circRNADisease：疾病相关circRNA数据库

导语

近年来，越来越多的科学研究集中在circRNA领域。circRNADisease是基于已有实验验证的circRNA和疾病关联的在线数据库，系统地核实了800多个已发表的文献，并收集整理了330种circRNA和48种疾病。circRNADisease中的每个条目均包含有关circRNA-疾病关联的详细信息，包括circRNA和疾病名称，circRNA表达模式，以及关于circRNA的简要功能说明和其他注释信息，注释物种主要是人。

circRNADisease

http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/

circRNADisease主页的字云

主页可以看到circRNADisease的主要功能围绕有Browse、Search、Download、submit。在主页的右下有动态的字云变化，点击其中的单词会进入快速查找模式。以ITCH为例，点击后会呈现Result:

内容包括circRNA-ITCH对应的不同疾病、host gene、method、expression pattern，还有pubmed文章号以及detail。

01 Browse

Browse界面分为左侧和右侧，左侧可以看到CircRNAs和Disease两种分类方式，点开之后可以看到具体的条目，如下：

点击具体条目后和主页快速浏览看到的内容一样。

该数据库中的记录都是从文献中整理得到的，如果环状RNA来自circBase数据库，会给出对应的超链接,否则只会给出文献中的命名。和同类型的数据库一样，都会给出疾病的名称，检测的方式，环状RNA在患病者中的表达趋势，相关文献的pubmed id等信息。

02 Search

circRNA Disease数据库可以通过circRNA、host gene、disease这三种方式检索。 具体的circRNA记录包括circRNA基础信息项，相关疾病信息，PubMed链接。circRNA的ID号也做了circBase的链接，可以直接前往circBase数据库。

以进入Search by circRNA，搜索circFoxo3为例。搜索后似曾相识的画面又一次出现了，没错，这和首页的快速搜索、浏览所看到的内容相似。这里包括circRNA信息：circRNA，circRNA表达检测方法，circRNA表达模式，关联体，宿主基因。疾病信息：疾病，物种，组织和/或细胞系和/或PDX，简要描述circRNA-疾病的关系。其他信息：文章标题，期刊，出版时间，PubMed ID。

点击pubmed，链接到原始文献：

点击more后展现circRNA，分为circRNA basic information、Disease basic information和Other information：

03 Download

目前，circRNA Disease包含354条实验支持的circRNA与疾病之间的关联，涉及330个circRNA和48个疾病，其中癌症（54％，26/48）和心脑血管疾病（27％，13/48），excel或txt版本都有。该数据库应成为了解疾病中circRNA分子机制和促进该研究领域发展的宝贵资源。

04 Submit

我们可以选择“提交”菜单在数据库中提交数据。我们还将鼓励科学家提交实验支持的circRNA-disease关联。

这个数据库是2018年发表的，主要通过文献检索circRNA和disease的所有相关研究结果而搭建构成的，收集日期截止于2017年11月份，所以和现在的研究有一些”时差“。整体上，数据库使用和检索界面非常简洁方便，操作起来还是很简单的！