如何重复这篇JAMA子刊上论文中的图？ 附R代码！

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都说“耳濡目染”

，想来多重复一下高分论文中的图片，自然会有好处。

这篇JAMA子刊论文中[1]的图看起来很是高级，我们今天就来重复一下A图吧～

进入正题。

首先，安装并载入需要的作图R包：

install.packages('ggplot2')

library(ggplot2)

第二步，大致模拟一下作图用到的数据。自己创建数据也能提高编程能力，加深对R的掌控。

由原论文的结果部分得知两组中各有33人，并且Placebo组和Urolithin A组的均数和SD分别是42.3(73.3)和60.8(67.2)：

set.seed(227) 
mydata <- data.frame(
  treatment = rep(c('Placebo', 'Urolithin A'), each = 33), 
  value = c(
    rnorm(33, mean = 42.5, sd = 73.3),
    rnorm(33, mean = 60.8, sd = 67.2)
  )
)

head(mydata, 10)

数据创建成功。

最后一步，开始作图吧！

【代码显示不全时，可左右滑动】

ggplot(mydata, aes(x = treatment, y = value)) +
  stat_summary(fun.data = mean_se, geom = 'errorbar', width = 0.2) +     # 误差棒
  stat_summary(fun = mean, geom = 'crossbar', width = 0.5, size = 0.2) + # 指代均数的水平横线
  geom_jitter(aes(colour = treatment), size = 2.5, width = 0.2, height = 0.25) +
  scale_colour_manual(values = c('#3D5960', '#DA9D55')) + # 手动指定颜色
  scale_y_continuous(limits = c(-200, 300), expand = c(0, 0)) + # 自定义y轴
  scale_x_discrete(limits = c('Placebo', '', 'Urolithin A')) +  # 自定义x轴
  theme_classic() + # 图片主题
  theme( # 图片修饰
    plot.margin = margin(t = 40, r = 20, b = 20, l = 20),     # 上、右、下、左方空白
    axis.line = element_line(colour = 'grey30', size = 0.23), # 修饰坐标轴
    axis.ticks.y = element_line(size = 0.3, colour = 'grey30'),
    axis.ticks.x = element_line(size = 0.3, colour = c('transparent', 'grey30', 'transparent')),
    axis.text.x = element_blank(),
    panel.grid.major.y = element_line(colour = 'grey80'),     # 背景网格线
    legend.box.background = element_rect(colour = 'grey30'),  # 修饰legend
    legend.title = element_blank(),
    legend.position = c(0.15, 0.95),
    legend.margin = margin(1, 5, 3, 1),
    plot.title = element_text(size = 12, vjust = 10)          # 图片标题
  ) +
  labs( # 文本
    title = 'Change in 6-min walking distance',
    x = 'Baseline to 4 mo',
    y = 'Distance, m'
  )

好啦，今天的内容就到这里。

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