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GO（Gene Ontology）是基因本体联合会（Gene Ontology Consortium）所建立的数据库，对基因和蛋白功能进行限定和描述，适用于各物种。GO数据库包含三大类：生物学过程（Biological Process, BP）、细胞成分（Cellular Component, CC）和分子功能（Molecular Function, MF），各自描述了基因产物可能参与的生物学过程，所处的细胞环境，以及行使的分子功能。GO注释是对某个特定基因功能的描述；GO富集是将具有类似功能的基因富集到同一term中，对基因的功能更具有指向性。
Omicshare在线平台搞定GO功能注释和GO功能富集
一、GO功能注释
（1）登录omicshare在线平台
omicshare平台网址：https://www.omicshare.com/tools/，选择GO功能注释板块。
（2）准备待注释的基因文件。
基因文件可以是碱基序列，也可以是氨基酸序列，Fasta格式。
（3）提交序列。
在平台上提交待注释的序列，根据序列类型相应选择核酸或者蛋白。
选择相应的物种：动物、植物、无脊椎动物、微生物、病毒等。
（4）设置完成后，点击提交。
结果运行后，刷新任务状态，查看注释结果，并下载。
本次的注释结果可用于下一步的GO富集分析。
二、 GO功能富集
同样在omicshare平台（https://www.omicshare.com/tools/）上，选择动态GO富集分析。该分析有两种途径：第一，使用平台中内置的背景基因文件进行富集；第二，使用自己准备的背景基因文件进行富集。一般来说，如果研究的物种不是模式物种或与模式物种相差较远时，推荐使用自己准备的背景基因文件。当然，这两种途径我们都会介绍。
1使用平台上内置的背景基因文件
平台内置的背景基因文件来自常用的数据库，包括模式物种的注释信息，如人、小鼠、果蝇、线虫等。使用平台上内置的背景基因文件做GO富集分析时，只需要准备目的基因列表。
（1）准备目的基因列表。
目的基因列表中只包含基因名称（也可以附加差异表达倍数），基因名称必须符合背景文件中的基因名称。例如，Ensemble数据库中的基因名称及对应的GO注释文件是这种类型：
（2）目的基因名称转换。
如果目的基因列表中的基因名称不符合数据库中的基因名称形式，可以应用Ensembl主页下的BioMart工具进行转换。
（3）上传目的基因，选用“使用已有参考”。
（4）设置完成后，提交。等待查看结果，可以展示二级分类柱状图，还可以展示泡泡图。最后保存结果文件（下图为目的基因列表中不包含差异倍数的情况）。
2. 使用自己准备的背景基因文件
（1）准备背景文件，只包含基因列表和GO注释。一般通过Excel格式另存为制表符格式，txt文件。注意不要有空格、中文、特殊符号等。
（2）准备自己的目的基因。目的基因文件中可以包含差异倍数（log2FoldChange），也可以不包含。
（3）上传文件。注意：如果目的基因列表中有差异倍数（log2FoldChange），类型要选择diff，如果目的基因列表中没有差异倍数（log2FoldChange），类型要选择nodiff。本次以有差异倍数的富集为例。设置完成后，点击提交。
（4）查看结果。结果中展示出表达上调和下调的情况，有分组效果。柱状图的颜色可以自定义调整。
（5）保存结果。导出基因列表，图片一般导出svg矢量图，以便于后期修图软件操作。
最后，祝大家科研顺利！
感谢阅读！
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