对目的论论证最著名的批判来自查尔斯·达尔文以及大卫·休谟。达尔文的批判，简单地说，可以这样表述：“设计”和“秩序”这两个概念之间存在着差异。的确，任何被设计出来的东西一定是由某人设计的。但是，并不是每一个显示出秩序的东西都是被设计出来的。以砾石海滩为例，我们发现它有独特的规则。最小的沙砾构成了沙滩最上面的一层，第二层的颗粒稍微大一些，最大的颗粒构成了最下面的一层。但是不需要用“设计者”来解释这个规则，这个规则也有任何的神秘性。大卵石在底部的原因非常明显。它们最重，因而首先在海浪中沉淀下来。最小的最轻，因此最后沉淀下来。
同样，自然界遍布的各种规则，虽然通常比沙砾海滩的例子更加复杂，但它们能够以同样的自然主义术语加以解释。心脏和身体之间完美的和谐可以这样来解释：心脏只能维持这样一个躯体，这么大的心脏能够产生的血压刚好可以使这个躯体存活。其他的躯体就不能够存活（事实上也存活不了）。心脏的特定大小与躯体的特定结构恰好组合在一起，产生了能够存活的有机体（它确实存活）。
心脏不是为了维持躯体才提供 X 磅血压，相反，因为心脏提供了 X 磅血压，躯体才得以健康成长。同理，鹗也不是为了发现鱼才有了卓越的视力，而是因为有卓越的视力才发现了鱼。飞蛾不是为了躲避天敌才长有斑点，而是因为长有斑点才躲避了天敌，以此类推。如果达尔文的论证是成功的，它表明目的论术语（“为了”）能够被纯粹的因果律术语所替代，从而破坏了目的论证明的效力。
在《自然宗教对话录》中，大卫·休谟至少提出了两种反对目的论证明的论证。首先，他对“钟表之于钟表匠如同世界之于创世者”这一类比的有效性提出了质疑。休谟认为，当我们发现钟表和钟表匠是经验性关系，我们能从这种关系中推出钟表匠的存在。我们之所以能够从钟表的存在推出钟表匠的存在，因为我们看到过钟表匠制作手表。
任何建立在表和钟表匠关系之上的成功类比，也必将包含那种关系的经验元素。但是因为世界和创始者之间的传说关系不是也不可能是经验性的，所以这一类比不成立。此外，休谟认为，需要用神学来解释的这部分世界通常是世界的有机部分。比起钟表，有机世界更像是一株植物。因为我们知道（经验性的）植物来自何处。所以休谟相当戏谑地说，从类比中得出的论证应该使我们得出如下结论：比起钟表匠，创始者更像是一个超级大萝卜！
休谟对目的论证的另一个批判可以用以下这些图来表明。请注意图 1 中的三个圆点非常有规则，它们构成了完美的三角形。图 2 包含更多的规则，仅仅添加了三个圆点就在这个三角形内创造了四个三角形。一个更加复杂的规则体系出现在图 3 和 4 中。当我们看图 5 时，我们发觉我们实际上正在看的是一堆小圆石。我们很难把它看成一个规则系统，相反，它是完全随机的任意系统。休谟认为，规则存在于观看者的眼中。人类的思维给混乱的自然强加了秩序，然后再推论出一个神圣的秩序去解释它。注意休谟的观点比达尔文更激进。达尔文只是质疑“自然界的设计”这个概念，但是从未怀疑自然界是否存在着“规则”。休谟在质疑规则观念本身。
当然，这个部分还没有完全罗列出对上帝存在进行证明的哲学尝试。它甚至没有打算穷尽我们已经考察过的三类论证的丰富性和多样性。但是这一章的论述是对这种尝试的适当节录，这种尝试试图表明，令我们有充分理由去相信上帝存在的合理论证是存在的。
然而，需要补充的是，为信仰上帝的合理性进行辩护的尝试并不等于在证明上帝存在。例如，当代美国的宗教哲学家约翰·希克认为，上帝存在的传统证明没有一个是令人满意的，但他仍然认为，将人们的道德观念与宗教观念联系起来并不是武断的，也不仅仅是盲目追随传统的结果。希克写到：
把道德声称看作超越所有其他利益，实际上就是相信实在，而不是相信超越自身并使人服从的自然世界。这至少是信仰上帝方向上的一个转变。
希克认为，个人的道德信念可能促使他以不同的眼光看待世界，他引用你看到的“鸭/兔”图表明，宗教信念与维特根斯坦所谓的“看见”现象有关，或者如同希克更愿意将其看成“体验”一样。就像一个人能够把同样的画面看作鸭子或者兔子一样，上帝的现身或者消失都可以在我们知晓的世界上得到体验。希克引用了一段法国数学和哲学家布莱兹·帕斯卡（Blaise Pascal，1623—1662 年）关于“隐匿的上帝”的众所周知的观点：
他愿意让自己被那些［真诚寻找他的人］完全辨认出来，愿意向那些全心全意寻找他的人现身，但他同样会向那些一心想要逃离他的人隐匿自己。他控制关于自己的知识，以至于已经给出了关于他自己的迹象，向那些寻求他的人显现，对不寻求他的人不显现。
希克把这种体验上帝显现的经历与宗教个体称作“启示”的东西联系起来。这些“启示”是否给现实建立起“正确”的视角，这并不能通过科学研究来确认。
就像我们已经看到的，科学与宗教之间似乎总存在不能解决的张力。但在现代社会，不是所有的科学家都站在宗教的对立面，也不是所有的宗教学者都反对科学。这种和解在最近的 2008 年为波兰的罗马天主教神父和科学家的迈克尔·海勒（波兰克拉科夫罗马教宗神学院的哲学教授）颁发的坦普尔顿奖中明显体现了出来。
这个奖项大概价值两百万美元，是奖励在过去一年里探索科学与宗教间的交叉领域，并做出突出贡献的人。海勒的科学工作研究宇宙起源，但是，或许令人惊讶的是，海勒反对创造论和设计论，以及所有其他试图解释本应由科学来解释的世界特征的宗教观点。他多年来一直认为，宗教对教授进化论的反对 “是最大的误解之一”，因为它“在上帝和运气之间引入了矛盾或者敌对”。按照海勒的观点，“科学给予我们知识，宗教给予我们意义。它们都是体面生活的先决条件。”
或许应当补充的是，我们之前审查过的对上帝存在的尝试证明，并不仅仅是历史的化石。尽管我已经把它们的起源归因于特定的历史时期，尤其是中世纪，但是如今依旧有严肃的辩护者有力地在捍卫这些观点，正如它们仍旧被有力地反对一样。近来一些新近构造的辩护或者对旧有论证的修正常常出现在期刊或者书籍上，紧接着是试图驳斥它们的新文章或者专著的出版。正因为象棋被严格的规则支配，但这并不意味每种可能的象棋游戏都已经被玩过。同样的道理适用于人类的争论——或者说在人类争论方面尤其如此。
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