终于盼来了Qiime2的官方文献,以后用Qiime2分析数据就知道应该引用哪些文献了。这篇文章除了介绍Qiime2一些熟知的特性外,也曝出重大新闻,分析扩增子将不再是Qiime2的唯一特长,Qiime2有望成为多组学分析的利器。最近加入的一批插件,包括q2-cscs, q2-metabolomics, q2-shogun, q2-metaphlan2,和q2-picrust2,将允许代谢组分析、宏基因组的分析、功能预测分析等,值得期待!
让我来看看Qiime2都有哪些讨研究者喜欢的特性:
文件系统:主要包括两类,qza和qzv,qza存分析数据,qzv存分析结果。很多人以为是什么新的数据格式,打心底排斥。其实他们都是标准的zip压缩文件夹,要是觉得迷惑,你甚至可以直接将文件的后缀名改为.zip,和普通压缩文件夹没有区别,linux下可以用unzip解压,windows下可以用普通的解压软件解压。文件夹里包含了数据主体(data文件夹),数据来源(provenance),数据的格式、语言类型等(metadata文件),软件版本信息(VERSION文件)。之所以保存这么多信息,主要是方便科学家们核查结果的合理性,符合科学研究的严谨性原则。Qiime2还提供了https://view.qiime2.org/网站来直接查看qzv文件,拖进去就可以看,不用解压,不用下载Qiime2,可以说是很贴心了。
语义类型:语义类型主要指qza的类型(会存在qza压缩文件夹里),比如是有根进化树(Phylogeny[Unrooted]),是无根进化树(Phylogeny[Unrooted]),是代表序列(FeatureData[Sequence]),这些语义类型决定了这些文件下一应该怎么分析,可以进行哪些分析,不可以进行哪些分析。Qiime2在进行数据分析(action)时会自动检查文件语义类型,当用特定语义类型的数据进行错误的分析步骤时,Qiime2就会报错,提示不应该这么做,而应该用哪个文件做。对生信小白来说,简直是福音。
分析过程可溯源,可重复性:对于一个分析结果,把文件拖到https://view.qiime2.org/,你可以在相应的provenance里找到他从哪些数据来的,经过了哪些分析步骤。甚至是用什么版本的软件分析的(VERSION)。这对科学研究来说极其重要,因为你需要说服别人你的分析步骤是没有问题的,别人也可以根据记录的步骤重复出你的分析结果。
扩拓展的插件:开放的插件拓展系统,欢迎各路大神前来贡献自己的代码。对小白来说或许没什么用,但至少我们可以期待一下大神们能给我们带来哪些方便的特性。
交互性:一路点点点,实现菌群序列分析的软件没听说过吧?QIIME 2 Studio 图形用户界面实现了,亲测,就和office软件一样顺手。Qiime的分析结果(qzv),拖到https://view.qiime2.org/后,可以交互地、个性化地修改图片外观和呈现形式。
炫酷的可视化方法和数据分析方法:包括领域内非常受欢迎的机器学习方法,时间序列分析,3D PCoA等。话不多说,直接上图。
A 表示37680个样本基于非加权UniFrac距离的二维PCoA图,颜色对应分组;
B图是母乳喂养和奶粉喂养的婴儿,肠道双歧杆菌随时间波动的图片(不同颜色代表不同喂养方式,细线是个体,粗线是集中趋势)
C图是各个样本门分类水平下的菌群组成图;D图是人体表面十二烷基醚硫酸钠的分布图,红色越深,丰度越高,3D图可旋转,呈现空间分布模式再好不过。
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