高校内部的两大基本权力即行政权力与学术权力，这两种权力在高校内部管理和体制建设中发挥着举足轻重的作用。学者谢安邦认为，行政权力表现为“科层化”的特征，以追求行动的效率化为最终目标，以严格的等级制度为依托，又可称为“制度化”的权力。[1]学者邹晓红认为学术权力指具有学术能力的专家在学校教学、科研、师资、学位授予等方面进行学术管理的权力。
高等学校的行政权力存在的基础是国家对高等院校的授权，要求高等院校按照相关的制度和法规行事。高等学校的学术权力存在的基础是学术人员的学术背景及学术水平，充分体现学术自由与学术自治。而所以在处理学术事务时，行使学术权力的唯一依据应该是学术标准，而不受行政干预。但实际上，在高等学校中学术权力没有真正的发挥作用，在很大程度上受到行政权力的制约。
行政权力依赖于严密而有层次的科层体制，需要靠权力从属一方遵从组织等级和规章制度来实现。因此在行政权力存在着不平等的上下级关系，两者存在着明显的冲突。而学术权力实现的方式坚持的是民主原则。在学术权力中没有从属关系，在面对学术问题进行讨论的时候权力各方都是平等的，在一种相对自由而无制约的环境中，通过交流的方式达成某种学术共识。
各级行政权力主体，主要都处在高校的上层部门，通过各级行政部门来确定，具有等级性和固定性。高等院校的学术权力主体主要是处在高校的基层部门，主要是某一学科的带头人或是普通教授，他们当中多数人没有行政权力，且他们的权利主体也没有固定性。两种权力基本处于高校权力分布的两端。因此，行政权力与学术权力两者主体所处的位置不同。
行政权力主体即行政人员追求权力在高校中的运用和体现，以求最终达到预期的政绩目标。而学术权力主体即学术相关人员在科学研究、教学活动、课程建设、学科建设、师资培养等方面追求更多的学术自由与学术自治，以求达到较高的学术水平。因此，学术权力与行政权力在价值观上必然产生冲突。
我国高等院校内部行政权力与学术权力存在着严重的失衡问题。行政权力一直处于强势地位，学术权力一直没有正常发挥它的功能。近年来，随着高等教育的进一步发展，部分高等院校对于学术权力给予了一定的地位，但是在多数高等院校仍然存在行政权力与学术权力冲突的问题。
[1]谢安邦，阎光才.大学的权力结构与权力结构的调整[J].高等教育研究，1998，（02）.
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