尽管《黄帝内经》中比较系统地论述了针灸理论，但是，做到正确理解并使其对今天的针灸理论学习有帮助，却并不是一件容易的事。为了正确理解其针灸理论体系，我们应该善于思考，发掘出问题疑难，而不能一味生搬硬套，强词夺理。
历史唯物主义作为一般科学的方法论，对于各门具体科学的指导作用，是显而易见的。任何一门学科，如果违背了它，就不能正确地把握自己所研究的对象在整个社会生活中的地位和作用，就不能揭示其研究对象的深刻本质，因而也就不能成为真正的科学。历史唯物主义告诉我们，人的活动总是受到社会条件及其规律的限制。《黄帝内经》作为一部医学著作，出自两千多年前，因此，它不可能超越当时的背景，在指导思想及相关内容方面必然带有当时的时代烙印。受认识事物水平的限制，古人的理论有许多是通过观察自然界的其他事物类比而来的。针灸理论作为其中的一部分，也不能超然于外。如通过十二经水来认识十二经脉气血的多少、广狭。本来，十二经水是古代中国的十二条主要河流，与人身上的经脉并不存在必然联系，但是在天人相参思想指导下，古人认为人体与自然界的地理一样，河道中流淌河水，人身经脉则流淌气血。又如称腧穴有三百六十五，也是在这一指导思想下，与一年有三百六十五天相对应的结果。
从《黄帝内经》的一些论述中可以看出，与《黄帝内经》中的其他理论一样，由于受当时自然科学条件的限制，针灸理论中有些内容是十分朴素的，这也是古代科学发展难以避免的。因此，我们必须从历史唯物主义角度出发，客观地看待《黄帝内经》中的针灸理论体系，切不可一味地肯定或否定。从本质上来讲，是否持有这种态度，直接影响着今天我们对针灸理论体系的正确理解。
由于《黄帝内经》中的针灸理论还存在多种学派，而且，常常因为许多问题都是从不同的角度来进行论述的，因此，不能笼统地断言谁对谁错。这就决定了今天我们不能只拿一家之言来概括整个《黄帝内经》对某一问题的论述。如对于经络的认识，在当时主要有三种角度：一是解剖角度，如没有解剖学上的认识，不可能有对人体骨度及脉度的认识，也不可能有《灵枢·经脉》中“脉之常见者，皆络脉也”的论述。二是通过与自然界河流的类比，并将其推广及人，便是《灵枢·经水》中“经脉十二者，外合于十二经水，而内属于五脏六腑”的说法，并由此来认识经脉的功能。三是古人在针灸实践过程中，发现针刺某一部位会出现感应或传导现象，但是受当时解剖水平及其他方面原因的限制，古人还不能像现在一样去寻找这些现象的物质基础，而只能对这类现象加以描述。
如《灵枢·本脏》中说：“经脉者，所以行血气而营阴阳，濡筋骨，利关节者也。”在这里，经脉中所行的“血气”，除指有形可见的“气血”外，还指功能的“气血”。这种功能就是通过外在现象来表现的，也就是人所表现出来的生命特征，如《素问·八正神明论》曰：“血气者，人之神。”对照这种论述，我们可以看到古人所说的经络实际包含了对人体某些器官组织生命活动现象的论述。因此，经络在《黄帝内经》中并不是指人体某一器官组织，而是对一些解剖学意义上的器官组织和一些器官组织生命活动表现出来的现象的统称。今天我们试图完整地理解经络，就需要从与这三种角度相关的篇章中全面掌握。如果我们单纯拿一篇的论述来阐述经络，就难免在理解上产生偏差，也就无法对经络有一个正确而全面的认识。
全面认识《黄帝内经》中的针灸学理论不仅有助于对有关内容的了解，而且，据此我们还知道，将一些差异非常显著的论述硬放在一起进行阐述，也容易造成混乱，在学习这些内容时必须严格区分，理清脉络，真正弄明白《黄帝内经》中对这些针灸理论论述的本义或出发点。
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