Nature Microbiology | 通过单细胞病毒标记来定义人类肠道宿主-噬菌体网络

推荐：江舜尧

编译：灵筠

编辑：十九

澳大利亚昆士兰大学Mária Džunková等人于2019年8月5日在Nature Microbiology（IF：14.174）在线发表了题名为《Defining the human gut host–phage network through single-cell viral tagging》的文章。该研究采用单细胞病毒的荧光标记来定义人类肠道宿主-噬菌体网络，扩展了已知的肠道宿主-噬菌体网络，同时发现了携带不同病毒的受试者的噬菌体和细菌间存在高度的交叉，表明了粪菌移植治疗（FMT）将导致病毒介导的受体细菌群落的扰动。

文章摘要

不依赖于传统培养的测序分析技术不断进步，病毒的发现也因此正以前所未有的速率进行。其中鉴定这些最近鉴定但未经培养病毒的宿主也是重要的研究目标。为此，我们采用了病毒标记方法，该方法不需要传统培养，通过荧光标记的病毒粒子吸附到未标记的细菌宿主细胞，然后将其单独分选为宿主-噬菌体对，再进行基因组扩增和高通量测序以鉴定宿主和附着的病毒。该研究展示了使用粪便微生物组的单细胞病毒标记，包括人类受试者之间病毒和细菌的交叉标记。总共预测363个宿主-噬菌体配对，大多具特异性，且包括了之前未鉴定的病毒，尽管多数细菌宿主具有已知的分类。这些配对中有五分之一是由多个单细胞病毒标记的。在宿主-噬菌体网络明显缺乏靶向多种细菌的病毒，结果表明噬菌体不是人类肠道中跨物种水平基因转移的主要载体。尽管受试者具有特异的病毒特性，但来自不同受试者的噬菌体和细菌间存在高度的交叉，这对粪菌移植治疗（FMT）具有启示意义。

文章中重要图片说明

图1 | 方法开发

图2 | 宿主-噬菌体分类鉴定的流程图

图3 | 在多个SAG中检测到的病毒簇的实例

图4 | 从11个受试者获得的粪便宿主-噬菌体网络

图5 | 粪便宏基因组中的宿主-噬菌体比率

图6 | 4个受试者之间的交叉单细胞病毒标记

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