643年，侯君集谋反判斩首，临斩前请求道:“罪臣有一请求，恳求陛下赦免我的家人死罪。”李世民已非常难过，对他道:“朕本想赦免你，大臣说你罪天地难容，朕答应你的请求。”侯君集一听，流泪向李世民谢恩。

侯君集出身于上谷侯氏，起初连学弓箭学不会，却号称自己勇猛威武，加入秦王府后，随李世民南征北战立下军功。626年，玄武门之变侯君集也有功，李世民即位后封潞国公，赐邑千户，官拜左卫大将军。

630年，侯君集出任兵部尚书，期间李世民让李靖教他兵法，可每到精髓之处就停止不教了，侯君集因而不满就告李靖要反，李世民责怪李靖。

李靖很气愤，回答李世民说:“这是侯君集想要谋反。今中原安定，我所教他的兵法，足以能让让他平四方，如今侯君集求学尽臣的兵法，是他将有异志啊。”

但侯君集是个粗人，又没有表现出什么异常，李世民也不觉得侯君集有那样的本领，因此并没有相信李靖的一番话，于是让两人反省，闭门思过。

有一次，侯君集下朝后回尚书省，他却骑着马越过尚书省的大门数步未发觉自己已做错，李靖见到这种情况，转身就对左右随从说:“侯君集意不在人，必将谋反！”

635年，李世民任命64岁的李靖为西海道行军大总管，兵部尚书侯君集为副手兼积石道行军总管，刑部尚书李道宗同为副手兼鄯善道行军总管等五总管，率军讨伐吐谷浑。

李靖听从侯君集的建议兵分两路，李靖率精锐向北，侯君集和李道宗率军向南在荒原行军两千里，两路大军大破吐谷浑，吐谷浑王慕容伏允自缢，其子慕容伏顺率军归附于唐朝。

637年，侯君集改封陈国公，拜陈州刺史。一年后，又拜光禄大夫兼吏部尚书，吏部是负责朝中官员的选拔与考核。没有读过什么书，当上吏部尚书的侯君集开始读书学习，参与官员的选拔，定制考核题目。

639年，高昌王麹文泰惹怒了李世民，李世民任侯君集为交河道行军大总管，率大军前往讨伐。麹文泰对高昌国人说:“唐朝距离高昌有七千余里，中间有沙漠两千余里，所以没有什么好担心的。”结果，侯君集率军还没到，麹文泰病死，其子麹智胜继承王位。

640年，侯君集攻破了高昌国都城，麹智胜及高昌文武百官被俘，高昌国灭亡。然而侯君集未请示李世民将没有罪的人发配，又私自将高昌国宝物据为己有，让手下将士盗取金银珍宝。

于是，班师回朝将侯君集下狱，中书郎岑文本认为侯君集是功臣大将，便上奏请求释放侯君集，得到了李世民的恩准。而侯君集被放后，自以为立下大功却因为贪财而被囚禁，感到非常不快。

太子詹事张亮出任洛阳都督，侯君集还为高昌国一事被下狱生气，他找到张亮，挽起袖子对张亮道:“你能造反吗？要是可以，我和你一起！”

张亮就把侯君集的话告诉了李世民，李世民对张亮道：“这些话侯君集只告诉了你一个人，不要再让他人知道，到时候他死不认账，你也拿他没办法。”于是，李世民将这件事暂且放下，对待侯君集还是和以前一样。

643年，太子李承乾在暗杀魏王李泰失败后，担心被废的李承乾召侯君集入东宫，侯君集也担心李承乾就是第二个李建成，遂与汉王李元昌和驸马都尉杜荷谋划起兵。

谋划好之后，侯君集害怕泄露，心中不安，常常晚上睡不着，妻子非常奇怪，对侯君集说：“如果你做了什么对不起社稷的事，应该自己到陛下面前去领罪，这样才能保全自己。”但侯君集没有听妻子的话。

不久，齐王李祐谋反兵败被赐死，李承乾谋反计划的也败露，但侯君集拒不认罪，李世民亲自审问。侯君集的女婿贺兰楚石，详细陈述事情的原委，又拿出他与李承乾来往的书信给他看，侯君集只得服罪。

李世民不想治他死罪，但大臣进谏说侯君集之罪不能宽恕。李世民将侯君集处斩，也答应了赦免他的妻子和儿子的请求，最终他的家人流放岭南。李承乾也被废，汉王李元昌赐自尽，其他参与皆斩。