曾经有学者提出，希腊思想和中国思想的基本差别在于古希腊的政治生活和智力生活充满了竞争性，希腊的思想家公开批评他们的教师,竞争者和贵族，而中国的思想家寻求和谐。
希腊不是基于农业和强大的中央政权或教会阶层而组织起来的，他们的组织单位是城邦国家，因为耕地面积少、人口过剩。希腊政府鼓励发展贸易、开拓殖民地、发展工业。自然哲学最初的起源于小亚细亚的爱琴海岸，而不是拥有苏格拉底、柏拉图和亚里士多德的雅典。
古希腊文明似乎出现得很突然，因为关于它早期的历史资料实在是太少了。
不过古希腊形成的思想体系还是为西方的哲学、科学和医学奠定了基础。早期的希腊历史分为两个阶段：迈锡尼文明时期和黑暗世纪。
迈锡尼文明大约从公元前1500年持续到公元前1100年，迈锡尼文明遭到灾难性毁灭；而所谓的黑暗世纪，大约从公元前1100年至公元前800年。
因为缺乏史料，我们无从得知早期的希腊文明是如何走向崩溃的。《伊利亚特》和《奥德赛》两本史诗被保存了下来，一般被认为作者是9世纪诗人荷马。
史诗中记载的生与死、上帝与英雄、故乡与家庭的故事深处蕴含了古时传染性疾病的概念、身体主要功能，和伤口处理方面的知识。还包括内科医生、外科医生、祭司与神在当的作用。
荷马描述的希腊医学已经成为一种古代的杰出艺术。
阿波罗是掌管医药的神，他可以让传染病流行，并把它作为一种惩罚手段；也能救治受伤的人。古希腊的人们为了寻求神的劝告和指引常常聚集在特尔斐的阿波罗神庙著名的神谕处。传说中这是世界的中心，最初是大地女神盖雅的神庙。
在神的旨意到达之前，通常会有一个叫皮提亚的女使者走进一间小房子里，吸入从地上裂缝中冒出来的闻起来甜甜的气体，进人一种迷醉状态。偶尔会有使者在吸入醉人的气体之后，状态从从恍惚到谵语，最后死亡。
19世纪考古学家挖掘神庙时没有发现史诗中描述的神秘小屋，也就不承认普鲁塔克的关于令人迷醉的气体来自大地深处的理论。而在2001年，科学家发现了早先不知道的，藏在神庙地下的地理关联。
科学家认为，在皮提亚小屋下面的地下水中含有多种化学元素，其中包括乙烯。乙烯这种气体被用作麻醉剂，吸入后的人会兴奋，但是吸入过量会致命。
荷马史诗中的祭司、先知还有释梦的人，负责处理神秘瘟疫。他们认为当神生气的时候，就会造成人们身体和精神上的某些功能紊乱，但同时也会给一些肩负责任的人解毒的药物。《伊利亚特》中，一个技术精湛的医生就是为最有用的人。
战争对高水平医生有迫切的需求，荷马史诗也深刻描述了由于战争造成的大量伤害。不过很多情况下战士们还是会选择自己拔出箭头，其实由于伤口感染、创伤发热、继发性出血导致的死亡并不多，因为通常伤员在感染到这种情况之前就战死了，根据记录，伤员的死亡率接近80%。
和埃及与印度的复杂的伤药不同,希腊的伤药只取材于植物,非常简单。《伊利亚特》里的医术一般不涉及巫术，可一旦治疗失败，还是会求助于咒语和祈祷。 有时候外科医生会亲自吸吮伤口，这或许是为了吸出血中的毒物或“晦气”。
用温水清洗伤口后,内科医生会开一些镇静药，然后利用酒和故事、歌曲来安慰病人或分散他们的注意力。希腊武士的医生并不知道海伦的著名埃及“忘忧药”，传说这种药可医驱除疼痛、消除战争的纷扰，抹去对疾病和悲伤的记忆。
虽然有各种说法认为这一时期医生和祭司所用的镇静药、麻醉药和熏剂的成分大约都包括温水、酒、油、蜂蜜、硫磺、橘子树脂和鸦片。而事实上荷马所指的大多数药物里的特殊配方，成分还都说不太清楚的。
希波克拉底
现代西方医学理性的、科学的传统可以上溯到希波克拉底，但是古希腊的医生也把他们的医术归功于阿斯克勒庇俄斯，这是他们的医药神。《伊利亚特》中的阿斯克勒庇俄斯是阿波罗的儿子，以英勇的武士和“无可指责的医生”身份出现。
荷马叙述，聪明的人首马身怪物克瑞恩传授给了阿斯克勒庇俄斯止血药和止痛药的秘方。阿斯克勒庇俄斯的两个儿子也是武士兼医生,他们特殊的才能预示着将来的医学分为内科和外科两部分。麦克伦灵巧的手能治疗各种外伤；波达理瑞斯能察觉隐秘的内疾，并懂得如何治疗。
英雄摩那路斯受伤的时候，麦克伦先拔出英雄肩背上的箭头、吸出血液，然后撒上克瑞恩传授给阿斯克勒庇俄斯的那种药。
希腊盛极一时的魔法和巫术在神话、史诗和纪念活动中留下了痕迹，比如每年纪念梅勒普斯的节日。梅勒普斯是从事占卜职业的始祖，掌握埃及神学知识。据说他还教过俄耳浦斯如何运用药物。
在世界医学史上，幻术、宗教和经验的方法进行治疗是一种极为普遍的现象。而希腊医学独特之处在于它将人体医学理论的发展和自然哲学联系到了一起。这种强烈的、长期的自由探索，在今天被叫做科学。
公元前6世纪，希腊哲学家开始试着用经验而非神力或超自然因系来解释分析宇宙的运行周期。早期的希腊自然哲学家对自然界深感兴趣，他们试图解释宇宙和人类为什么会形成以及如何组织的奥秘。
尽管许多早期哲学家所了解的仅仅是他们研究锁域的一小部分内容，但他们留下的创造性的理论，足以帮助后人在物理天文、生物和医学领域的理解有进一步发展。
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