我司为外贸出口企业但进项选了勾选认证以及做了抵扣，应该怎么处理，影响退税吗？

你好，影响退税的。勾选认证时，应该选择用于出口退税入口进去后勾选认证。建议，最正规的方式就是发票要求供应商开具红字发票，然后再开具篮字发票，再重新认证。