终于盼来了Qiime2的官方文献，以后用Qiime2分析数据就知道应该引用哪些文献了。这篇文章除了介绍Qiime2一些熟知的特性外，也曝出重大新闻，分析扩增子将不再是Qiime2的唯一特长，Qiime2有望成为多组学分析的利器。最近加入的一批插件，包括q2-cscs, q2-metabolomics, q2-shogun, q2-metaphlan2,和q2-picrust2，将允许代谢组分析、宏基因组的分析、功能预测分析等，值得期待！
让我来看看Qiime2都有哪些讨研究者喜欢的特性：
文件系统：主要包括两类，qza和qzv，qza存分析数据，qzv存分析结果。很多人以为是什么新的数据格式，打心底排斥。其实他们都是标准的zip压缩文件夹，要是觉得迷惑，你甚至可以直接将文件的后缀名改为.zip，和普通压缩文件夹没有区别，linux下可以用unzip解压，windows下可以用普通的解压软件解压。文件夹里包含了数据主体（data文件夹），数据来源（provenance），数据的格式、语言类型等（metadata文件），软件版本信息（VERSION文件）。之所以保存这么多信息，主要是方便科学家们核查结果的合理性，符合科学研究的严谨性原则。Qiime2还提供了https://view.qiime2.org/网站来直接查看qzv文件，拖进去就可以看，不用解压，不用下载Qiime2，可以说是很贴心了。
语义类型：语义类型主要指qza的类型（会存在qza压缩文件夹里），比如是有根进化树（Phylogeny[Unrooted]），是无根进化树（Phylogeny[Unrooted]），是代表序列（FeatureData[Sequence]），这些语义类型决定了这些文件下一应该怎么分析，可以进行哪些分析，不可以进行哪些分析。Qiime2在进行数据分析（action）时会自动检查文件语义类型，当用特定语义类型的数据进行错误的分析步骤时，Qiime2就会报错，提示不应该这么做，而应该用哪个文件做。对生信小白来说，简直是福音。
分析过程可溯源，可重复性：对于一个分析结果，把文件拖到https://view.qiime2.org/，你可以在相应的provenance里找到他从哪些数据来的，经过了哪些分析步骤。甚至是用什么版本的软件分析的（VERSION）。这对科学研究来说极其重要，因为你需要说服别人你的分析步骤是没有问题的，别人也可以根据记录的步骤重复出你的分析结果。
扩拓展的插件：开放的插件拓展系统，欢迎各路大神前来贡献自己的代码。对小白来说或许没什么用，但至少我们可以期待一下大神们能给我们带来哪些方便的特性。
交互性：一路点点点，实现菌群序列分析的软件没听说过吧？QIIME 2 Studio 图形用户界面实现了，亲测，就和office软件一样顺手。Qiime的分析结果（qzv），拖到https://view.qiime2.org/后，可以交互地、个性化地修改图片外观和呈现形式。
炫酷的可视化方法和数据分析方法：包括领域内非常受欢迎的机器学习方法，时间序列分析，3D PCoA等。话不多说，直接上图。
A 表示37680个样本基于非加权UniFrac距离的二维PCoA图，颜色对应分组；
B图是母乳喂养和奶粉喂养的婴儿，肠道双歧杆菌随时间波动的图片（不同颜色代表不同喂养方式，细线是个体，粗线是集中趋势）
C图是各个样本门分类水平下的菌群组成图；D图是人体表面十二烷基醚硫酸钠的分布图，红色越深，丰度越高，3D图可旋转，呈现空间分布模式再好不过。
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