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同期也安排了助教和实习生一起协助整理讲师的直播授课时间线，提炼内容梗概方便学员们查漏补缺，精准复现！
2023/02/20
16-1 转录组-1.背景介绍（00:41:42）
- 00:26:23 - 普通转录组测序流程 质量控制 RIN值
- 00:36:00 - 上机测序原理，教学视频播放，提问
16-2 转录组-2.准备工作（00:11:53）
- 00:01:00 - 测序原理（SBS），Flowcell介绍
16-3 转录组-2.准备工作-1（00:34:20）
- 00:00:20 - 继续测序原理 ，桥式PCR，单端测序与双端测序
- 00:15:30 - Linux语句复习（文件查看、文件查找相关命令）
- 00:26:36 - 项目目录管理示例&演示，配套练习1
16-4 转录组-3.fastq介绍（01:11:06）
- 00:01:35 - FASTQ数据介绍 使用airway数据集为示例
- 00:15:30 - 软链接数据，fastq格式（4行）
- 00:34:20 - Phred实际例子（测序数据报告），布置课后练习1-2，练习答疑
2023/02/21
17-1 转录组-4.原始数据qc（00:52:27）
- 00:00:10 - 学员准备，讲解习题1 4-5题，描述测量了多少数据量
- 00:18:19 - 数据质量评估，fastqc软件
- 00:23:39 - 脚本后台运行 nohup & 如何写日志文件
- 00:47:51 - 数据质控报告-base sequence quality，布置思考题
17-2 转录组-5.数据过滤1（00:58:06）
- 00:00:30 - 质控报告-pre tile sequence quality
- 00:04:33 - per sequence quality score
- 00:07:53 - per base sequence content
- 00:10:33 - per sequence GC content
- 00:13:13 - per base N content / sequence length distribution
- 00:15:23 - sequence duplication levels/ overrepresented sequence......
- 00:24:37 - 低质量过滤（过滤条件）trim_galore,代码演示
- 00:45:53 - 任务管理（任务投递、终止任务、任务查看）
17-3 转录组-6.数据过滤2（00:47:51）
- 00:01:37 - 过滤软件2-fastp，代码演示
2023/02/23
18-1 转录组-7.参考基因组介绍（00:56:44）
- 00:01:36 - 参考基因组准备 fasta gff/gtf Ensembl
- 00:52:23 - Ensembl基因组数据库ID
- 00:55:59 - 布置习题fastq转fasta
18-2 转录组-8.数据比对（00:51:17）
- 00:03:16 - 数据比对（建索引、比对参考基因组、sam转bam）
- 00:09:19 - Hisat2主要参数，构建索引，代码演示
- 00:20:29 - sam转bam演示，多样本演示
- 00:34:10 - 比对结果文件 sam/bam讲解
18-3 转录组-9.定量表达（00:51:32）
- 00:02:19 - subjunc构建索引&代码演示
- 00:10:31 - featureCounts简介
- 00:12:10 - featureCounts常用参数&代码演示
- 00:17:53 - featureCounts结果讲解与课外习题讲解
- 00:29:30 - Salmon，从fastq可快速定量得到表达矩阵
2023/02/24
19-1 转录组-10.样本相关性和重复性检验（01:02:05）
- 00:02:08 - 数据标准化简介，除去测序深度和基因长度
- 00:10:50 - 各种值的使用场合，数据预处理&演示
- 00:27:03 - 样本表达总体分布，箱式图、小提琴图、密度曲线图......
- 00:39:37 - 样本之间的相关性（聚类树、主成分、相关性）
19-2 转录组-11.差异表达分析（00:56:09）
- 00:00:23 - 差异表达分析 degeR包说明书查看&代码演示
- 00:07:48 - 构建对比矩阵，获得DGlist对象 &代码演示
- 00:15:20 - 提取显著差异基因 & 代码演示
- 00:36:50 - 获得gene symbol获得显著差异表达的结果
- 00:40:28 - 传参脚本（R与linux之间的数据传输）
19-3转录组-12.差异结果可视化（00:32:33）
- 00:00:28 - 差异结果可视化-热图代码演示
- 00:19:10 - 讲解课后思考题（从gtf/gff文件中得到ID与symbol的关系）
2023/02/25
20-1转录组-13.功能注释与功能富集分析（01:15:54）
- 00:01:03 - 功能注释：GO数据库、KEGG数据库（通路注释）
- 00:27:31 - 功能富集：over-prsentaion、GSEA与GSVA
- 00:51:15 - 功能富集：GSEA（MsigDB包 GsesVis包）
20-2转录组-14.彩蛋-单细胞基础分析（01:20:52）
- 00:43:49 - 差异表达分析（不同细胞亚群标记基因）&代码操作
- 00:52:12 - 使用marker鉴定细胞类型，大类注释
20-3生信入门结束语（00:09:43）
- 00:00:39 - 曾老师总结 布置习题+资料分享
写在文末
如果你是生命科学领域硕博士或者博士后，但凡有导师经费支持的， 请务必至少参加一次我们的马拉松学习课程，加入我们生信技能树小圈子，你会发现科研世界从此大不一样！对我们的马拉松课程有其它疑惑也可以自行前往b站查看我们的课程介绍哈；
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