生信编程直播第9题-根据指定染色体及坐标得到参考碱基

还不知道怎么回事的先查看历史题目：

现在开始第9题咯：

参考基因组，假设是hg19吧！
指定染色体及坐标，假设是"chr5","8397384"
那么如何写程序得到这个坐标以及它上下一个碱基呢？

print &get_context("chr5","8397384");

可以看到我写的这个函数，做到了取第五条染色体的8397384位点的上下一个碱基，在UCSC里面也可以验证一下。

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg19/dna?segment=chr5:8397383,8397385

当然，要做出批量的！

因为我们是根据vcf文件来做这件事情。

而VCF文件里面记录了所有的变异位点的坐标，我们需要知道上下文来做mutation signature的分析。

我把这个需求拆解开来，希望对你们有帮助！

当然，考虑到很多人的机器hold不住hg19这个大基因组，可以用一个小的fasta文件作为例子：

比如，基因组是：

>chr_1

ATCGTCGaaAATGAANccNNttGTA

AGGTCTNAAccAAttGggG

>chr_2

ATCGAATGATCGANNNGccTA

AGGTCTNAAAAGG

>chr_3

ATCGTCGANNNGTAATggGA

AGGTCTNAAAAGG

>chr_4

ATCGTCaaaGANNAATGANGgggTA

指定坐标是 3号染色体的第6个碱基，用程序算，是什么碱基，不允许用肉眼看！

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