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【新知解读】浓缩的都是精华?就怕用不对方法!



别担心,

小石头来啦!


随着科学研究的精细化发展,越来越多的反应体系对产物浓度有了更高要求。为了获得适量的目标组分,需要对备检样品进行浓缩等预处理,其中如何快速、无损的浓缩则是至关重要的一环。


今天小石头就以点破面,以DNA样本浓缩为例,带领大家了解浓缩仪在高通量测序(NGS)领域中的应用,以及常见问题的解决办法,希望大家阅读完后对浓缩仪这款实验室常见仪器有一个全面的认识。  
一、浓缩的意义

众所周知,DNA初始投入量是影响NGS成功与否的关键之一,初始投入量不达标将显著增加测序失败风险。老师们可能会不时面临这样的尴尬处境,提取相同的样本,适量增加最终的洗脱体积会提高核酸产量,但这样处理后往往导致核酸总量足够,但浓度却不能满足我们投入需求。

举个例子,建库方法学要求投入200ng核酸,反应体系为50μl,但实际需要投入100μl才能满足总量200ng核酸的需求。因为血浆提取到的cfDNA浓度较低,导致这种矛盾在NGS平台液体活检项目更为常见,此时就需要通过核酸浓缩来解决这个症结。

二、常见浓缩仪及适用场景

常用的浓缩装置包括真空离心浓缩仪、氮吹仪和旋转蒸发仪等,这些仪器可应用于生物、化工、食品、医药等行业,用途广泛。

如下表,总结了三种常见浓缩仪的适用场景供大家参考,觉得有用的赶快收藏吧!

表1. 常见浓缩仪对比

三、空离心浓缩仪的使用介绍

NGS实验中,由于样本量大、待浓缩产物体积小、样本防污染要求高等特点,通常会选用真空离心浓缩仪。因此在本次推文中,我们主要和大家介绍真空离心浓缩仪的使用。其中,NGS实验室最常用的是 Eppendorf Concentrator plus

(一)仪器介绍

真空离心浓缩仪一般由离心浓缩仪主机、冷阱样品收集系统、真空泵三部分组成(图1)。仪器的优势:

  • 运行中仪器腔内为真空状态,可降低溶剂沸点,利于溶剂蒸发同时避免样本交叉污染;

  • 调控仪器腔体内温度改变,防止样品爆沸,提高蒸发速率的同时不损伤样品质量;

  • 采用高速离心技术,避免样本产生飞溅损失和交叉污染。

图1. 真空离心浓缩仪系统组成

(二) 仪器特点

  • 设计符合人体工程学,操作界面直观,设备坚固耐用;

  • 免维护感应驱动和耐化学腐蚀的不锈钢加热腔体,运行安全;

  • 涂层盖子耐化学腐蚀性更强。

(三)不良操作及解决方法

正是这些优点的存在,真空离心浓缩仪才会被选入NGS的仪器候选清单中。虽然浓缩仪使用上较为简便,但实际使用中还是会遇到一些突发问题。这里小石头也给大家做了总结以备不时之需。

表2. 浓缩仪常见问题及解决方法

好了,本期关于浓缩仪的介绍就到这里。

关注我们,期待下一次的精彩相遇吧!


参考资料: 

[1]Eppendorf_Vacuum-Concentration_Operating-manual_Concentrator-plus-Vacufuge-plus . 

[2]Eppendorf_Vacuum-Concentration_Brochure_Concentrator-plus_Concentrate . 

[3]Centrifugation_Instructions-use_Rotor-F-45-22-17.

[4]《真空离心浓缩仪在测序实验室的应用》, 道客巴巴.

关于燃石医学
燃石医学(纳斯达克代码:BNR)成立于2014年,公司使命为“用科学守护生命之光”,专注于为肿瘤精准医疗提供具有临床价值的二代基因测序(NGS)。公司业务及研发方向主要覆盖:1)基于NGS的肿瘤患病人群检测,6年间,燃石累计检测样本超过18.5万例,在中国拥有最高的市场份额;2)基于NGS的癌症早检,目前已经进入临床验证阶段。燃石医学于20187月获国家药品监督管理局(NMPA)颁发的中国肿瘤NGS检测试剂盒第一证,在体外诊断领域具有里程碑式意义。实验室获得广东省临检中心颁发的“高通量测序实验室”技术审核,以及得美国CLIACAP实验室质量体系资质认证。公司将继续致力于开发创新可靠的NGS检测产品,推动肿瘤精准医疗领域的发展。


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