香港中文大学于君团队于2018年11月24日在《Gut》上发表题目为《Enteric fungal microbiota dysbiosis and ecological alterations in colorectal cancer》的文章。该研究阐明了结直肠癌（CRC）发生过程中肠道真菌体内稳态的破坏，并证明了粪便真菌标记物在检测CRC中的潜在用途。
研究摘要
细菌和病毒体的改变与结直肠癌（CRC）有关。但是，CRC中的肠道真菌微生物群还没研究。我们的目的是探究CRC中肠道真菌的变化。
本研究分析了来自香港的184名CRC患者，197名腺瘤患者和204名对照受试者的粪便宏基因组序列（发现队列：73名患有CRC和92名对照受试者;验证队列：111名患有CRC的患者，197名患有腺瘤的患者和112名来自香港的对照）。CRC相关的真菌标记和生态变化也在90例CRC患者，42例腺瘤患者和66例来自德国和法国的已发表储存序列的对照受试者的其他独立队列中得到验证。通过针对整合的微生物参考基因组数据库的精确k聚体比对进行分类法的分配。
主成分分析揭示了CRC和对照的独立聚类，在早期和晚期CRC中具有不同的真菌。担子菌：CRC中的子囊菌比率较高，Malasseziomycetes增加，而Saccharomycetes和Pneumocystidomycetes减少。用14个真菌生物标志物丰度可较准确地区分CRC和对照，AUC达0.93，在中国和欧洲两个独立验证队列中AUC分别为0.82和0.74。进一步的生态学分析显示，CRC中共存的真菌感染率和共同排除的细菌-真菌相关性的数量更多。此外，真菌与细菌之间的共现相互作用，主要由真菌子囊菌和对照中的细菌变形菌组成，在CRC中恢复为共同排斥的相互作用。
这项研究揭示了CRC相关的真菌生态失调，其特征是真菌组成和生态学改变，表明肠道真菌可能在CRC中发挥作用。
文中主要图片说明
图1 结肠直肠癌（CRC）中肠道真菌的改变。（A）主成分分析显示了CRC和对照组的真菌组成的区别。对照，n = 92; CRC，n = 73。（B）对来自对照（n = 92）的CRC患者（n = 73）的真菌组成概况进行监督的多变量冗余分析。（C）在对照组（n = 92），早期CRC（n = 20）和晚期CRC（n = 54）中肠道真菌组成多变量冗余分析。（D）CRC（n = 73）和对照（n = 92）之间的丰富度和香农指数多样性指数。
图2 结肠直肠癌（CRC）中肠道真菌的分类学分布。（A）对照组和CRC中优势肠道真菌门的相对丰度。在两组中，主要的门是子囊菌门，担子菌门和毛霉亚门。（B）担子菌门：子囊菌相对丰度比，即真菌生态失调指数，CRC组较高。（C）CRC（n = 73）和对照（n = 92）之间差异丰富的真菌纲。（D）CRC和对照之间差异丰富的真菌科。（E）CRC和对照之间差异丰富的真菌属。
图3 作为CRC诊断标志物的真菌物种。（A）热图显示结肠直肠癌（CRC）中真菌种类的相对倍数变化。选择绝对log2倍数变化大于1的物种作为CRC真菌宏基因组标记物。（B）通过逻辑回归对真菌标记物的诊断性能，针对包括年龄，身体质量指数（BMI）和发现群组中的性别的混杂因素进行校正。标记物可准确区分CRC和对照，AUC达到0.93; 早期CRC和对照的AUC为0.91。
图4 独立队列中结肠直肠癌（CRC）的粪便真菌诊断标志物的验证。（A）中国队列研究中，标记物可准确区分CRC和对照， AUC达到0.82; 早期CRC和对照的AUC为0.81; 对照和腺瘤的AUC为0.63。（B）德国和法国队列研究中，标记物可准确区分CRC和对照，AUC达到0.74；早期CRC和对照的AUC为0.71；对照和腺瘤的AUC为0.6。
图5 结直肠癌（CRC）中的扰动的内部和内部生态网络。通过SParCC算法估计相关性。 屏蔽了低于0.3的绝对相关性，以显示所有完全重要的信号。（A）CRC中的共生生态网络强于对照组。真菌中的子囊菌，担子菌门和毛霉亚门的新相关性出现在CRC中。（B）与对照相比，CRC中差异丰富的真菌和细菌科之间的生态网络。
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