许多人都觉得“菌肥和微生物菌剂不能和杀菌剂混用”，但是在实际应用中，微生物菌真的不能和杀菌剂混用吗？
土壤微生物是土壤中细菌、真菌、放线菌和藻类的总称。
土壤中一般以细菌数量最多，占总数的70%-90%，有益的细菌有固氮菌、硝化细菌和腐生细菌，有害的则有反硝化细菌。
放线菌也属于细菌（原核生物，但有与真菌类似的菌丝和孢子），放线菌能够分解动植物的残体，由蛋白质分解氨，使土壤中的有机质增加，提高土壤肥力，但对其他微生物生长有抑制作用（拮抗），由放线菌产生的抗菌素很多制作成农业杀菌剂。
真菌类微生物就比较多了，植物上的很多病害都属于真菌类型，如土传病害（根腐病、猝倒病、立枯病、晚疫病、灰霉病等等），而一般的有益微生物基本是类属于细菌类型的。
菌肥与微生物菌剂市场上主要有
1、细菌类（各种芽孢杆菌、光合菌）。
2、真菌类（菌根真菌、木霉菌、淡紫紫孢菌）。
3、放线菌类（抗生素类）。
市场上主流杀菌剂包括：
1、真菌杀菌剂（多菌灵、福美双、甲霜灵、甲基硫菌灵、咯菌腈、嘧菌酯、吡唑醚菌酯等）
2、真菌细菌通杀型（硫酸铜钙、碱式硫酸铜（波尔多液）、乙酸铜、络氨铜、乙蒜素、王铜（氯氧化铜）、氢氧化铜、氯溴异氰尿酸等）
3、细菌杀菌剂（叶枯唑）
1、细菌性菌肥与微生物菌剂可以和真菌杀菌剂混用，但不能和细菌杀菌剂混用（已有农业工作着推广使用较长时间，事实证明）。
2、特定的菌肥与微生物菌剂和杀菌剂组合，可以在不影响菌肥效果的前提下混合使用，可以起到效果互补的作用。即可调理土壤，又可以解决各种病害问题。
3、如果不确定微生物菌剂和菌肥中复合微生物菌是真菌还是细菌，尽量不要与杀菌剂混用。
4、土壤熏蒸与土壤处理后，再施用微生物菌剂和菌肥，是目前比较成熟运用的方法。
5、微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。
6、菌肥与微生物菌剂应避免与能杀死该菌种的农药以及杀菌剂混用。
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