16世纪后，随着社会的发展，由于机器生产的需要，力学和物理学有了长足进展，产生了近代机械唯物主义宇宙观，由16、17世纪哲学家培根倡导的实验分析方法，在自然科学中被广泛采用。这种科学认识的方法论强调归纳推理，即用实验的方法观察和分析个别现象，从中归纳出一般的认识。医学科学在这种分析性考察事物的方法论的指导下，运用解剖分析方法和实验分析方法，对人体内部构造和生理功能进行深入探索，加深了对人体和疾病的认识，出现了许多具有时代意义的科学成果。如16世纪维萨里（Andreas Vesalius，1514～1564，比利时解剖学家）的解剖学，17世纪哈维的血液循环学说，18世纪莫干宜的器官病理学说，19世纪巴斯德( Louis Pasteur,1822～1895，法国近代微生物学奠基人)和郭霍的病因细菌学，特别是魏尔啸的细胞病理学说，是这一时期医学成果的杰出代表。 疾病的本质这个重要问题，因为长期缺乏科学的研究方法和严格可检查的客观标准，没能找到病理发生的真正物质基础，直到19世纪上半期为止没有得到真正科学的解释。古希腊的体液病理学说（希波克拉底、盖伦）一直流传到18世纪；18世纪后相继产生了器官病理学说（莫干宜）、固体病理学说（彼萨特），以及后期的体液病理学说（罗基坦斯基）和早期的神经病理学说（斯匹斯），众说纷纭，争执不下。细胞是生命的单位，这是19世纪的一项重要科学论断。魏尔啸从这一基本认识出发，借助于显微镜技术成果，对细胞病理的改变进行了长期实验观察，于1858年创立了细胞病理学说，提出“疾病的本质是细胞变化”的学术观点。这是人类对疾病认识的一次飞跃，它标志着对疾病的认识由整体、器官的宏观层次深入到组织、细胞的微观层次。 维萨里、哈维、魏尔啸、巴斯德等人的科学成就，标志着人类对自身和疾病认识进入一个新的时代——分析的实验医学时代。分析时代的医学所采用的研究事物的方法，其特点是将复杂的事物分解为较简单的事物，将较高层次的成分分解为较低层次的成分，即将复杂的生命过程简化还原为简单的物理、化学和机械过程。因此，称这种研究事物的方法为还原论方法( reductionisticapproach)。 近代医学通过这种方法对疾病过程的很多细节、很多局部规律进行了深入了解和认识。在还原论的支配下，人们用物理规律和化学规律认识人体的生理和病理变化，以此来认识健康和疾病的本质。还原论方法作为认识方法之所以能够在医学研究中获得巨大成功，是因为生命过程这种高级物质运动形式是以物理化学等低级物质运动形式为基础的。因此，认识生命的本质当然应当首先认识构成其基础的物理化学过程。从16世纪开始的近代实验医学，经过300多年的发展，人们以机械唯物论自然观和还原论方法论为指导，采用实验分析的方法，借助近代自然科学技术的重大成就，对人体的结构与功能，对疾病的症状与机制，在器官、组织和细胞各级层次上进行了许多卓有成效的研究，使人们对人体和疾病的认识深入到内部属性上，大大提高了人类的认识水平。 然而，正如恩格斯所指出：“这种做法也给我们留下了一种习惯：把自然界的事物和过程孤立起来，撇开广泛的总的联系去进行考察，因此就不是把它们看做运动的东西，而是看做静止的东西；不是看做本质上变化着的东西，而是看做僵化的东西。这种考察事物的方法，被培根和洛克从自然科学中移到哲学中以后，就造成了最近几个世纪所特有的局限性，即形而上学的思维方式，而形而上学的思维方式，虽然相当广泛，各依其对象而在大小不等的领域中是正当的，甚至是必要的，可是它每一次都迟早要达到一个界限，一超过这个界限，它就要变成片面的、狭隘的、抽象的，并且陷入不可解决的矛盾。”可见，还原论及其实验分析方法也有其局限性，这种局限性主要表现在关于疾病及其防治的机械唯物论的局部观点、孤立观点和静止观点。17世纪著名哲学家笛卡儿就曾提出“宇宙为一大机械，生命机体也是一精密机器”的论断。18世纪，法国医生拉·美特里于1748年发表了无神论名著《人是机器》。“人是机器”的人体观概括了机械唯物论对人体的认识，成为人类对自身理性认识的第二个高度。这种人体观，把人体这个整体分解成许多部分、许多方面，逐一地进行分析研究，出现了医学专科的分化。学科的分化是科学进步的表现，但在机械唯物论的指导下，却也造成了人体及其疾病的有机整体的人为割裂，从而出现了局部与整体、形态与功能、外因与内因、机体与环境相脱节的现象，外因论、局部论、静止论等思维方法在近代实验医学中表现得很明显，其影响远远超出了18世纪。例如，魏尔啸对自己大量的科学实践进行理性概括时，就受到这种科学方法论局限性的束缚，认为“整体机体是细胞的简单的总和”，“疾病的本质是机体的部分改变”，“除了局部改变外，没有任何疾病”。这显然是把细胞病变学说的观点推向了极端，把部分真理说成是终极真理，这不能不说是机械唯物论指导下的还原论的弊端。 还原论所体现的思想，是用低层次的机制来理解高层次的变化。而人体是一种多层次、多种运动形式的物质系统，在这个系统里不只是简单的物理化学规律在起作用，因而把复杂的运动形态归结为简单的运动形态，用低级运动规律来解释高级运动规律，必然不能揭示生命现象的全部本质。所以，从方法论上讲，还原论只是在有限的范围内是正确的，一旦范围扩大，其局限性就暴露出来。可见，人体生命现象和疾病现象的辩证性质，要求研究方法的辩证性，要求辩证的思维方式，要求更加科学的科学方法论。 | 
