能够导入和处理生物信息学主要领域的实验数据,将各种实验图谱、数据、基因组和表型信息整合在一起,提供强大的数据查询、分析、比较、挖掘、可视化和报告功能,形成多用户关系数据库存储环境,是当前最为强大的生物信息数据管理与分析一体化平台。
应用模块
1) Fingerprint types指纹类型
用于处理PFGE,AFLP,RFLP,RAPD,REP-PCR,ARDRA,Isoelectric Focusing,
DGGE,TGGE等电泳数据;气相色谱和HPLC数据;DHPLC数据;分光光度曲线等数据。
2) Character types特征类型
用于处理生物抗性实验数据;脂肪酸甲基化脂(FAME)分析数据;生物显性阵列数据;API表型测试数据;微阵列芯片数据;Dot Blots和Probe Sets数据;Spoligo-Typing数据;生化试验数据;药敏实验数据;酶活和代谢活性数据等。
3) Sequence types序列类型
用于处理核酸(DNA或RNA)和氨基酸序列;自动测序仪(Applied Biosystems, Beckman, Amersham, illumina)得到的色谱文件;广泛的识别各种序列格式,包括EMBL,GenBank和Fasta格式等。
4) Trend data types趋势数据类型
用于处理实时荧光定量 PCR数据;代谢活性和酶活性的动力学数据;微阵列实验中的时间进程数据和趋势相关的实验数据等。
分析模块
1) Tree and Network Inference聚类分析和建树
从多种聚类方法中选择合适方法计算进化树和关系网,通过把关系数据库中的各种记录之间,多种实验之间,用有效的聚类算法实现聚类分析。
2) Identification文库和鉴定分析
根据生物试验数据结果来鉴定未知的生物体或物种,可构建文库。
3)Genome Analysis Tools module 基因组分析工具模块
提供基因组和染色体的平行比较分析,分析基因组的组织功能特性,染色体多重排列分析和染色体SNP位点分析;通过对不同分支标记基因的高通量测序,为描绘细菌群落提供宏基因组工具。
4) Dimensioning Techniques多维技术和统计分析
多维的数据存储,方差分析等生物学数据统计分析。
5) 可进行wgMLST分析,菌库包含:鲍曼不动杆菌、蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、洋葱伯克霍尔德菌复合体、布鲁氏菌属、大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、柠檬酸杆菌、艰难梭菌纲、克罗诺杆菌属阴沟肠杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、棉子糖肠球菌、大肠杆菌/志贺氏菌、土拉弗朗西氏菌、产气克雷伯菌、催产克雷伯菌、肺炎克雷伯菌三方乳杆菌 嗜肺军团菌、明串珠菌属、单核细胞增生李斯特菌、微球菌、牛分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、麻风分枝杆、结核分枝杆菌、淋病奈瑟菌、脑膜炎奈瑟菌、多杀性巴氏杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌、肠沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌假中间葡萄球菌、嗜麦芽窄食单胞菌、无乳链球菌、轻度/口腔链球菌、化脓性链球菌、魏氏菌属共42种。
学习交流:许工 15821483715
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