毗卢寺万佛楼共分六层，底楼由祖堂、斋堂、碑廊、古都美术馆等组成。一楼为法堂、文殊殿、普贤殿等；二楼为藏经楼、地藏楼、观音殿；三楼为千手观音供奉处，东西露台刻有浮雕放生图、二十四孝图；四楼为万佛楼，供藏镇寺之宝。
万佛楼一楼东部是文殊殿，文殊菩萨是释迦牟尼法身毗卢遮那佛的左胁侍，佛龛高5米，由红木雕刻而成。文殊菩萨手持慧剑，骑乘青狮，比喻斩断烦恼，威震魔怨。文殊菩萨与普贤菩萨为佛祖之助手，文殊菩萨驾青狮于佛祖左侧，普贤菩萨乘白象于佛祖右侧。
文殊殿内有抱柱对联一副：“智慧无边不可说，光明照世为所归”。智慧不可赐、真法不可说，只有靠自己努力。世间一切皆得日月之光普照，没有不照亮的地方。殿内两侧壁嵌有两千尊小的文殊佛像。
万佛楼一楼西部为普贤殿，供奉着骑着白象的普贤菩萨，普贤是大彻大悟、普度众生的意思，白象代表愿行殷深，辛勤不倦。文殊菩萨和普贤菩萨为一切菩萨之上首，共称为佛之贤士。文殊菩萨象征着智，慧，证的化身，普贤菩萨显理，定，行。
普贤殿内抱柱楹联：“善说微妙寂静法，得生广大欢喜心”。怎样才能远离骄傲、我慢、放逸的思想呢？佛为众生说寂静法，是消灭三种不良思想的良药。得到这种解脱法，心中必定欢喜。殿内两侧壁嵌有两千尊鎏金小佛像。
万佛楼二楼正中为藏经楼，正中供奉着五方五佛，东南西北中五方，各有一佛主持：中央毗卢遮那佛，东方妙喜世界阿閦佛、南方欢喜世界宝相佛、西方极乐世界阿弥陀佛、北方莲花世界成就佛。楼内还珍藏有有毗卢寺三宝之一的《乾隆大藏经》。
万佛楼二楼东殿为地藏阁，供奉的是九华山地藏王，地藏菩萨是释迦寂灭以后、弥勒未生之前众生赖以救苦的大悲菩萨。地藏阁内的一副对联：“明珠照耀天堂路，锡杖振开地狱门”。地藏菩萨左手捧明珠照彻通向天堂的道路，右手持金锡杖振破地狱的门，解救苦难众生。
万佛楼二楼西殿为观音阁，供奉着普陀山千手观音。千手观音为观音部果德之尊，以“千手”表示维护众生、法力无边，以“千眼”代表观照世界、智慧无穷，能安乐众生，满足愿求。观音阁内的楹联：“千目千手妙真容，万顷万波普陀宫”。
四壁布满了许许多多小佛龛、供奉着形态各异的佛像，每个佛像由一个人或一个家庭捐赠，善男信女的名字刻在鎏金铜牌上，放置于佛龛下方。这会带来一生一世的平安与幸福。
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