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2023/02/14
12-1 Linux-文本查看、操作与统计1(01:05:27)
- 00:06:00 - 文本查看、操作、统计命令 head/tail,cat/tac,less/more;wc,sort,uniq;cut,paste,tr
- 00:06:30 - 文件查看,cat,head,tail,less
- 00:20:46 - head/tail (管道符)
12-2 Linux-文本查看、操作与统计(00:54:31)
- 00:04:14 - paste 文本合并 paste file1 file2 ;paste - -
12-3 Linux-vim的使用(01:11:18)
- 00:02:06 - vim编辑器三种模式,命令模式、编辑模式、末行模式
- 00:34:08 - vim练习布置;fasta文件格式讲解
- 00:54:40 - 提问答疑 说明Linux文件覆盖
2023/02/16
13-1 Linux-三驾马车之grep(00:45:39)
- 00:06:13 - grep简介,文本搜索工具,代码格式,常见参数w\c\v\n\r\e\f\i
- 00:13:05 - 使用example.gtf文件为示例,-w参数,学员思路互动
- 00:23:14 - -c参数、-v参数,-c参数,-e参数(可重复:关键词聚集到文件)
- 00:29:30 - 正则表达式 ^ $ . ? + * {n} {n,} {m,n} [] [^] |
- 00:31:19 - 讲解 ^行首 $行尾 .换行符之外的任意单字符
13-2 Linux-三驾马车之sed(00:44:23)
- 00:04:50 - 讲解练习1第6题(正则表达式)
- 00:17:26 - sed,文本增删改查,代码格式,n\e\f\r\i 参数(options)
- 00:19:49 - sed script:address参数 与 command 参数 a\i\d\c\s\y\p 大纲
- 00:31:33 - 思考题,同时替换3行为*************
- 00:34:58 - -s参数 , sed查找文本
13-3 Linux-三驾马车之awk(01:09:13)
- 00:09:50 - awk,处理数字和文本(字段分隔符 $),参数-F、用法(基础结构、匹配结构、拓展结构)
- 00:13:10 - 用example.gtf举例,字段分隔符,-F指定分隔符(基础模式)
- 00:19:24 - 举例匹配模式 /.../{...}
- 00:22:27 - 拓展模式BEGIN... END...,三段式
- 00:25:12 - awk内置变量 FS/RS/OFS/ORS/NF/NR简介+OFS举例、NR举例、FS举例
- 00:33:11 - 资料查询网站分享aigcfun.com
- 00:35:45 - 用example.gtf举例条件和循环语句
- 00:43:18 - awk数学运算&数学运算举例
- 00:47:37 - 思考如何使用awk实现四舍五入,布置练习3
- 00:48:57 - Linux常见符号和含义 举例
- 00:57:35 - Linux常见报错 (找不到对象,没有权限,命令不存在)
2023/02/17
14-1 Linux-conda简介与安装(00:46:11)
- 00:05:15 - conda的安装与使用,conda简介
- 00:10:19 - conda的下载(国内镜像和官网)
- 00:17:39 - 安装miniconda,添加conada频道,conda config --add, ~/.condarc
14-2 Linux-创建小环境及软件安装(01:13:00)
- 00:05:54 - 创建独立小环境,小环境增删改
- 00:12:34 - 安装哪些软件,如何安装软件,--help检查
- 00:24:33- 软件的调用,查看已经安装的软件,删除软件,conda的命令
- 00:32:41- 代码演示,安装rna和R4小环境,安装R,library()验证R包的安装,
- 01:04:09 - conda安装的常见报错,缺啥补啥,
14-3 Linux-环境变量和手动安装软件(01:08:00)
- 00:00:10 - 提问和答疑(软件安装、小环境创建)
- 00:16:55 - 环境变量 echo,home,PATH......
- 00:19:40 - echo ~/.bashrc $PATH
- 00:38:50 - 其他非conda的软件安装方式,binary,soucrce coda,java
2023/02/18
15-1 Linux-脚本编程之系统环境与变量(00:57:49)
- 00:09:25 - 命令能被执行的3个要素 推荐创建~/bin/管理命令
- 00:16:04 - Linux系统环境,文件系统结构:一切皆文件
- 00:20:22 - 系统环境:查看lscpu,free -h,df -h,du -h -d,du -sh ~,top......
- 00:34:33 - Linux变量理论知识补充,自定义变量,环境变量,状态变量
15-2 Linux-结构化语句与参数拓展(00:42:21)
- 00:00:02 - 结构化语句 if then else 数值判断,字符串判断......
- 00:17:22 - for循环 for do done,变量加{}
15-3 Linux-脚本编程之shell脚本与任务提交(01:19:06)
- 00:04:34 - 讲解结构化语句练习,之前未布置
- 00:12:34 - 脚本编辑-shell脚本,vim编辑器,#! 后面写bash所在的位置 shebang
- 00:33:26 - 参数传递,注意分开重定向log文件
- 00:45:44 - 任务提交命令总结 nohup & top htop ps kill
- 00:53:35 - tail -f 动态查看输出结果
- 01:00:15 - ps -ef | grep , kill -9 PID
- 01:03:38 - less(shift + f) ; top | grep '$LOGNAME'
- 01:06:03 - 推荐教程:阮一峰bash、鸟哥 Linux
写在文末
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