别担心,
小石头来啦!
随着科学研究的精细化发展,越来越多的反应体系对产物浓度有了更高要求。为了获得适量的目标组分,需要对备检样品进行浓缩等预处理,其中如何快速、无损的浓缩则是至关重要的一环。
众所周知,DNA初始投入量是影响NGS成功与否的关键之一,初始投入量不达标将显著增加测序失败风险。老师们可能会不时面临这样的尴尬处境,提取相同的样本,适量增加最终的洗脱体积会提高核酸产量,但这样处理后往往导致核酸总量足够,但浓度却不能满足我们投入需求。
举个例子,建库方法学要求投入200ng核酸,反应体系为50μl,但实际需要投入100μl才能满足总量200ng核酸的需求。因为血浆提取到的cfDNA浓度较低,导致这种矛盾在NGS平台液体活检项目中更为常见,此时就需要通过核酸浓缩来解决这个症结。
常用的浓缩装置包括真空离心浓缩仪、氮吹仪和旋转蒸发仪等,这些仪器可应用于生物、化工、食品、医药等行业,用途广泛。
如下表,总结了三种常见浓缩仪的适用场景供大家参考,觉得有用的赶快收藏吧!
表1. 常见浓缩仪对比
在NGS实验中,由于样本量大、待浓缩产物体积小、样本防污染要求高等特点,通常会选用真空离心浓缩仪。因此在本次推文中,我们主要和大家介绍真空离心浓缩仪的使用。其中,NGS实验室最常用的是 Eppendorf Concentrator plus。
真空离心浓缩仪一般由离心浓缩仪主机、冷阱样品收集系统、真空泵三部分组成(图1)。仪器的优势:
运行中仪器腔内为真空状态,可降低溶剂沸点,利于溶剂蒸发同时避免样本交叉污染;
调控仪器腔体内温度改变,防止样品爆沸,提高蒸发速率的同时不损伤样品质量;
采用高速离心技术,避免样本产生飞溅损失和交叉污染。
图1. 真空离心浓缩仪系统组成
(二) 仪器特点
设计符合人体工程学,操作界面直观,设备坚固耐用;
免维护感应驱动和耐化学腐蚀的不锈钢加热腔体,运行安全;
涂层盖子耐化学腐蚀性更强。
正是这些优点的存在,真空离心浓缩仪才会被选入NGS的仪器候选清单中。虽然浓缩仪使用上较为简便,但实际使用中还是会遇到一些突发问题。这里小石头也给大家做了总结以备不时之需。
表2. 浓缩仪常见问题及解决方法
好了,本期关于浓缩仪的介绍就到这里。
参考资料:
[1]Eppendorf_Vacuum-Concentration_Operating-manual_Concentrator-plus-Vacufuge-plus .
[2]Eppendorf_Vacuum-Concentration_Brochure_Concentrator-plus_Concentrate .
[3]Centrifugation_Instructions-use_Rotor-F-45-22-17.
[4]《真空离心浓缩仪在测序实验室的应用》, 道客巴巴.
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