KEGG注释：KEGG富集可视化柱状图

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很久很久以前，看到过文章中的KEGG富集可视化结果图。是对KEGG通路进行注释的。后来在一些测序公司的宣传页上也见到过类似的图：

其实这个图就是多了一个KEGG通路注释，近期也有小伙伴寻求怎么做。网上很多在线工具可以完成这个图，只需要按照相应的示例提供数据就可以一键出图，很方便。用到的数据就是分析完成的KEGG富集通路，关键的两列一个是KEGG同类名称，一列是counts，当然这个counts也可以选择展示怕值。例如这里的这个网站：https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_pathway_enrichment_categorical_bar_plot_124

出图的效果如下：

当然我们还是希望自己动手做出来，毕竟也不是什么难事。需要的文件一个是我们分析的富集通路文件，另外一个就是KEGG注释分类，这个文件在KEGG官网可以整理，这里我们已上传分享到QQ群文件了，可自行下载！

首先加载包和数据，做一个普通的柱状图很简单：

# setwd('D:/KS项目/公众号文章/KEGG通路注释')library(dplyr)library(ggplot2)library(forcats)library(dittoSeq)kegg <- read.csv('KEGG.csv', header = T)#其实做一个柱状图没有什么难度ggplot(kegg,aes(Description, Gene.Count))+  geom_bar(stat = "identity")+  geom_text(aes(label=Gene.Count, y=Gene.Count+2),size=3)+  coord_flip()+  labs(x='',y='Gene count')+  theme_bw()+  theme(panel.grid = element_blank(),        legend.position = 'none',        axis.ticks.y = element_blank(),        axis.text = element_text(colour = 'black', size = 10))

然后读入注释文件，将通路注释，这里使用的笨办法，直接筛选：

#注释文件kegg_ann <- read.csv('kegg_annotation.csv')rownames(kegg_ann) <- kegg_ann$directory3df <- kegg_ann[kegg$Description,]kegg1 <- cbind(kegg, df)table(kegg1$directory1)

# Cellular Processes Environmental Information Processing # 1                                    3 # Human Diseases                           Metabolism # 3                                    3 # Organismal Systems # 2 kegg1 <- kegg1[order(kegg1$directory1),]kegg1$Description <- as.factor(kegg1$Description)kegg1$Description <- fct_reorder(kegg1$Description)
p <- ggplot(kegg1,aes(Gene.Count,Description))+  geom_bar(stat = "identity", aes(fill=directory1))+  geom_text(aes(label=Gene.Count, x=Gene.Count+2),size=3)+  labs(y='',x='Gene count')+  theme_classic()+  theme(panel.grid = element_blank(),        legend.position = 'none',        axis.ticks.y = element_blank(),        axis.text = element_text(colour = 'black', size = 10),        plot.margin = margin(0,0,0,-0.05, "cm"))+  scale_fill_manual(values = dittoColors())

最后添加上右侧的注释就完成了：

#构建注释df1<-data.frame(x="A", y=kegg1$Description, group=kegg1$directory1)
df1$group <- factor(df1$group, levels = c("Organismal Systems",                                          "Metabolism",                                          "Human Diseases",                                          "Environmental Information Processing",                                          "Cellular Processes"))
p1 <- ggplot(df1,aes(x,y, fill=group))+  geom_tile(show.legend = F)+  facet_grid(group~.,scales = 'free',space = 'free')+  labs(x=NULL,y=NULL)+  scale_x_discrete(expand = c(0,0))+  scale_y_discrete(expand = c(0,0))+  theme(panel.background = element_blank(),        axis.ticks = element_blank(),        axis.text = element_blank(),        plot.margin = margin(0,-0.05,0,0, "cm"),        strip.text.y = element_text(angle=0,size=10,color = "black",                                    hjust = 0,margin = margin(b = 3,t=3)),        strip.background = element_rect(colour=NULL,fill = 'white'),        panel.spacing=unit(0, "mm"))+  scale_fill_manual(values = c("#0072B2","#F0E442","#009E73","#56B4E9","#E69F00"))   #拼图library(deeptime)ggarrange2(p, p1,nrow = 1,widths =c(2,0.05))

当然了，网上也有别的形式的注释，这里不再演示，大概样子就是在柱状图y轴添加了分类的名称，有了注释文件就可以构造了。具体的做法可以参考我们之前的帖子：柱状图|GO、KEGG|标签与柱状图颜色对应。

那么最后还有一个问题，很多人肯定会想到，就是GO的结果可以注释嘛？我们知道GO分为BP、MF、CC三个，但是在BP中能不能继续注释，我是没有看到官方的文件，但是需要自己注释和作图可以参考我们这个帖子。希望分享对你有帮助，点个赞、分享下再走呗！