电企业在跨地区占用土地过程中，并没有按照相关要求来进行缴纳，只是对企业的主管税务机关进行缴纳。
