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回顾自写单细胞以来,也接近40篇稿子了,我们的内容还是很基础的,也是基于下游分析的,但是还是很完善的,至少分析和可视化都兼顾了,虽然不是很好。有跟学的小伙伴反应觉得还可以,对其有帮助,我觉得这就已经很好了。我们也不是全能的,后期对于单细胞分析也会更加深入写一些内容,更多结合分析技术,当然有好的可视化,也会继续分享,希望进一步帮助更多人,对自己也是提升。
以下是全部内容(持续更新中......)。
2.跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建
3.跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控(QC)及合并去除批次效应
4.跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类
5.跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释
11.跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化
12.跟着Cell学单细胞转录组分析(七):细胞亚群分析及细胞互作
13.跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化
14.跟着Cell学单细胞转录组分析(九):Monocle2拟时分析演示(上)
15.跟着Cell学单细胞转录组分析(十):Monocle2拟时分析演示之结果可视化(下)
16.跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分
17.跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析
18.跟着Cell学单细胞转录组分析(十三):单细胞GSVA分析|这个包涵盖大多数物种
19.单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图
20.ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦
21.复现Nature medicine图表---堆叠柱状图显示每个样本上下调差异基因
24.跟着Cell学单细胞转录组分析(十四):细胞比例柱状图---连线堆叠柱状图
25.复现《Cell》文章图表:气泡热图展示基因表达+分组添加
26.单细胞番外---单细胞数据分析及可视化集成R包Scillus(上)
27.单细胞番外---单细胞数据分析R包Scillus之marker基因可视化(中)
28.单细胞番外---单细胞R包Scillus之差异基因GSEA分析(下)
30.Cellchat(代码详细注释版):单细胞转录组(人、小鼠)细胞互作分析及可视化
31.CellPhoneDB单细胞互作分析(1):Linux软件安装及遇到的Bug(ERROR)解决
32.CellPhoneDB单细胞互作分析(2):数据分析|人鼠基因同源转化|ERROR解决|详细注释版代码
33.CellPhoneDB单细胞互作分析(3):结果可视化作图
34.PySCENIC(一):python版单细胞转录组转录因子分析
36.Nature作图也出错:单细胞UMAP/TSNE图的ggplot做法与修饰
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