Nature子刊 | 人类和病原体基因组的联合测序揭示了肺炎球菌脑膜炎的遗传学特征

推荐：江舜尧

编译：微遗传

编辑：董小橙

2019年5月15日纽约大学医学院微生物学系、威康桑格研究所John A. Lees等研究人员在著名期刊《Nature Communications》上发表了题为“Joint sequencing of human and pathogen genomes reveals the genetics of pneumococcal meningitis”的文章。该研究应用hGWASs和pGWASs结合的GWASs方法对人类和病原体的DNA样本进行基因分型和全基因组测序，并进一步分析了联合GWAS的交互作用，最终明确了宿主和病原体的遗传变异在肺炎球菌性脑膜炎中的作用。

摘要

肺炎链球菌在正常人的口腔及鼻咽部经常存在，但也可引起危及生命的侵袭性疾病，如脓胸、菌血症和脑膜炎。已知宿主和病原体的遗传变异在侵袭性肺炎中起作用，但在何种程度上起作用尚不清楚。在一项针对人类和病原体的全基因组关联研究中，研究人员发现，人类遗传变异解释了肺炎球菌脑膜炎易感性的近一半变异和严重程度变异的三分之一，并确定了与易感性相关的CCDC33突变。肺炎球菌的遗传变异解释了大量的侵袭潜能(70%)，但对严重程度没有影响。仅血清型不足以解释侵袭性，这表明其他肺炎球菌因素也参与了侵袭性疾病的进展。我们鉴定了包括pspC和zmpD在内的侵袭性肺炎球菌基因，并进行了人与细菌的相互作用分析。结果表明这些基因是研制更广泛作用的肺炎球菌疫苗的潜在候选基因。

主要图表说明

表1 术语表。

图1 队列测序和相关流程综述。

图2 在侵入性和携带性隔离群罕见变异的负荷，基于对单个参考基因组的定位和变异。丧失功能(LoF)是一种移码突变或无意义突变。

图3 病原体全基因组关联研究中所有样本的系统发育树。

表2 合并分析中细菌联合的信号。

表3 细菌联合信号的Meta分析。

表4 MeninGene队列中脑膜炎的人类SNP遗传力(h²_SNP)。

表5 MeninGene队列中人类关联的信号。

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