文章标题：Single-cell RNA-Seq reveals the potential risk of anti-mesothelin CAR T Cell therapy toxicity to different organs in humans
期刊：Frontiers in Immunology（2区8.786）
时间: 2022/8/17
DOI：https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.807915
问题：嵌合抗原受体（CAR）T细胞经过基因工程改造，可以独立于主要组织相容性复合体限制地识别表面抗原。使用病毒或非病毒载体将CARs引入T细胞以整合基因，使CAR T细胞具有抗原特异性识别能力，活化，增殖和细胞毒性功能。然而，CAR-T细胞疗法对实体瘤的效果较差。确定理想的抗原以治疗实体瘤至关重要。由于靶抗原在正常组织中的表达，“On-target off-tumor”是使用嵌合抗原受体（CAR）工程T细胞治疗实体恶性肿瘤的主要挑战（这个据我浅显的理解，目前还没有一个TAA是只在肿瘤细胞上表达而其它组织细胞不表达的）。
方法：为了了解抗间皮素CAR-T细胞疗法对不同器官的毒性风险，本研究分析了来自主要人体生理系统的scRNA-seq数据集，包括呼吸系统，心血管，消化系统和泌尿系统。根据间皮素表达水平将器官分为高风险或低风险。
结论：心肌细胞、肺细胞和胃细胞中 间皮素阳性细胞的比例分别为7.71%、2.40%和2.20%，表明这些器官在抗间皮素CAR-T细胞治疗中可能存在“On-target off-tumor”毒性的高风险。相比之下，食道，回肠，肝脏，肾脏和膀胱表现出低的间皮素表达（<1%），这些器官可以被视为低风险。
将心肌细胞分为14个不同的簇，包括平滑肌细胞，内皮细胞，成纤维细胞，单核细胞，神经元细胞等。7.71%的心肌细胞表达MSLN，表明MSLN-CAR-T细胞治疗的心脏中可能存在“On-target off-tumor”毒性的高风险。MSLN主要在平滑肌细胞（第13簇）中表达---这表达也太微弱了。在这些细胞簇中证实了心肌细胞MYL3和MYH7的典型标志物的表达。
肺细胞含有约2.40%的MSLN阳性细胞，因此肺可能处于MSLN-CAR-T细胞治疗的“On-target off-tumor”毒性的高风险中。肺细胞分为18个不同的簇，主要表达MSLN的细胞簇为上皮细胞。肺细胞的典型标志物为MUC1和PIGR。
来自消化系统的scRNA-seq数据集，包括胃，食道，回肠和肝脏
来自胃的2.20%的细胞MSLN阳性，表明胃也可能处于高风险之中。MSLN主要在胃的上皮细胞中表达。
相比之下，食管上皮细胞中MSLN阳性细胞的比例仅为0.67%，食道可被视为低风险。
回肠上皮细胞中MSLN阳性细胞的比例仅为0.34%，回肠可被视为低风险。
肝细胞中MSLN阳性细胞的比例仅为0.25%，肝脏可被视为低风险。
还分析了泌尿系统中肾脏和膀胱中细胞的scRNA-seq数据。肾脏中的细胞被分为12簇，0.05%的细胞表现出MSLN表达。
膀胱中仅发现0.03%的MSLN阳性细胞。因此，对于MSLN-CAR-T细胞治疗，肾脏和膀胱的“On-target off-tumor”毒性风险较低。
根据上述结果，构建了不同器官“On-target off-tumor”毒性的潜在风险图谱。发现心肌细胞具有最高的MSLN表达，其次是肺细胞和胃细胞。其他器官MSLN表达低。
测试了七个组织的抗MSLN-VHH（用于检测与该纳米抗体结合的蛋白质）测定的亲和力。在胃、肺、肝、肾的表达与之前单细胞数据分析的结果是一致的。这不就尴尬了，也没说明之前的分析有什么意义啊？7个中4个对的上，3个对不上...so
文章过程简单，胜在思路较新颖了。果然现在走常规的分析是不行了，得另辟蹊径。
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