明军在萨尔浒被努尔哈赤打败之后，熊廷弼被派往辽东。
此时，开原、铁岭都被努尔哈赤夺去，沈阳一带的兵民开始逃跑，辽阳人也胆战心惊，熊廷弼急速赶去，沿途遇到逃跑的士兵，就下令让其返回，并杀死几名逃将。
随即，熊廷弼指挥士兵做好战备，在清河、抚顺、柴河等要地驻兵，互为呼应，并派出精兵袭扰努尔哈赤。
熊廷弼派人去镇守沈阳，连派两人都不敢去，熊廷弼就亲自来到沈阳、抚顺，有人说这里离努尔哈赤太近，不要去了，熊廷弼说：“现在冰雪满地，敌人不会想到我会来。”
熊廷弼在任期间，不收贿赂，严格管理，使当地的风气大变。
熊廷弼善于用兵，胆略过人，能左右开弓射箭，但性格暴烈，不服管辖，所以人际关系不太好。
不久，就有一伙人弹劾熊廷弼，朱由校让大臣们讨论，熊廷弼极力为自己辩护，并请求给自己罢官。最后朝廷决定让熊廷弼从辽东离任，但那些人仍然弹劾不止，熊廷弼就请求朝廷去辽东调查。
派去调查的人回来汇报说：“辽东的百姓对我哭着说，熊廷弼救了当地数十万人，所以不能轻易就给熊廷弼定罪。”朱由校就决定仍然保留熊廷弼的官职。
等沈阳、辽阳被努尔哈赤攻破之后，大臣们又想起熊廷弼，于是向朱由校进言，于是朱由校将之前弹劾熊廷弼的大臣贬官，再次启用熊廷弼。
此时，辽东在王化贞的指挥下初步稳定，但熊廷弼与王化贞的想法不一致，王化贞见自己的想法得不到认可，十分生气，就把军事事务都推给熊廷弼，两人埋下矛盾。
这时，一些大臣支持王化贞，仍然不喜欢熊廷弼的刚愎自用，使熊廷弼的计划难以实施，熊廷弼恼羞成怒，开始抨击王化贞和一些大臣。
对此，朱由校含糊以对，却有意无意影射熊廷弼，熊廷弼因此对朱由校言辞激烈。
王化贞有恃无恐，处处与熊廷弼作对，有识之士认为王化贞必然误事，但牵涉到军机大事，都不敢批驳王化贞。
朱由校见大臣们意见不一，就派人分别去命令熊廷弼和王化贞，如二人违命不从，就予以惩处。
张鹤鸣力主罢黜熊廷弼，朱由校不同意，最后决定维持现状，视二人表现再定。
不久，王化贞战败逃走，遇到熊廷弼，王化贞不由得哭了起来。熊廷弼笑了：“你的六万士兵一下子就没了，这怎么说？”但还是把自己的士兵拨给王化贞五千。
不久，王化贞被抓了起来，熊廷弼也被罢官。继而，两人被处死刑，熊廷弼只好让人去行贿，但随后又中止了。魏忠贤气得不行，发誓要杀了熊廷弼，并派人诬陷杨涟接受熊廷弼的贿赂，不久，熊廷弼被处死。人们都十分痛惜。
到了朱由检即位的时候，有人为熊廷弼鸣冤，熊廷弼才得以下葬。
朱由检即位第五年，王化贞才被处死。
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