导语
QuickGO数据库和实验室研究人员及外泌体数据库Exocarta 和Vesiclepedia是有紧密合作的,其中也有识别用于注释的靶蛋白以及外泌体实验方法学的注释。而且外来基因本体论注释倡议就是由EBI的UniProt策划人发起,通过阅读文献并为这些蛋白指定描述其生物学作用的术语,将GO注释分配给人类外泌体蛋白。
好了,西西背景说完了,进入正题吧:
EMBL-EBI
https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/
使用QuickGO还是相对简单的,直接搜索就可以了。
在主页搜索框可以搜索GO(按名称或ID)、ECO(按名称或ID)和基因名称,实际上可以使用多种不同的标识符类型来查询QuickGO(包括:DictyBase,UniGene,UniProtKB,FlyBase,Gramene和NCBI Entrez基因标识符)。检索时支持自动联想,可以根据输入数据自动匹配相关的GO和基因产物信息。我们这里主要介绍EMBL-EBI提供的内容,所以把精确搜索GO:0006915为例,结果提供如下:
01
Overview
结果的左侧是展示内容的目录区,右边是目录相对应的内容,Overview展示的是蛋白质0006915的凋亡功能(会给出文章出处的PMID号,点击Definition会跳到到维基百科的解释)和GO次要编号以及132211条注释。
02
Synonyms
这里是同义词,是含义与术语名称紧密相关的替代词或短语,并通过同义词作用域指示名称和同义词之间的关系,并给出相应类型分类。
03
Ancestor Chart
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