西晋和东晋王朝是历史上战乱纷争的时期，也是思想多元化变迁民族大融合的时期，也正是这些因素加速了两晋的灭亡。
儒家思想地位的动摇是两晋动荡不稳定的根本原因。正是经过了历史的选择，确立儒家思想在封建社会的统治地位，促进了王朝的稳定发展和积极向上的精神追求。三纲思想形成了以忠君为核心的思想基础，成为维护王权统治和君主专制的精神武器和力量，推动封建王朝的存续和稳固，形成了西汉、东汉400多年的汉王朝统治。
董仲舒像
曹操挟天子以令诸侯，使汉献帝成为政治傀儡和玩偶皇帝，曹丕废帝自立。司马懿父子擅权专权废立杀害当朝皇帝，司马炎废帝自立。从根本上打破了忠君思想基础，因此而形成的忠君爱国意识被完全抛弃。
帝王的权威被打破，西晋、东晋两朝的皇帝大多被全程士族控制，徒有虚名，君权神授的也被完全地抛弃。在人们心目中君主专制破裂。道家思想、佛家思想以及玄学思想替代了儒家思想，呈现出多元化的思想体系，使政治体系和社会风气陷入一种奢靡颓废享乐的状态，为国为民的情怀被腐蚀，以君权神授天人合一的政治架构思想理念失去了存在基础，自私自利空谈误国，维护封建王朝统治和百姓平民利益的重要性被完全忽视了。
经学大儒士大夫被迫害被清除远离政治核心，导致的统治集团腐败内乱平庸无能。东汉末年外戚宦官乱政，两次党锢之祸，使经学大儒豪门贵族被杀死迫害，远离政治，避免山林，对两汉时期建立儒家思想和儒学经学基础给予严重打。
董卓之乱军阀混战诸侯争霸，尤其是曹操唯才是举选贤任能，重才轻德，启用大批法家、兵家、阴阳家，道家思想的地方人才，有意识地打击和控制家学源远的儒生豪门士大夫，司马懿时期大兴杀戮饱学之士，重用投机钻营之士，形成了军队将领为主的统治集团。并世代为官，成为门阀大族。
九品中正的负面作用和影响。九品中正制度使豪门大族垄断选官任官制度，并控制政治，形成了腐朽、没落、无能的官僚阶层。自曹魏时期曹丕实行九品官人制度，有豪门大族直接掌握任用大中正小中正，也就控制了朝中的选官任官制度，朝中官员出自于豪门大族，形成了上品无寒门下品无士族的局面，并发展成为门阀政治。东晋时期就形成了王谢庾桓四大家干政的局面
由九品中正选举的官员，不思进取，贪于享乐，追求奢靡安逸，善于空谈议论，胸无大志。形成了严重的不良社会风气，政治黑暗毫无生机活力，甚至成为社会的蛀虫。形成了严重的社会畸形分类和怪象，也产生了士族为寒族的对立和矛盾，从而阻碍社会和历史发展的保守势力，严重危害社会进步与发展。
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