在管理中国的西南边陲期间，刘长佑明确的意识到了法国有吞并越南，入侵中国的嫌疑。曾上书清廷，加强西南边陲的防御工事，抵御法国的入侵，然而朝廷并未重视。后来果然爆发了中法战争。由此可见刘长佑是一个关心国内外局势，重视中国国防之人。
1879年之前琉球群岛原本是由琉球王国进行管辖，在清王朝成立之后，一直向清朝皇帝纳贡并求情中国皇帝册封的。也就是说，琉球王国一直是中国的藩属国。1879年，日本向琉球群岛派出大量军警，强迫琉球王室交出政权，并宣布将琉球藩废除，设冲绳县，正式完成对琉球群岛的吞并。此件琉球王室曾想清政府请求援助，然而清政府并未理会。
刘长佑敏锐地意识到，日本的野心不小，今日它敢吞并琉球，明日就敢吞并朝鲜，甚至入侵中国。而当时日本的这种行为是违背国际公约的，正好成为清朝进攻日本的借口。因此他在1881年，曾向清政府提出了一个先发制人，进攻日本的方案。
具体计划就是，以日本吞并琉球为借口，细数日本的罪状，向其宣战。然后用东北三省之兵从松花江出发，进攻日本北部的库页岛。其次另外选一支军队从朝鲜半岛出兵，进攻日本的西部。接着让洋务运动中所练习的北洋水师从宁波、定海出兵，攻击日本的长崎，也就是日本的南部。如果日本要骚扰中国的沿海地区的话，则由在东南沿海久练的水师负责防御。
这样就可以光复琉球，并让四海臣服，列强也不敢轻易进攻大清的属国。然而这条建议与当时防范法国的建议一样，石沉大海。
虽然刘长佑的计划，有点异想天开，特别是当时清王朝的实力难以支撑如此大规模的战事，但是却明确地提到了日本的威胁。可惜的是，这份计划没有得到清政府的重视，甚至对日本毫无防范，这也导致了在13年后的甲午中日战争中，被打得一败涂地，真是令人惋惜。
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